103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_0370 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_0370  regulatory protein MerR  100 
 
 		 304 aa  597  1e-169  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0369  hypothetical protein  44.88 
 
 		 229 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  29.29 
 
 		 319 aa  97.1  3e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  30.6 
 
 		 319 aa  96.3  6e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  29.49 
 
 		 315 aa  94.7  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2972  MerR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 316 aa  85.5  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0234999  normal  0.559596 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2399  transcriptional regulator, MerR family  31.28 
 
 		 316 aa  84.7  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4299  regulatory protein MerR  33.33 
 
 		 337 aa  82  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0130356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1060  MerR family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.497246 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2776  transcriptional regulator  28.68 
 
 		 290 aa  80.9  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.379235  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1448  MerR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6238  regulatory protein, MerR  29.75 
 
 		 324 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.316883  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0238  hypothetical protein  31.3 
 
 		 320 aa  79  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3717  regulatory protein MerR  24.7 
 
 		 315 aa  77  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6541  transcriptional regulator, MerR family  31.2 
 
 		 309 aa  77  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0915123  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2702  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.17 
 
 		 305 aa  72.4  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1817  transcriptional regulator, MerR family  34.65 
 
 		 287 aa  71.6  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1384  transcriptional regulator, MerR family  25.78 
 
 		 298 aa  69.7  0.00000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000396773  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  27.43 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0487  regulatory protein, MerR  26.98 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3271  MerR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 335 aa  67.8  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.107511  normal  0.193811 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1049  transcriptional regulator, MerR family  28.1 
 
 		 304 aa  67.8  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.362937  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3567  transcriptional regulator, MerR family  33.09 
 
 		 389 aa  67  0.0000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.728715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3757  MerR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 333 aa  65.1  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00211459  hitchhiker  0.00419816 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5621  transcriptional regulator, MerR family  24.67 
 
 		 294 aa  63.5  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.695249 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2032  MerR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.662057  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5173  transcriptional regulator, MerR family  25.89 
 
 		 291 aa  60.1  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1107  MerR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 315 aa  58.9  0.00000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4927  MerR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 314 aa  58.2  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.464515  normal  0.276048 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0460  MerR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 319 aa  56.6  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5847  transcriptional regulator, MerR family  28.19 
 
 		 296 aa  56.6  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1212  MerR family transcriptional regulator  21.05 
 
 		 302 aa  56.2  0.0000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000132783  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1691  cobalamin B12-binding domain protein  29.9 
 
 		 339 aa  55.1  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1617  homocysteine S-methyltransferase  25.75 
 
 		 1189 aa  55.5  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2029  transcriptional regulator, MerR family  26.24 
 
 		 298 aa  54.7  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1174  methionine synthase (B12-dependent)  25.36 
 
 		 1158 aa  53.1  0.000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2028  transcriptional regulator, MerR family  24.04 
 
 		 318 aa  53.5  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000332734  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3324  cobalamin B12-binding protein  31.21 
 
 		 360 aa  53.1  0.000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3386  cobalamin B12-binding domain-containing protein  31.21 
 
 		 360 aa  53.1  0.000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0329482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3335  cobalamin B12-binding domain-containing protein  31.21 
 
 		 360 aa  53.1  0.000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.646328  normal  0.186158 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4630  MerR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 303 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  23.75 
 
 		 768 aa  52.8  0.000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0291  cobalamin B12-binding domain protein  26.15 
 
 		 356 aa  52.4  0.000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2387  B12-binding domain-containing protein  28.05 
 
 		 226 aa  52.4  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.543009  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4491  MerR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 311 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.51698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2881  methionine synthase  28.85 
 
 		 1168 aa  51.2  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0934972 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3056  transcriptional regulator, MerR family  38.14 
 
 		 344 aa  51.2  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.247137 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1612  putative transcriptional regulator, MerR family  50.7 
 
 		 351 aa  51.2  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0686  transcriptional regulator, MerR family  54 
 
 		 363 aa  50.4  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.162378  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4482  cobalamin binding protein-like protein  30 
 
 		 351 aa  50.4  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000437324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4437  regulatory protein, MerR  28.22 
 
