203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2473 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2473  cobalamin B12-binding domain-containing protein  100 
 
 		 398 aa  799    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000169304 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0673  cobalamin B12-binding domain protein  42.67 
 
 		 349 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.846284 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1691  cobalamin B12-binding domain protein  37.42 
 
 		 339 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0108  cobalamin B12-binding domain-containing protein  35.18 
 
 		 356 aa  174  1.9999999999999998e-42  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3086  hypothetical protein  40.82 
 
 		 201 aa  160  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1467  cobalamin B12-binding  31.74 
 
 		 364 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.225745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  29.61 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3258  cobalamin B12-binding domain-containing protein  33.8 
 
 		 370 aa  133  3.9999999999999996e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  24.84 
 
 		 372 aa  127  3e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0291  cobalamin B12-binding domain protein  39.04 
 
 		 356 aa  124  4e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2639  cobalamin B12-binding  29.44 
 
 		 222 aa  116  7.999999999999999e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3983  cobalamin B12-binding  30.97 
 
 		 297 aa  86.3  9e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.110014 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1728  cobalamin B12-binding domain protein  28.09 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0729  Methionine synthase  26.19 
 
 		 212 aa  81.6  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.342972  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1030  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.46 
 
 		 358 aa  80.9  0.00000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2584  cobalamin B12-binding domain protein  31.55 
 
 		 354 aa  80.5  0.00000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0156694 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2751  cobalamin B12-binding protein  30.73 
 
 		 236 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1311  cobalamin B12-binding  32.31 
 
 		 289 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.650213 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3738  cobalamin B12-binding  27.8 
 
 		 295 aa  77.4  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0514741  hitchhiker  0.000397426 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  25.44 
 
 		 804 aa  77  0.0000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2387  B12-binding domain-containing protein  31.55 
 
 		 226 aa  76.6  0.0000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.543009  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35010  predicted cobalamin binding protein  31.53 
 
 		 363 aa  76.3  0.0000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.77206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25850  predicted cobalamin binding protein  29.63 
 
 		 217 aa  75.5  0.000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2784  cobalamin B12-binding protein  30.19 
 
 		 221 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0108719  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0859  homocysteine S-methyltransferase  26.47 
 
 		 804 aa  75.9  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000329444  normal  0.146867 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4920  cobalamin B12-binding domain protein  30.32 
 
 		 366 aa  75.9  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.230842  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0655  cobalamin B12-binding domain protein  23.78 
 
 		 384 aa  74.3  0.000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3324  cobalamin B12-binding protein  29.95 
 
 		 360 aa  72  0.00000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3386  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.95 
 
 		 360 aa  72  0.00000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0329482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3335  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.95 
 
 		 360 aa  72  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.646328  normal  0.186158 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3258  homocysteine S-methyltransferase  23.25 
 
 		 841 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.728955  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19540  predicted cobalamin binding protein  28.48 
 
 		 219 aa  72  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.109769  hitchhiker  0.00000629767 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0418  cobalamin-dependent methionine synthase, B12-binding  27.38 
 
 		 220 aa  71.6  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0682  homocysteine S-methyltransferase  24.85 
 
 		 793 aa  71.2  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1365  dimethylamine corrinoid protein  30 
 
 		 251 aa  70.9  0.00000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000000308359  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  25 
 
 		 768 aa  70.5  0.00000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0061  cobalamin B12-binding domain-containing protein  33.04 
 
 		 217 aa  70.1  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  27.32 
 
 		 315 aa  69.7  0.00000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0720  cobalamin B12-binding domain protein  22.29 
 
 		 211 aa  69.3  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0840  cobalamin B12-binding domain-containing protein  24.85 
 
 		 219 aa  69.3  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2104  cobalamin B12-binding domain protein  30.54 
 
 		 228 aa  68.9  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0454156  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2044  cobalamin B12-binding domain protein  27.55 
 
 		 322 aa  68.6  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.10014 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23490  methionine synthase (B12-dependent)  29.82 
 
 		 820 aa  68.9  0.0000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.136684  hitchhiker  0.0000158862 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0967  cobalamin B12-binding domain protein  29.82 
 
 		 325 aa  68.6  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.502888  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  30.64 
 
 		 816 aa  67.8  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000403798  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1212  methionine synthase  27.89 
 
 		 224 aa  67.8  0.0000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.807396  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1548  homocysteine S-methyltransferase  26.48 
 
 		 804 aa  67.8  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0662443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  23.23 
 
 		 768 aa  68.2  0.0000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3604  dimethylamine corrinoid protein  27.49 
 
 		 214 aa  67.4  0.0000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.220504 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1776  methionine synthase  26.2 
 
