More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3258 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  49.47 
 
 		 804 aa  818    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3258  homocysteine S-methyltransferase  100 
 
 		 841 aa  1707    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.728955  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  38.67 
 
 		 807 aa  613  9.999999999999999e-175  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  39.88 
 
 		 800 aa  608  9.999999999999999e-173  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1442  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  38.33 
 
 		 839 aa  583  1.0000000000000001e-165  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.955782  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2115  methionine synthase (B12-dependent)  39.19 
 
 		 841 aa  582  1e-164  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.356238  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2941  homocysteine S-methyltransferase  38.2 
 
 		 801 aa  572  1.0000000000000001e-162  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.651468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2722  methionine synthase I (cobalamin-dependent) methyltransferase subunit  37.96 
 
 		 801 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  38.31 
 
 		 818 aa  559  1e-158  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1548  homocysteine S-methyltransferase  39.76 
 
 		 804 aa  561  1e-158  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0662443  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3081  homocysteine S-methyltransferase  37.47 
 
 		 791 aa  551  1e-155  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19590  homocysteine S-methyltransferase  37.31 
 
 		 819 aa  546  1e-154  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.399567  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1442  homocysteine S-methyltransferase  37.86 
 
 		 802 aa  542  1e-153  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.195548  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0489  homocysteine S-methyltransferase  36.98 
 
 		 804 aa  543  1e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1413  homocysteine S-methyltransferase  37.77 
 
 		 806 aa  545  1e-153  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0607109  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0549  methionine synthase (B12-dependent)  37.41 
 
 		 804 aa  539  9.999999999999999e-153  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1858  homocysteine S-methyltransferase  37.85 
 
 		 803 aa  538  1e-151  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0262  homocysteine S-methyltransferase  38.05 
 
 		 813 aa  531  1e-149  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180962 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0277  homocysteine S-methyltransferase  38.07 
 
 		 811 aa  525  1e-147  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.357222  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0859  homocysteine S-methyltransferase  37.75 
 
 		 804 aa  523  1e-147  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000329444  normal  0.146867 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23490  methionine synthase (B12-dependent)  36.16 
 
 		 820 aa  518  1.0000000000000001e-145  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.136684  hitchhiker  0.0000158862 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  35.15 
 
 		 804 aa  500  1e-140  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0729  homocysteine S-methyltransferase  33.57 
 
 		 781 aa  467  9.999999999999999e-131  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  33.33 
 
 		 768 aa  459  9.999999999999999e-129  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  34 
 
 		 780 aa  458  1e-127  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  32.86 
 
 		 768 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1792  homocysteine S-methyltransferase  33.25 
 
 		 774 aa  443  1e-123  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.709712  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  32.61 
 
 		 816 aa  431  1e-119  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000403798  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0092  methionine synthase  32.77 
 
 		 1150 aa  402  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0102  methionine synthase  32.88 
 
 		 1150 aa  402  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0085  methionine synthase (B12-dependent)  32.65 
 
 		 1150 aa  399  1e-109  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.497685  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2544  methionine synthase  32.33 
 
 		 1180 aa  391  1e-107  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00356448  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0682  homocysteine S-methyltransferase  30.76 
 
 		 793 aa  390  1e-107  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0087  methionine synthase  32.99 
 
 		 1149 aa  389  1e-107  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.834345  normal  0.210518 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0032  methionine synthase  31.25 
 
 		 1196 aa  381  1e-104  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.392993  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1138  methionine synthase  30.71 
 
 		 1215 aa  367  1e-100  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.537288  normal  0.145457 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0064  methionine synthase  30.74 
 
 		 1254 aa  367  1e-100  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.496444 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3878  methionine synthase  30.87 
 
 		 1208 aa  369  1e-100  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00387489  normal  0.106452 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1617  homocysteine S-methyltransferase  30.95 
 
 		 1189 aa  367  1e-100  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2031  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  31.7 
 
 		 1163 aa  364  4e-99  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1854  methionine synthase  29.64 
 
 		 1154 aa  363  9e-99  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.516902 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1174  methionine synthase (B12-dependent)  30.38 
 
 		 1158 aa  362  1e-98  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1488  methionine synthase  31.53 
 
 		 1156 aa  360  8e-98  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.128181  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0868  methionine synthase  31.17 
 
 		 1132 aa  355  2e-96  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4108  methionine synthase  31.59 
 
 		 1132 aa  352  1e-95  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4366  methionine synthase  30.94 
 
 		 1132 aa  352  2e-95  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3611  methionine synthase  31.01 
 
 		 1191 aa  350  6e-95  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.134345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2495  methionine synthase  31.01 
 
 		 1191 aa  350  7e-95  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0723  methionine synthase  31.38 
 
 		 1151 aa  349  1e-94  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.830371  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4385  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  31.48 
 
 		 1132 aa  349  1e-94  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2983  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  30.13 
 
 		 1132 aa  349  1e-94  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4332  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  31.36 
 
