92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3740 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3740  HlyD family secretion protein  100 
 
 		 441 aa  843    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0418  membrane-fusion protein  38.12 
 
 		 436 aa  275  1.0000000000000001e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0299  hypothetical protein  34.22 
 
 		 450 aa  236  5.0000000000000005e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.251177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0371  hypothetical protein  35.84 
 
 		 457 aa  233  7.000000000000001e-60  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.294814  normal  0.553229 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0680  hypothetical protein  35.2 
 
 		 451 aa  200  3e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3073  hypothetical protein  33.95 
 
 		 448 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.880129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3181  hypothetical protein  31.66 
 
 		 446 aa  197  2.0000000000000003e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5410  hypothetical protein  35.57 
 
 		 449 aa  197  4.0000000000000005e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288703  normal  0.36048 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1673  hypothetical protein  30.29 
 
 		 446 aa  194  4e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27195  normal  0.595527 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0908  hypothetical protein  35.05 
 
 		 451 aa  193  5e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2055  hypothetical protein  36.43 
 
 		 442 aa  193  5e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1154  hypothetical protein  30.98 
 
 		 490 aa  191  2e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0478  hypothetical protein  33.26 
 
 		 436 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0389  hypothetical protein  33.67 
 
 		 439 aa  184  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.478293  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0669  hypothetical protein  35.21 
 
 		 439 aa  177  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0171669 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0473  hypothetical protein  31.97 
 
 		 442 aa  176  9e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.796891  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0146  hypothetical protein  32.36 
 
 		 439 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0568  hypothetical protein  30.96 
 
 		 442 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3236  GAF domain-containing protein  28.24 
 
 		 578 aa  67.4  0.0000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.604941 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  31.2 
 
 		 361 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  31.2 
 
 		 369 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0479  peptidase M50  26.89 
 
 		 701 aa  61.6  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  30.99 
 
 		 396 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  28.36 
 
 		 380 aa  58.5  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3663  hypothetical protein  22.89 
 
 		 343 aa  57  0.0000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0390  peptidase M50  25.59 
 
 		 707 aa  57  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.270715  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  29.49 
 
 		 369 aa  55.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  29.49 
 
 		 369 aa  55.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  29.49 
 
 		 369 aa  55.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0472  peptidase M50  25.24 
 
 		 702 aa  53.9  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.62 
 
 		 416 aa  53.9  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  30.58 
 
 		 370 aa  54.3  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0926  GAF domain-containing protein  26.69 
 
 		 614 aa  53.5  0.000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2199  membrane-fusion protein-like protein  25.68 
 
 		 619 aa  52.8  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291447 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  24.88 
 
 		 409 aa  51.6  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000285815  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.27 
 
 		 380 aa  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0909  hypothetical protein  27.23 
 
 		 709 aa  51.6  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2177  GAF domain-containing protein  27.47 
 
 		 611 aa  50.8  0.00005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.266529 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  30.64 
 
 		 371 aa  50.4  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  31.13 
 
 		 369 aa  50.4  0.00006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0567  peptidase M50  24.53 
 
 		 701 aa  50.4  0.00007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2399  M50 family peptidase  30.82 
 
 		 715 aa  50.1  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0185  putative multidrug resistance efflux pump  31.96 
 
 		 406 aa  49.3  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0670  peptidase M50  28.99 
 
 		 697 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.726178  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1963  putative secretion protein, HlyD family  28.48 
 
 		 390 aa  49.7  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000072673  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  28.15 
 
 		 403 aa  49.7  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.6 
 
 		 453 aa  48.5  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0366  peptidase M50  27.43 
 
 		 736 aa  48.9  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2358  peptidase, M50 family  29.08 
 
 		 715 aa  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.398035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0236  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32 
 
 		 379 aa  48.5  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.94922  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  26.63 
 
 		 361 aa  47.8  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4164  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  31.51 
 
 		 469 aa  47.8  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.833076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0972  secretion protein HlyD  32.62 
 
 		 353 aa  47  0.0007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  21.43 
 
 		 372 aa  46.6  0.0008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  26.14 
 
 		 369 aa  46.6  0.0008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  26.14 
 
 		 369 aa  46.6  0.0009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  26.14 
 
 		 369 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  27.73 
 
 		 371 aa  46.2  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0235  secretion protein HlyD  33.71 
 
 		 500 aa  46.2  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  27.73 
 
 		 371 aa  46.2  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0500  secretion protein HlyD family protein  37.62 
 
 		 502 aa  46.2  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  27.73 
 
 		 371 aa  46.2  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  26.8 
 
 		 372 aa  46.6  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.14 
 
 		 369 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4697  RND family efflux transporter MFP subunit  27.69 
 
 		 319 aa  45.8  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.715091  normal  0.20048 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0681  hypothetical protein  28.22 
 
 		 709 aa  45.1  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1149  peptidase M50  26.06 
 
 		 714 aa  45.1  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1341  putative phytochrome sensor protein  29.23 
 
 		 612 aa  44.7  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.09 
 
 		 349 aa  44.7  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  23.91 
 
 		 359 aa  44.7  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0820  HlyD family secretion protein  23.96 
 
 		 405 aa  44.7  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2114  RND family efflux transporter MFP subunit  30.41 
 
 		 317 aa  44.3  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1169  secretion protein HlyD family protein  26.34 
 
 		 288 aa  43.9  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.595909  decreased coverage  0.00058772 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  25.3 
 
 		 353 aa  44.3  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  23.01 
 
 		 432 aa  43.9  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3894  RND efflux membrane fusion protein precursor  32 
 
 		 385 aa  44.3  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  23.96 
 
 		 400 aa  44.3  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.6 
 
 		 430 aa  43.9  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  26.8 
 
 		 373 aa  43.9  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000335121  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  26.8 
 
 		 370 aa  43.9  0.006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2056  hypothetical protein  28.12 
 
 		 709 aa  43.9  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3523  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28 
 
 		 438 aa  43.9  0.006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.51854  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0461  multidrug/cation efflux pump  30.98 
 
 		 317 aa  43.9  0.006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  29.14 
 
 		 350 aa  43.9  0.006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.01 
 
 		 388 aa  43.5  0.007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  26.8 
 
 		 370 aa  43.5  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3738  HlyD family secretion protein  24.74 
 
 		 265 aa  43.5  0.007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3533  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 409 aa  43.5  0.008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.722317 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1685  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.33 
 
 		 383 aa  43.1  0.009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45910  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  30.67 
 
 		 385 aa  43.1  0.01  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.170535  normal  0.980017 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0809  hypothetical protein  29.34 
 
 		 360 aa  43.1  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.244326 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5174  RND efflux transporter  31.36 
 
 		 355 aa  43.1  0.01  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274772  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>