 		 232 aa  67.8  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.354351  normal  0.011957 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1827  cobalamin B12-binding domain-containing protein  24.85 
 
 		 219 aa  67.8  0.0000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5285  cobalamin B12-binding  26.52 
 
 		 295 aa  67  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.109441  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2582  Methionine synthase  24.77 
 
 		 213 aa  67  0.0000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.242133  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4818  cobalamin B12-binding  26.52 
 
 		 295 aa  67  0.0000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0282742 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1501  dimethylamine corrinoid protein  30.94 
 
 		 208 aa  67  0.0000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000000126339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2116  corrinoid methyltransferase  28.4 
 
 		 209 aa  67  0.0000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00601394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2288  dimethylamine corrinoid protein  28.24 
 
 		 168 aa  67  0.0000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.974802  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  27.22 
 
 		 319 aa  67  0.0000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5159  twin-arginine translocation pathway signal  32.68 
 
 		 336 aa  66.6  0.0000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5248  cobalamin B12-binding domain-containing protein  32.68 
 
 		 336 aa  66.6  0.0000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5540  cobalamin B12-binding domain-containing protein  32.68 
 
 		 336 aa  66.6  0.0000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.83435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5806  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.15 
 
 		 354 aa  66.6  0.0000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  28.82 
 
 		 319 aa  66.6  0.0000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5363  cobalamin B12-binding domain protein  26.49 
 
 		 295 aa  66.2  0.0000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.222451 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  27.86 
 
 		 818 aa  66.2  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2702  cobalamin B12-binding domain-containing protein  24.6 
 
 		 305 aa  65.5  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1208  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  30.33 
 
 		 210 aa  65.1  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116164  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 293 aa  65.5  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0075  cobalamin B12-binding domain-containing protein  24.85 
 
 		 219 aa  65.1  0.000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.916725  normal  0.540278 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  22.69 
 
 		 807 aa  65.5  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4325  methyltransferase cognate corrinoid protein  26.04 
 
 		 214 aa  65.5  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1827  cobalamin B12-binding domain protein  26.87 
 
 		 213 aa  64.7  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0978  response regulator receiver protein  21.79 
 
 		 280 aa  64.7  0.000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.144383 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1468  methionine synthase  27.27 
 
 		 218 aa  64.7  0.000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.543896  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  27.11 
 
 		 607 aa  63.2  0.000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1442  homocysteine S-methyltransferase  26.82 
 
 		 802 aa  63.2  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.195548  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0840  monomethylamine corrinoid protein  25.91 
 
 		 217 aa  62.4  0.00000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.960899  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0847  monomethylamine corrinoid protein  25.91 
 
 		 217 aa  62.4  0.00000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2567  cobalamin B12-binding domain protein  24.59 
 
 		 206 aa  62.4  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474708  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1107  cobalamin B12-binding domain protein  27.23 
 
 		 210 aa  61.6  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4482  cobalamin binding protein-like protein  26.47 
 
 		 351 aa  61.6  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000437324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2115  methionine synthase (B12-dependent)  26.89 
 
 		 841 aa  61.6  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.356238  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0675  cobalamin B12-binding domain protein  25.86 
 
 		 224 aa  62.4  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000394435  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0956  cobalamin B12-binding protein  22.54 
 
 		 214 aa  61.2  0.00000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2028  transcriptional regulator, MerR family  31.84 
 
 		 318 aa  60.8  0.00000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000332734  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3081  homocysteine S-methyltransferase  22.73 
 
 		 791 aa  60.8  0.00000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1110  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.89 
 
 		 208 aa  60.8  0.00000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1470  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  28.35 
 
 		 232 aa  60.5  0.00000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  25.13 
 
 		 800 aa  60.1  0.00000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  27.16 
 
 		 804 aa  58.9  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3658  cobalamin B12-binding domain-containing protein  24.63 
 
 		 210 aa  59.3  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.435157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2550  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  27.2 
 
 		 235 aa  59.3  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2641  cobalamin B12-binding domain protein  33.33 
 
 		 210 aa  58.9  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0539  cobalamin B12-binding domain protein  24.42 
 
 		 218 aa  59.3  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  23.3 
 
 		 780 aa  59.3  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4337  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.42 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.125438  normal  0.389787 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2122  putative dimethylamine corrinoid protein  25.97 
 
 		 232 aa  58.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.154357  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2722  methionine synthase I (cobalamin-dependent) methyltransferase subunit  26.94 
 
 		 801 aa  58.9  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2368  cobalamin B12-binding domain protein  24.42 
 
 		 213 aa  58.5  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1603  cobalamin B12-binding domain protein  23.68 
 
 		 211 aa  58.5  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000910131  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>