More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_2104 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_2104  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 249 aa  486  1e-136  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000184337  normal  0.104188 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1044  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 212 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0507985  normal  0.081223 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3931  transcriptional regulator, XRE family  36.56 
 
 		 253 aa  116  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.183179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  31.42 
 
 		 204 aa  89.7  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 199 aa  85.1  9e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 199 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 199 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 199 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  27.59 
 
 		 199 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  30.99 
 
 		 202 aa  78.2  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  28.27 
 
 		 182 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  25.62 
 
 		 192 aa  75.9  0.0000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 199 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 182 aa  75.5  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 182 aa  75.5  0.0000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 182 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  27 
 
 		 180 aa  73.2  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  32.35 
 
 		 182 aa  73.2  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 182 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1027  XRE family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 223 aa  72  0.000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.944907 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 182 aa  72  0.000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  27.09 
 
 		 197 aa  72  0.000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 211 aa  71.6  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 211 aa  71.6  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.8 
 
 		 199 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 201 aa  70.1  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 184 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 182 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  28.22 
 
 		 182 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  28.22 
 
 		 182 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  28.22 
 
 		 182 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 182 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 196 aa  69.3  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1441  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 227 aa  68.6  0.00000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0636175 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2734  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 178 aa  68.2  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00297691  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  27.98 
 
 		 199 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 182 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  28 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 208 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 208 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 208 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  29.21 
 
 		 182 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 192 aa  67.4  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 193 aa  67.4  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 192 aa  67.4  0.0000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 209 aa  66.2  0.0000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3586  XRE family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 207 aa  66.2  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.101767 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  29.9 
 
 		 201 aa  66.2  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 234 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  27.98 
 
 		 182 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 213 aa  65.5  0.0000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  29.38 
 
 		 182 aa  65.5  0.0000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 179 aa  65.1  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  27.98 
 
 		 182 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  27.8 
 
 		 225 aa  64.7  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 182 aa  64.7  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 182 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  27.72 
 
 		 191 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1434  transcriptional regulator, XRE family  27.83 
 
 		 232 aa  64.3  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.887851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 189 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 192 aa  64.3  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  29.44 
 
 		 204 aa  63.9  0.000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  28.72 
 
 		 188 aa  63.5  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  30.59 
 
 		 236 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.3 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2705  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  24.5 
 
 		 203 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.847169  normal  0.058179 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0277  XRE family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 204 aa  63.2  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.128046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 193 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2901  DNA-binding protein  24.5 
 
 		 182 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2125  transcriptional regulator  27.72 
 
 		 182 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0188  XRE family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 229 aa  62  0.000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.054457 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  30.24 
 
 		 179 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  30.24 
 
 		 179 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  30.24 
 
 		 179 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  30.24 
 
 		 236 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  30.24 
 
 		 179 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  30.24 
 
 		 179 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  30.24 
 
 		 179 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 199 aa  61.2  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 191 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 193 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  28.43 
 
 		 198 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  27.98 
 
 		 181 aa  61.2  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 191 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  28.43 
 
 		 198 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1819  transcriptional regulator, XRE family  26.53 
 
 		 191 aa  60.8  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0201582  normal  0.3413 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  27.98 
 
 		 181 aa  61.2  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 191 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 190 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 192 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  25.87 
 
 		 191 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 192 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 192 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 192 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 192 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  29.21 
 
 		 190 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0965  transcriptional regulator, XRE family  27.45 
 
 		 191 aa  59.3  0.00000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2087  XRE family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 195 aa  59.3  0.00000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 203 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>