More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2375 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03891  B12-dependent methionine synthase  66.56 
 
 		 1227 aa  1652    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3978  methionine synthase  66.4 
 
 		 1227 aa  1647    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2375  B12-dependent methionine synthase  100 
 
 		 1235 aa  2547    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1545  B12-dependent methionine synthase  67.83 
 
 		 1237 aa  1689    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.396086  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0294  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  62.78 
 
 		 905 aa  1109    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0413  methionine synthase  62.56 
 
 		 905 aa  1129    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4332  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  38.72 
 
 		 1132 aa  744    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1101  B12-dependent methionine synthase  63.53 
 
 		 1230 aa  1611    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.875071  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0188  B12-dependent methionine synthase  62.27 
 
 		 1261 aa  1546    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1030  B12-dependent methionine synthase  62.59 
 
 		 1244 aa  1584    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2732  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  86.83 
 
 		 1239 aa  2243    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0346659  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4156  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  38.46 
 
 		 1132 aa  731    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3995  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  38.54 
 
 		 1133 aa  735    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4005  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  38.46 
 
 		 1133 aa  735    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2464  B12-dependent methionine synthase  87.08 
 
 		 1239 aa  2227    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.782684  normal  0.0191622 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0403  B12-dependent methionine synthase  65.88 
 
 		 1271 aa  1638    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0459446  hitchhiker  0.000026899 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0046  B12-dependent methionine synthase  63.58 
 
 		 1220 aa  1532    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.61869 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0222  B12-dependent methionine synthase  66.72 
 
 		 1227 aa  1670    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.145544 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3368  B12-dependent methionine synthase  62.49 
 
 		 1233 aa  1575    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0119  methionine synthase (B12-dependent)  61.35 
 
 		 915 aa  1088    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0234  B12-dependent methionine synthase  67.05 
 
 		 1237 aa  1655    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.545849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0283  B12-dependent methionine synthase  60.86 
 
 		 1290 aa  1510    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.383841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2159  B12-dependent methionine synthase  89.88 
 
 		 1236 aa  2296    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.088857 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0594  methionine synthase  62.56 
 
 		 905 aa  1129    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.52198  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2965  B12-dependent methionine synthase  62.74 
 
 		 1244 aa  1580    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1206  B12-dependent methionine synthase  64.38 
 
 		 1232 aa  1650    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3107  B12-dependent methionine synthase  87.54 
 
 		 1236 aa  2245    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3346  methionine synthase (B12-dependent)  62.6 
 
 		 908 aa  1114    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0147  methionine synthase (B12-dependent)  59.67 
 
 		 912 aa  1056    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.287887  normal  0.989958 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1526  B12-dependent methionine synthase  69.36 
 
 		 1232 aa  1759    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2154  B12-dependent methionine synthase  63.78 
 
 		 1228 aa  1607    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6260  methionine synthase (B12-dependent)  62.22 
 
 		 901 aa  1106    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0315  B12-dependent methionine synthase  59.12 
 
 		 1225 aa  1486    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000170465 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1510  methionine synthase  61.01 
 
 		 891 aa  1090    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1692  B12-dependent methionine synthase  56.75 
 
 		 1224 aa  1433    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7061  B12-dependent methionine synthase  61.44 
 
 		 1287 aa  1509    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0172  B12-dependent methionine synthase  62.5 
 
 		 1239 aa  1571    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432955  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4478  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  38.46 
 
 		 1132 aa  731    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3658  hypothetical protein  62.05 
 
 		 900 aa  1114    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0544622 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3053  B12-dependent methionine synthase  61.39 
 
 		 1251 aa  1524    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.453999 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0595  B12-dependent methionine synthase  64.15 
 
 		 1272 aa  1630    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0045  B12-dependent methionine synthase  62.81 
 
 		 1267 aa  1624    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1979  methionine synthase  61.29 
 
 		 916 aa  1060    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0357  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  62.67 
 
 		 905 aa  1107    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.569337  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0014  methionine synthase  58.05 
 
 		 911 aa  1002    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0698387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2399  methionine synthase (B12-dependent)  59.07 
 
 		 902 aa  1010    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.561826 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0112  B12-dependent methionine synthase  54.31 
 
 		 1259 aa  1260    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.937971  normal  0.535785 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1764  B12-dependent methionine synthase  60.52 
 
 		 1304 aa  1515    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.075059  normal  0.0106397 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3206  methionine synthase (B12-dependent)  60.43 
 
 		 878 aa  1021    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.336651  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0214  methionine synthase (B12-dependent)  60.17 
 
 		 907 aa  1058    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3219  methionine synthase  62.56 
 
 		 905 aa  1129    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0466  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  55.92 
 
