166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4920 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_4920  cobalamin B12-binding domain protein  100 
 
 		 366 aa  721    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.230842  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1030  cobalamin B12-binding domain-containing protein  64.24 
 
 		 358 aa  423  1e-117  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3324  cobalamin B12-binding protein  64.74 
 
 		 360 aa  400  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3386  cobalamin B12-binding domain-containing protein  64.74 
 
 		 360 aa  400  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0329482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3335  cobalamin B12-binding domain-containing protein  64.74 
 
 		 360 aa  400  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.646328  normal  0.186158 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5806  cobalamin B12-binding domain-containing protein  62.16 
 
 		 354 aa  343  2.9999999999999997e-93  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4482  cobalamin binding protein-like protein  56.33 
 
 		 351 aa  304  2.0000000000000002e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000437324  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2584  cobalamin B12-binding domain protein  45.51 
 
 		 354 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0156694 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0967  cobalamin B12-binding domain protein  43.75 
 
 		 325 aa  214  2.9999999999999995e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.502888  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35010  predicted cobalamin binding protein  33.83 
 
 		 363 aa  154  2e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.77206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5159  twin-arginine translocation pathway signal  34.47 
 
 		 336 aa  140  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5248  cobalamin B12-binding domain-containing protein  34.47 
 
 		 336 aa  140  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5540  cobalamin B12-binding domain-containing protein  34.47 
 
 		 336 aa  140  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.83435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1467  cobalamin B12-binding  37.84 
 
 		 364 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.225745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2639  cobalamin B12-binding  28.99 
 
 		 222 aa  98.6  2e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  28.17 
 
 		 372 aa  96.3  7e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0673  cobalamin B12-binding domain protein  30.33 
 
 		 349 aa  94  4e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.846284 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0291  cobalamin B12-binding domain protein  32.16 
 
 		 356 aa  88.2  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2702  cobalamin B12-binding domain-containing protein  38.1 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1208  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  33.17 
 
 		 210 aa  84  0.000000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0729  Methionine synthase  27.86 
 
 		 212 aa  82  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.342972  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2473  cobalamin B12-binding domain-containing protein  31.4 
 
 		 398 aa  80.9  0.00000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000169304 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3258  cobalamin B12-binding domain-containing protein  32.65 
 
 		 370 aa  80.1  0.00000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2582  Methionine synthase  28.43 
 
 		 213 aa  78.2  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.242133  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1691  cobalamin B12-binding domain protein  31.87 
 
 		 339 aa  74.7  0.000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  31 
 
 		 607 aa  73.2  0.000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  25.37 
 
 		 780 aa  71.6  0.00000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2722  methionine synthase I (cobalamin-dependent) methyltransferase subunit  33.17 
 
 		 801 aa  69.3  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  30.06 
 
 		 315 aa  68.2  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0108  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.04 
 
 		 356 aa  66.6  0.0000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  30.52 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  31.91 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2116  corrinoid methyltransferase  26.24 
 
 		 209 aa  65.1  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00601394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  19.17 
 
 		 301 aa  64.3  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1732  Methionine synthase  28.08 
 
 		 210 aa  64.3  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1729  Methionine synthase  28.08 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1442  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  27.64 
 
 		 839 aa  63.2  0.000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.955782  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  30.05 
 
 		 804 aa  62.4  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0549  methionine synthase (B12-dependent)  32.21 
 
 		 804 aa  62  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1468  methionine synthase  28.22 
 
 		 218 aa  62  0.00000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.543896  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  28.99 
 
 		 800 aa  62  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15360  Methionine synthase  27.38 
 
 		 210 aa  62  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0978  response regulator receiver protein  22.31 
 
 		 280 aa  62  0.00000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.144383 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0489  homocysteine S-methyltransferase  28.43 
 
 		 804 aa  60.5  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3658  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.32 
 
 		 210 aa  60.5  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.435157  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  30.65 
 
 		 293 aa  59.7  0.00000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0675  cobalamin B12-binding domain protein  25.99 
 
 		 224 aa  59.7  0.00000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000394435  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4611  cobalamin B12-binding domain protein  29.94 
 
 		 210 aa  59.3  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.855843  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0262  homocysteine S-methyltransferase  29 
 
 		 813 aa  59.3  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180962 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0859  homocysteine S-methyltransferase  27.8 
 
 		 804 aa  59.3  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000329444  normal  0.146867 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2641  cobalamin B12-binding domain protein  27.36 
 
