More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2177 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2177  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 381 aa  752    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.795187  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2570  hypothetical protein  33.14 
 
 		 370 aa  71.6  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.295981  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4127  hypothetical protein  24.53 
 
 		 1053 aa  72  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  24.87 
 
 		 380 aa  71.6  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0345  RND family efflux transporter MFP subunit  30.51 
 
 		 360 aa  67.8  0.0000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0426386  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  28.73 
 
 		 370 aa  68.2  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0510  RND family efflux transporter MFP subunit  27.24 
 
 		 358 aa  65.1  0.000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0586812  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0520  secretion protein HlyD  25.86 
 
 		 356 aa  63.9  0.000000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  24.89 
 
 		 358 aa  63.2  0.000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4472  RND family efflux transporter MFP subunit  28.47 
 
 		 447 aa  63.2  0.000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0821721 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.07 
 
 		 368 aa  63.2  0.000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.65 
 
 		 383 aa  62  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002593  membrane-fusion protein  24.31 
 
 		 372 aa  62.4  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00429247  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0157  hypothetical protein  32.82 
 
 		 366 aa  62  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1372  membrane-fusion protein-like protein  23.22 
 
 		 354 aa  60.8  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03415  hypothetical protein  30.5 
 
 		 371 aa  60.8  0.00000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.61 
 
 		 360 aa  60.1  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.61 
 
 		 360 aa  60.1  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2224  multidrug efflux pump, membrane fusion protein  27.82 
 
 		 388 aa  60.1  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  27.27 
 
 		 360 aa  59.7  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  23.94 
 
 		 363 aa  59.3  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  26.45 
 
 		 394 aa  58.9  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2269  RND family efflux transporter MFP subunit  26.81 
 
 		 390 aa  58.9  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0264196  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1680  RND family efflux transporter MFP subunit  28.74 
 
 		 360 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.560813 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6592  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.32 
 
 		 378 aa  58.5  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  26.3 
 
 		 357 aa  58.2  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1088  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.85 
 
 		 431 aa  57.8  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.745056 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  25.78 
 
 		 365 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00325  cation efflux system protein  29.41 
 
 		 244 aa  57.4  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.888841  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  27.51 
 
 		 359 aa  57.4  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4768  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 		 362 aa  57.4  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000176985 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.92 
 
 		 373 aa  57  0.0000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  27.16 
 
 		 354 aa  57  0.0000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  25 
 
 		 379 aa  57  0.0000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0900  RND family efflux transporter MFP subunit  27.46 
 
 		 388 aa  56.6  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1596  RND family efflux transporter MFP subunit  27.72 
 
 		 398 aa  56.6  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.566633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0939  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.56 
 
 		 435 aa  56.6  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.961287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02664  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  30.37 
 
 		 359 aa  56.2  0.0000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0150101  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0390  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  37.5 
 
 		 367 aa  55.8  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0416  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  25.37 
 
 		 367 aa  55.8  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  26.96 
 
 		 368 aa  56.2  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1203  RND family efflux transporter MFP subunit  27.37 
 
 		 621 aa  55.8  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.23 
 
 		 377 aa  55.5  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.158537  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  27.82 
 
 		 371 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.94 
 
 		 430 aa  55.1  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.559583  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  27.82 
 
 		 371 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2953  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.3 
 
 		 360 aa  55.1  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.53 
 
 		 372 aa  54.7  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  28.14 
 
 		 340 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  25.29 
 
 		 397 aa  55.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4407  RND family efflux transporter MFP subunit  29.1 
 
 		 360 aa  54.7  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3091  secretion protein HlyD family protein  23.5 
 
 		 334 aa  55.1  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  28.92 
 
 		 390 aa  55.5  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4863  RND family efflux transporter MFP subunit  29.77 
 
 		 360 aa  55.1  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176323  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3327  RND family efflux transporter MFP subunit  27.01 
 
 		 441 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3651  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.01 
 
 		 441 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.82 
 
 		 371 aa  54.3  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  27.82 
 
 		 371 aa  54.7  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.17 
 
 		 351 aa  54.7  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  27.82 
 
 		 371 aa  54.7  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  24.83 
 
 		 381 aa  54.7  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.67 
 
 		 397 aa  54.3  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  27.82 
 
 		 371 aa  54.7  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2705  secretion protein HlyD family protein  27.27 
 
 		 368 aa  54.7  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  28.64 
 
 		 381 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  27.82 
 
 		 371 aa  54.7  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4299  RND family efflux transporter MFP subunit  25.29 
 
 		 405 aa  54.3  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4144  RND family efflux transporter MFP subunit  30.88 
 
 		 365 aa  53.9  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.473768 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  25.23 
 
 		 365 aa  53.9  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0146  hypothetical protein  33.95 
 
 		 439 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0972  secretion protein HlyD  27.65 
 
 		 353 aa  53.9  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.84 
 
 		 380 aa  53.9  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3527  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.64 
 
 		 446 aa  53.5  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  26.34 
 
 		 377 aa  53.5  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  27.16 
 
 		 397 aa  53.9  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  27.82 
 
 		 371 aa  53.5  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  25 
 
 		 421 aa  53.5  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0472  secretion protein HlyD  21.78 
 
 		 359 aa  53.5  0.000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000402153  normal  0.138011 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2795  RND family efflux transporter MFP subunit  26.71 
 
 		 388 aa  53.5  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  26.99 
 
 		 382 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2947  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.17 
 
 		 363 aa  53.1  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0478  hypothetical protein  28.76 
 
 		 436 aa  53.1  0.000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1757  secretion protein HlyD  27.44 
 
 		 448 aa  53.1  0.000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.071428 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0374  Multidrug resistance efflux pump-like protein  28.47 
 
 		 271 aa  53.1  0.000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0800097  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2230  RND family efflux transporter MFP subunit  25.32 
 
 		 362 aa  53.1  0.000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5179  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.82 
 
 		 361 aa  53.1  0.000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00472624 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1575  RND membrane fusion protein AcrA  26.62 
 
 		 448 aa  52.8  0.000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.853878 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1169  secretion protein HlyD family protein  24.24 
 
 		 288 aa  52.8  0.000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.595909  decreased coverage  0.00058772 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0318  secretion protein HlyD family protein  28.47 
 
 		 271 aa  53.1  0.000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.844809  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2097  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.02 
 
 		 553 aa  53.1  0.000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  29.67 
 
 		 371 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.99 
 
 		 391 aa  52.4  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000252486  hitchhiker  0.000793327 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0537  HlyD family multidrug resistance protein  25.09 
 
 		 381 aa  52.4  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.996753  normal  0.690705 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1640  CmeA  24.72 
 
 		 386 aa  51.6  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1023  RND family efflux transporter MFP subunit  29.65 
 
 		 378 aa  51.6  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.866452  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1204  secretion protein HlyD  25.38 
 
 		 395 aa  51.6  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.377097  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3628  secretion protein HlyD  29.15 
 
 		 361 aa  51.6  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.14 
 
 		 352 aa  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3333  RND family efflux transporter MFP subunit  30.59 
 
 		 377 aa  51.6  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  25 
 
 		 374 aa  51.6  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>