 		 965 aa  1023    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2010  B12-dependent methionine synthase  69.13 
 
 		 1233 aa  1758    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3735  B12-dependent methionine synthase  59.39 
 
 		 1286 aa  1480    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.391435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2509  B12-dependent methionine synthase  60 
 
 		 1262 aa  1499    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0710  B12-dependent methionine synthase  63.18 
 
 		 1240 aa  1582    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0174  methionine synthase (B12-dependent)  58.07 
 
 		 944 aa  1035    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.106933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_2997  methionine synthase  62.6 
 
 		 908 aa  1114    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.199846 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4243  methionine synthase (B12-dependent)  61.39 
 
 		 905 aa  1094    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.16214 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1115  B12-dependent methionine synthase  62.89 
 
 		 1241 aa  1591    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3541  B12-dependent methionine synthase  60.46 
 
 		 1293 aa  1504    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0988023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1889  B12-dependent methionine synthase  69.41 
 
 		 1245 aa  1773    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0363  B12-dependent methionine synthase  60.95 
 
 		 1261 aa  1496    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0449  B12-dependent methionine synthase  65.03 
 
 		 1271 aa  1612    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.37086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0433  methionine synthase  62.44 
 
 		 905 aa  1127    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0790009  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0088  methionine synthase (B12-dependent)  61.9 
 
 		 915 aa  1116    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.3983  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1848  methionine synthase (B12-dependent)  57.32 
 
 		 909 aa  1028    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1336  B12-dependent methionine synthase  59.05 
 
 		 1226 aa  1393    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.262937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0117  methionine synthase  58.67 
 
 		 939 aa  1050    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0603491 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3618  methionine synthase (B12-dependent)  62.15 
 
 		 913 aa  1118    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.279732  hitchhiker  0.0036931 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0037  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  60.43 
 
 		 873 aa  1018    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0357424  normal  0.645269 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3161  B12-dependent methionine synthase  62.3 
 
 		 1264 aa  1537    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.95608 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2303  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  62.78 
 
 		 905 aa  1140    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3149  B12-dependent methionine synthase  62.35 
 
 		 1220 aa  1529    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.3138  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0328  B12-dependent methionine synthase  63.75 
 
 		 1264 aa  1576    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0250  methionine synthase  62.56 
 
 		 905 aa  1129    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.344603  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1434  methionine synthase (B12-dependent)  61.87 
 
 		 897 aa  1113    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.162327 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2808  B12-dependent methionine synthase  65.61 
 
 		 1226 aa  1653    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0182  B12-dependent methionine synthase  62.27 
 
 		 1261 aa  1547    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0838  B12-dependent methionine synthase  62.91 
 
 		 1244 aa  1588    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3184  B12-dependent methionine synthase  62.99 
 
 		 1244 aa  1592    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2132  B12-dependent methionine synthase  64.15 
 
 		 1245 aa  1608    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.638146 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0872  B12-dependent methionine synthase  62.52 
 
 		 1238 aa  1577    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2436  methionine synthase  60.5 
 
 		 885 aa  1056    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0619597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0168  methionine synthase (B12-dependent)  60.77 
 
 		 923 aa  1067    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.616802 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2966  methionine synthase  63 
 
 		 905 aa  1121    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40670  B12-dependent methionine synthase  88.25 
 
 		 1234 aa  2263    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0754274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_45056  B12 dependent methionine synthase  53.29 
 
 		 1252 aa  1309    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00353368  normal  0.902557 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1344  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  62.56 
 
 		 905 aa  1129    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.471509  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2917  methionine synthase  62.78 
 
 		 905 aa  1140    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.978169  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3690  B12-dependent methionine synthase  60.42 
 
 		 1220 aa  1483    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3282  B12-dependent methionine synthase  62.83 
 
 		 1244 aa  1591    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3320  B12-dependent methionine synthase  99.6 
 
 		 1235 aa  2538    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.487541 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2102  B12-dependent methionine synthase  57.93 
 
 		 1249 aa  1478    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.876734  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1935  B12-dependent methionine synthase  63.08 
 
 		 1250 aa  1536    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.688432  normal  0.0193285 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2631  B12-dependent methionine synthase  62.57 
 
 		 1244 aa  1566    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0960245  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0758  B12-dependent methionine synthase  63.81 
 
 		 1246 aa  1604    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.659122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3211  B12-dependent methionine synthase  62.3 
 
 		 1264 aa  1536    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.509178 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0113  B12-dependent methionine synthase  64.94 
 
 		 1227 aa  1638    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.352445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3474  B12-dependent methionine synthase  62.09 
 
 		 1251 aa  1556    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>