81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0472 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_0670  peptidase M50  59.03 
 
 
697 aa  782    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.726178  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0147  peptidase M50  60.03 
 
 
698 aa  824    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0479  peptidase M50  76.64 
 
 
701 aa  1072    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0390  peptidase M50  79.23 
 
 
707 aa  1126    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.270715  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0567  peptidase M50  94.16 
 
 
701 aa  1309    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0472  peptidase M50  100 
 
 
702 aa  1417    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0681  hypothetical protein  39.51 
 
 
709 aa  492  1e-137  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1149  peptidase M50  40.62 
 
 
714 aa  483  1e-135  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0909  hypothetical protein  39.94 
 
 
709 aa  483  1e-135  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2056  hypothetical protein  40.34 
 
 
709 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0300  hypothetical protein  35.47 
 
 
719 aa  432  1e-120  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0133976  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3180  peptidase M50  37.01 
 
 
688 aa  421  1e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1674  peptidase M50  34.28 
 
 
703 aa  415  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.607865  normal  0.551659 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0417  peptidase M50  36.97 
 
 
701 aa  408  1.0000000000000001e-112  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3074  peptidase M50  36.07 
 
 
696 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.688769  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3741  HlyD domain-containing protein  34.96 
 
 
720 aa  372  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5411  putative membrane Zinc metallopeptidase, M50 family  34.92 
 
 
699 aa  353  5e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000871616  normal  0.282869 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0372  hypothetical protein  39.61 
 
 
474 aa  352  1e-95  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.707522  normal  0.611726 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1407  M50 family peptidase  27.17 
 
 
720 aa  205  2e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3966  peptidase M50  25.52 
 
 
741 aa  176  9.999999999999999e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.884919  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1342  M50 family peptidase  26.05 
 
 
714 aa  173  1e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0925  M50 family peptidase  27.22 
 
 
715 aa  171  6e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135222  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2399  M50 family peptidase  26.17 
 
 
715 aa  151  4e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2358  peptidase, M50 family  26.52 
 
 
715 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.398035  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2176  M50 family peptidase  25.45 
 
 
721 aa  147  5e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.510962  normal  0.28263 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0619  M50 family peptidase  24.66 
 
 
715 aa  143  9.999999999999999e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3235  M50 family peptidase  26.9 
 
 
711 aa  140  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.347928 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2198  peptidase M50  26.2 
 
 
720 aa  134  3.9999999999999996e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0961426 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0366  peptidase M50  25.45 
 
 
736 aa  117  6e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4341  peptidase M50  24.18 
 
 
367 aa  87  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0325098  normal  0.460481 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2624  cyclic nucleotide-binding protein  31.48 
 
 
1177 aa  82  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1793  cyclic nucleotide-binding protein  33.11 
 
 
1171 aa  81.6  0.00000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.18567  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2911  cyclic nucleotide-binding protein  34.56 
 
 
1124 aa  77.8  0.0000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.965385  normal  0.0176228 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4373  hypothetical protein  36.36 
 
 
825 aa  75.9  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0373  hypothetical protein  29.21 
 
 
205 aa  73.9  0.00000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.5146 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3220  sterol-regulatory element binding protein (SREBP) site 2 protease family protein  24.89 
 
 
413 aa  72.8  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.496668  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0921  hypothetical protein  30.22 
 
 
398 aa  71.6  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2293  hypothetical protein  29.57 
 
 
838 aa  70.9  0.00000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2722  hypothetical protein  34.85 
 
 
847 aa  70.1  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0895227  normal  0.132345 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2708  hypothetical protein  34.85 
 
 
844 aa  70.1  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.577877 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2677  hypothetical protein  34.85 
 
 
847 aa  70.1  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3579  hypothetical protein  24.46 
 
 
350 aa  68.9  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00448549  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2919  hypothetical protein  33.08 
 
 
824 aa  67.8  0.0000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4351  cyclic nucleotide-binding protein  32.17 
 
 
948 aa  62.8  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13940  Zn-dependent protease  29.86 
 
 
379 aa  60.1  0.0000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.909069 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33960  hypothetical protein  33.06 
 
 
238 aa  60.1  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.331304  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3233  hypothetical protein  35 
 
 
812 aa  58.5  0.0000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1596  hypothetical protein  33.82 
 
 
497 aa  56.2  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.272119  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3142  hypothetical protein  26.67 
 
 
761 aa  55.8  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0154209  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2470  hypothetical protein  25.86 
 
 
176 aa  55.1  0.000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1951  hypothetical protein  29 
 
 
1097 aa  53.5  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00270024  hitchhiker  0.000836755 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5410  hypothetical protein  26.32 
 
 
449 aa  51.2  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288703  normal  0.36048 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0747  secretion protein HlyD  24.26 
 
 
357 aa  50.1  0.0001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.554021  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15871  membrane fusion protein  23.76 
 
 
357 aa  48.9  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4014  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.03 
 
 
362 aa  48.5  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0181773  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1021  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.22 
 
 
390 aa  48.1  0.0005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0159772  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3073  hypothetical protein  25.3 
 
 
448 aa  48.1  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.880129  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3236  GAF domain-containing protein  25.11 
 
 
578 aa  47.8  0.0007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.604941 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0621  secretion protein HlyD  25.36 
 
 
245 aa  47  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3740  HlyD family secretion protein  25.42 
 
 
441 aa  46.6  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  29.26 
 
 
371 aa  47  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.79 
 
 
372 aa  45.8  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1691  RND family efflux transporter MFP subunit  32.21 
 
 
335 aa  46.2  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0418  membrane-fusion protein  22.61 
 
 
436 aa  45.8  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  23.67 
 
 
380 aa  45.8  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00633  membrane fusion protein  30.83 
 
 
350 aa  45.4  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.02 
 
 
390 aa  45.1  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000873754  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0926  GAF domain-containing protein  27.41 
 
 
614 aa  45.1  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1408  membrane-fusion protein-like  23.58 
 
 
631 aa  44.7  0.006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.382309  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2542  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  28.46 
 
 
446 aa  44.7  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5838  hypothetical protein  31.69 
 
 
636 aa  44.3  0.008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.882245  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4203  ABC transporter related  30.71 
 
 
741 aa  44.3  0.009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.746448  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  27.44 
 
 
352 aa  44.3  0.009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0480  RND family efflux transporter MFP subunit  26.37 
 
 
363 aa  44.3  0.009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1447  RND family efflux transporter MFP subunit  23.42 
 
 
337 aa  43.9  0.009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3231  sterol-regulatory element binding protein  37.93 
 
 
235 aa  43.9  0.009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.329955  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2055  hypothetical protein  24.24 
 
 
442 aa  44.3  0.009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2808  membrane fusion protein; cation efflux system protein  23.42 
 
 
353 aa  43.9  0.009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4025  secretion protein HlyD family protein  25.75 
 
 
418 aa  43.9  0.009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1459  RND family efflux transporter MFP subunit  23.42 
 
 
337 aa  43.9  0.01  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000143957  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06110  histone acetyltransferase, putative  35.29 
 
 
3671 aa  43.9  0.01  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.607769  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>