 		 1132 aa  348  2e-94  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2881  methionine synthase  29.27 
 
 		 1168 aa  348  2e-94  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0934972 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1372  methionine synthase (B12-dependent)  29.92 
 
 		 1190 aa  347  7e-94  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.477278 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1825  methionine synthase (B12-dependent)  29.19 
 
 		 1158 aa  346  1e-93  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4499  methionine synthase  29.78 
 
 		 1173 aa  345  2e-93  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.629663  hitchhiker  0.00843884 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4156  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  30.78 
 
 		 1132 aa  345  2e-93  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4005  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  30.78 
 
 		 1133 aa  345  2e-93  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4478  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  30.78 
 
 		 1132 aa  345  2e-93  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4274  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  30.78 
 
 		 1132 aa  345  2e-93  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3995  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  30.78 
 
 		 1133 aa  344  4e-93  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3230  methionine synthase  30.79 
 
 		 1183 aa  343  5e-93  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1940  methionine synthase  29.71 
 
 		 1193 aa  343  5.999999999999999e-93  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.092673  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0923  putative methionine synthase  29.78 
 
 		 1188 aa  342  2e-92  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.554379  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09841  putative methionine synthase  29.86 
 
 		 1188 aa  341  2.9999999999999998e-92  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0707  methionine synthase  31.31 
 
 		 1136 aa  341  2.9999999999999998e-92  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2159  B12-dependent methionine synthase  30.51 
 
 		 1236 aa  341  4e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.088857 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2211  methionine synthase  28.65 
 
 		 1178 aa  340  7e-92  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1123  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  29.46 
 
 		 1208 aa  340  7e-92  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  decreased coverage  0.00712875  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2375  B12-dependent methionine synthase  30.79 
 
 		 1235 aa  339  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3320  B12-dependent methionine synthase  30.79 
 
 		 1235 aa  339  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.487541 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2433  methionine synthase  29.99 
 
 		 1236 aa  338  1.9999999999999998e-91  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10061  putative methionine synthase  29.92 
 
 		 1182 aa  338  1.9999999999999998e-91  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0164665 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0333  putative methionine synthase  29.92 
 
 		 1182 aa  337  3.9999999999999995e-91  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2292  methionine synthase  29.01 
 
 		 1157 aa  337  5.999999999999999e-91  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0622799  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5917  methionine synthase  28.62 
 
 		 1154 aa  337  5.999999999999999e-91  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0712476  normal  0.0446229 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1661  methionine synthase  30.21 
 
 		 1176 aa  336  1e-90  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.158089  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1206  B12-dependent methionine synthase  31.1 
 
 		 1232 aa  335  2e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1355  methionine synthase (B12-dependent)  29.17 
 
 		 1208 aa  335  2e-90  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.290102  normal  0.418289 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2492  methionine synthase (B12-dependent)  28.64 
 
 		 1224 aa  334  4e-90  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27020  methionine synthase (B12-dependent)  28.86 
 
 		 1184 aa  334  5e-90  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.12372  normal  0.910685 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3107  B12-dependent methionine synthase  30.51 
 
 		 1236 aa  334  5e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3739  B12-dependent methionine synthase  31.38 
 
 		 1252 aa  333  5e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1888  B12-dependent methionine synthase  30.49 
 
 		 1235 aa  333  6e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2325  methionine synthase  28.41 
 
 		 1171 aa  333  6e-90  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0940297  hitchhiker  0.00240742 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1549  methionine synthase  29.34 
 
 		 1156 aa  333  7.000000000000001e-90  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.217391 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5363  methionine synthase  30.24 
 
 		 1169 aa  333  1e-89  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.816675 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2133  methionine synthase  28.96 
 
 		 1169 aa  332  2e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0222  B12-dependent methionine synthase  30.1 
 
 		 1227 aa  332  2e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.145544 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2093  B12-dependent methionine synthase  30.82 
 
 		 1227 aa  332  2e-89  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.883808 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1947  methionine synthase  29.6 
 
 		 1223 aa  331  3e-89  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0537124  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2154  B12-dependent methionine synthase  30.16 
 
 		 1228 aa  331  3e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3282  B12-dependent methionine synthase  29.44 
 
 		 1244 aa  331  3e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3474  B12-dependent methionine synthase  30.63 
 
 		 1251 aa  330  6e-89  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1982  B12-dependent methionine synthase  30.49 
 
 		 1235 aa  330  7e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0368395  normal  0.238169 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09821  putative methionine synthase  29.4 
 
 		 1188 aa  329  1.0000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0838  B12-dependent methionine synthase  29.64 
 
 		 1244 aa  330  1.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3184  B12-dependent methionine synthase  29.64 
 
 		 1244 aa  329  1.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1073  methionine synthase (B12-dependent)  29.9 
 
 		 1197 aa  328  2.0000000000000001e-88  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4088  B12-dependent methionine synthase  31.42 
 
 		 1251 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.611508 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>