235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1529 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  100 
 
 		 372 aa  776    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3258  cobalamin B12-binding domain-containing protein  38.62 
 
 		 370 aa  262  6e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0655  cobalamin B12-binding domain protein  25.54 
 
 		 384 aa  157  3e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0673  cobalamin B12-binding domain protein  28.8 
 
 		 349 aa  142  7e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.846284 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2473  cobalamin B12-binding domain-containing protein  24.84 
 
 		 398 aa  127  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000169304 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1467  cobalamin B12-binding  26.03 
 
 		 364 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.225745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3086  hypothetical protein  29.35 
 
 		 201 aa  117  5e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0108  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.67 
 
 		 356 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1691  cobalamin B12-binding domain protein  25.55 
 
 		 339 aa  110  3e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2639  cobalamin B12-binding  32.95 
 
 		 222 aa  108  1e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35010  predicted cobalamin binding protein  29.33 
 
 		 363 aa  100  4e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.77206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0291  cobalamin B12-binding domain protein  30.41 
 
 		 356 aa  98.2  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1030  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.83 
 
 		 358 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4920  cobalamin B12-binding domain protein  28.5 
 
 		 366 aa  95.5  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.230842  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  33 
 
 		 315 aa  94.7  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3324  cobalamin B12-binding protein  25.59 
 
 		 360 aa  93.6  5e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3386  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.59 
 
 		 360 aa  93.6  5e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0329482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3335  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.59 
 
 		 360 aa  93.6  5e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.646328  normal  0.186158 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  27.86 
 
 		 301 aa  92.4  1e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2584  cobalamin B12-binding domain protein  27.14 
 
 		 354 aa  91.3  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0156694 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0978  response regulator receiver protein  31.67 
 
 		 280 aa  90.1  5e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.144383 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0729  Methionine synthase  28.1 
 
 		 212 aa  89.4  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.342972  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  31.76 
 
 		 319 aa  85.1  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2702  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.91 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2387  B12-binding domain-containing protein  25 
 
 		 226 aa  82  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.543009  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  30.36 
 
 		 319 aa  81.6  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4482  cobalamin binding protein-like protein  32.03 
 
 		 351 aa  80.9  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000437324  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  29.67 
 
 		 293 aa  79  0.0000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  23.83 
 
 		 768 aa  77  0.0000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  23.83 
 
 		 768 aa  77  0.0000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4325  methyltransferase cognate corrinoid protein  27.23 
 
 		 214 aa  75.5  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0061  cobalamin B12-binding domain-containing protein  38.18 
 
 		 217 aa  75.9  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3258  homocysteine S-methyltransferase  22.33 
 
 		 841 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.728955  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1605  cobalamin B12-binding domain protein  25.36 
 
 		 212 aa  75.9  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000212682  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5806  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.92 
 
 		 354 aa  75.1  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  26.61 
 
 		 607 aa  74.7  0.000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0682  homocysteine S-methyltransferase  26.01 
 
 		 793 aa  74.3  0.000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1468  methionine synthase  26.91 
 
 		 218 aa  74.3  0.000000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.543896  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0024  methyltransferase cognate corrinoid protein  29.44 
 
 		 220 aa  73.2  0.000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0720  cobalamin B12-binding domain protein  23.26 
 
 		 211 aa  73.2  0.000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1792  homocysteine S-methyltransferase  22.49 
 
 		 774 aa  72.8  0.000000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.709712  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2104  cobalamin B12-binding domain protein  24.53 
 
 		 228 aa  72  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0454156  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0967  cobalamin B12-binding domain protein  27.39 
 
 		 325 aa  72.4  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.502888  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1442  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  24.76 
 
 		 839 aa  72.4  0.00000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.955782  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2641  cobalamin B12-binding domain protein  23.92 
 
 		 210 aa  71.6  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0675  cobalamin B12-binding domain protein  28 
 
 		 224 aa  71.2  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000394435  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3271  MerR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 335 aa  70.9  0.00000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.107511  normal  0.193811 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  27.12 
 
 		 780 aa  71.2  0.00000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5159  twin-arginine translocation pathway signal  28 
 
 		 336 aa  70.9  0.00000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5248  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28 
 
 		 336 aa  70.9  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5540  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28 
 
 		 336 aa  70.9  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.83435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1212  methionine synthase  25.24 
 
 		 224 aa  70.5  0.00000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.807396  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4818  cobalamin B12-binding  27.31 
 