 		 210 aa  58.2  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 293 aa  58.2  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3881  cobalamin B12-binding domain protein  25.76 
 
 		 216 aa  58.2  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000148578  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3258  homocysteine S-methyltransferase  23.44 
 
 		 841 aa  57.8  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.728955  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1212  methionine synthase  32.31 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.807396  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0682  homocysteine S-methyltransferase  27.03 
 
 		 793 aa  57.4  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0277  homocysteine S-methyltransferase  28.5 
 
 		 811 aa  57  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.357222  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1827  cobalamin B12-binding domain protein  29.56 
 
 		 213 aa  57  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1605  cobalamin B12-binding domain protein  23.86 
 
 		 212 aa  57  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000212682  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2028  transcriptional regulator, MerR family  31.66 
 
 		 318 aa  57  0.0000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000332734  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1776  methionine synthase  27.5 
 
 		 232 aa  56.6  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.354351  normal  0.011957 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3199  Methionine synthase B12-binding module cap domain protein  22.93 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2122  putative dimethylamine corrinoid protein  27.5 
 
 		 232 aa  56.2  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.154357  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0797  methionine synthase  27.5 
 
 		 232 aa  56.2  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.310628  normal  0.286279 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0061  cobalamin B12-binding domain-containing protein  32.41 
 
 		 217 aa  55.8  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3086  hypothetical protein  25 
 
 		 201 aa  55.1  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2288  dimethylamine corrinoid protein  30.95 
 
 		 168 aa  54.7  0.000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.974802  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1895  cobalamin B12-binding domain protein  33.9 
 
 		 209 aa  55.1  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1413  homocysteine S-methyltransferase  27 
 
 		 806 aa  55.1  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0607109  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2567  cobalamin B12-binding domain protein  26.57 
 
 		 206 aa  54.7  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474708  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  22.5 
 
 		 804 aa  53.9  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0075  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.7 
 
 		 219 aa  53.9  0.000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.916725  normal  0.540278 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1041  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.09 
 
 		 211 aa  53.9  0.000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.388992 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  34.4 
 
 		 816 aa  53.9  0.000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000403798  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1503  dimethylamine corrinoid protein  26.61 
 
 		 217 aa  53.5  0.000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.153126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1827  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.83 
 
 		 219 aa  53.5  0.000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1107  cobalamin B12-binding domain protein  29.51 
 
 		 210 aa  53.1  0.000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3081  homocysteine S-methyltransferase  27.19 
 
 		 791 aa  52.8  0.000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19540  predicted cobalamin binding protein  27.93 
 
 		 219 aa  52.8  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.109769  hitchhiker  0.00000629767 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0840  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.96 
 
 		 219 aa  52.4  0.00001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2213  transcriptional regulator, MerR family  31.62 
 
 		 322 aa  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.68316  normal  0.172033 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1523  methionine synthase  23.86 
 
 		 1136 aa  51.6  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2550  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  25.83 
 
 		 235 aa  51.6  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5285  cobalamin B12-binding  29.85 
 
 		 295 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.109441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0707  methionine synthase  25.83 
 
 		 232 aa  51.2  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.784551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0729  homocysteine S-methyltransferase  27.84 
 
 		 781 aa  51.6  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4818  cobalamin B12-binding  30.35 
 
 		 295 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0282742 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1470  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  25.83 
 
 		 232 aa  51.2  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0720  cobalamin B12-binding domain protein  28.83 
 
 		 211 aa  51.2  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1603  cobalamin B12-binding domain protein  28.21 
 
 		 211 aa  50.8  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000910131  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1060  MerR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 300 aa  50.8  0.00004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.497246 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1548  homocysteine S-methyltransferase  30.66 
 
 		 804 aa  50.8  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0662443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3735  B12-dependent methionine synthase  29.59 
 
 		 1286 aa  50.4  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.391435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1431  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28 
 
 		 222 aa  50.4  0.00005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000156586  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1442  homocysteine S-methyltransferase  26.67 
 
 		 802 aa  49.7  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.195548  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  28.5 
 
 		 818 aa  49.3  0.00009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1365  dimethylamine corrinoid protein  31.03 
 
 		 251 aa  48.9  0.0001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000000308359  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3271  MerR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 335 aa  49.3  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.107511  normal  0.193811 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  21.5 
 
 		 807 aa  49.3  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4337  cobalamin B12-binding domain-containing protein  24.07 
 
 		 326 aa  48.5  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.125438  normal  0.389787 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>