 		 314 aa  50.4  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.889782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0108  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.24 
 
 		 356 aa  50.4  0.00004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4615  MerR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 311 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0859  homocysteine S-methyltransferase  25.33 
 
 		 804 aa  50.4  0.00004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000329444  normal  0.146867 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  22.3 
 
 		 768 aa  49.7  0.00006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2473  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.55 
 
 		 398 aa  49.7  0.00006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000169304 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0032  methionine synthase  27.13 
 
 		 1196 aa  49.7  0.00006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.392993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3692  MerR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 290 aa  49.3  0.00009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1030  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.19 
 
 		 358 aa  48.5  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00910  transcriptional regulator, MerR family protein  19.82 
 
 		 297 aa  48.9  0.0001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.307342  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3258  homocysteine S-methyltransferase  24.32 
 
 		 841 aa  48.5  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.728955  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1373  transcriptional regulator, MerR family  30.69 
 
 		 291 aa  48.5  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2786  methionine synthase  25.83 
 
 		 1195 aa  48.1  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000283973  hitchhiker  0.0000102663 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1467  cobalamin B12-binding  32.61 
 
 		 364 aa  47  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.225745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0087  methionine synthase  26.92 
 
 		 1149 aa  47  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.834345  normal  0.210518 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0092  methionine synthase  25.41 
 
 		 1150 aa  47  0.0004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0102  methionine synthase  25.41 
 
 		 1150 aa  47  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2213  transcriptional regulator, MerR family  25.59 
 
 		 322 aa  47  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.68316  normal  0.172033 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  24.67 
 
 		 800 aa  46.6  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1792  homocysteine S-methyltransferase  27.55 
 
 		 774 aa  47  0.0005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.709712  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3086  hypothetical protein  29.89 
 
 		 201 aa  46.2  0.0007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35010  predicted cobalamin binding protein  27.16 
 
 		 363 aa  46.2  0.0007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.77206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0894  MerR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 319 aa  45.4  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0085  methionine synthase (B12-dependent)  25 
 
 		 1150 aa  45.8  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.497685  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  21.23 
 
 		 301 aa  45.8  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4920  cobalamin B12-binding domain protein  29.3 
 
 		 366 aa  45.4  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.230842  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5849  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 295 aa  45.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3385  MerR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 345 aa  45.1  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5308  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  44.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  24.07 
 
 		 807 aa  44.7  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0064  methionine synthase  25.66 
 
 		 1254 aa  43.9  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.496444 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12156  5-methyltetrahydrofolate-homocystein methyltransferase metH  24.76 
 
 		 1192 aa  44.3  0.003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.726643 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0637  transcriptional regulator, MerR family  31.71 
 
 		 399 aa  44.3  0.003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61620  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  43.5  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.076426 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1758  MerR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 245 aa  43.5  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000235386 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3966  MerR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 167 aa  43.5  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.200799  normal  0.0248998 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3286  MerR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 321 aa  43.5  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1442  homocysteine S-methyltransferase  24.75 
 
 		 802 aa  43.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.195548  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0673  cobalamin B12-binding domain protein  27.17 
 
 		 349 aa  43.5  0.005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.846284 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5159  twin-arginine translocation pathway signal  36.61 
 
 		 336 aa  43.1  0.006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1164  MerR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 361 aa  43.1  0.006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5248  cobalamin B12-binding domain-containing protein  36.61 
 
 		 336 aa  43.1  0.006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5540  cobalamin B12-binding domain-containing protein  36.61 
 
 		 336 aa  43.1  0.006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.83435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2544  methionine synthase  24.36 
 
 		 1180 aa  43.1  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00356448  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  23.58 
 
 		 372 aa  43.1  0.006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5806  cobalamin B12-binding domain-containing protein  37.5 
 
 		 354 aa  42.7  0.007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3878  methionine synthase  28.44 
 
 		 1208 aa  42.7  0.007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00387489  normal  0.106452 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2587  transcriptional regulator, MerR family  37.21 
 
 		 354 aa  42.7  0.008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.366635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1165  MerR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 352 aa  42.4  0.009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>