 		 295 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0282742 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1208  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  24.76 
 
 		 210 aa  70.1  0.00000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6238  regulatory protein, MerR  25.94 
 
 		 324 aa  69.7  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.316883  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1602  DNA binding domain protein, excisionase family  32.62 
 
 		 295 aa  68.9  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.200885  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5285  cobalamin B12-binding  26.87 
 
 		 295 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.109441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 293 aa  68.9  0.0000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1729  Methionine synthase  26.38 
 
 		 210 aa  68.6  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2751  cobalamin B12-binding protein  25 
 
 		 236 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  20.68 
 
 		 804 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2582  Methionine synthase  24.86 
 
 		 213 aa  67.8  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.242133  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  22.22 
 
 		 800 aa  67.8  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0549  methionine synthase (B12-dependent)  27.23 
 
 		 804 aa  67.4  0.0000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1041  cobalamin B12-binding domain-containing protein  23.94 
 
 		 211 aa  67  0.0000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.388992 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3604  dimethylamine corrinoid protein  26.67 
 
 		 214 aa  66.6  0.0000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.220504 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3757  MerR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 333 aa  66.6  0.0000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00211459  hitchhiker  0.00419816 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1732  Methionine synthase  23.7 
 
 		 210 aa  66.6  0.0000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0418  cobalamin-dependent methionine synthase, B12-binding  24.5 
 
 		 220 aa  66.6  0.0000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1728  cobalamin B12-binding domain protein  27.57 
 
 		 293 aa  66.6  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0489  homocysteine S-methyltransferase  25.11 
 
 		 804 aa  66.2  0.0000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1835  cobalamin B12-binding domain protein  25.44 
 
 		 212 aa  66.2  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3881  cobalamin B12-binding domain protein  24.43 
 
 		 216 aa  64.7  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000148578  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1107  MerR family transcriptional regulator  28 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3983  cobalamin B12-binding  23.46 
 
 		 297 aa  63.9  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.110014 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0729  homocysteine S-methyltransferase  23.84 
 
 		 781 aa  62.8  0.000000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0277  homocysteine S-methyltransferase  26.19 
 
 		 811 aa  62.4  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.357222  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2028  transcriptional regulator, MerR family  27.8 
 
 		 318 aa  62.4  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000332734  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  24.88 
 
 		 804 aa  62  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0487  regulatory protein, MerR  26.34 
 
 		 301 aa  62  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2445  methionine synthase  23.92 
 
 		 1199 aa  61.6  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.795669  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0859  homocysteine S-methyltransferase  26.17 
 
 		 804 aa  61.2  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000329444  normal  0.146867 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2116  corrinoid methyltransferase  26.83 
 
 		 209 aa  61.6  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00601394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2641  hypothetical protein  24.22 
 
 		 156 aa  61.6  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0262  homocysteine S-methyltransferase  26.67 
 
 		 813 aa  61.6  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180962 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1365  dimethylamine corrinoid protein  25.73 
 
 		 251 aa  62  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000000308359  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2044  cobalamin B12-binding domain protein  23.66 
 
 		 322 aa  62  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.10014 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2122  putative dimethylamine corrinoid protein  25.83 
 
 		 232 aa  60.8  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.154357  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2288  dimethylamine corrinoid protein  26.16 
 
 		 168 aa  61.2  0.00000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.974802  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0797  methionine synthase  25.83 
 
 		 232 aa  60.8  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.310628  normal  0.286279 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1827  cobalamin B12-binding domain protein  30.06 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0597  cobalamin B12-binding domain-containing protein  22.82 
 
 		 218 aa  59.7  0.00000009  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2399  transcriptional regulator, MerR family  29.92 
 
 		 316 aa  59.7  0.00000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1776  methionine synthase  22.4 
 
 		 232 aa  59.3  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.354351  normal  0.011957 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1501  dimethylamine corrinoid protein  24.02 
 
 		 208 aa  59.3  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000000126339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3085  hypothetical protein  28.57 
 
 		 164 aa  59.3  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1413  homocysteine S-methyltransferase  25.65 
 
 		 806 aa  58.9  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0607109  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2776  transcriptional regulator  27.17 
 
 		 290 aa  58.9  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.379235  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1368  trimethylamine corrinoid protein  24.75 
 
 		 216 aa  58.5  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000000000818926  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0707  methionine synthase  23.58 
 
 		 232 aa  58.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.784551  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>