203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1467 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1467  cobalamin B12-binding  100 
 
 		 364 aa  736    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.225745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2473  cobalamin B12-binding domain-containing protein  32.69 
 
 		 398 aa  153  5.9999999999999996e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000169304 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0673  cobalamin B12-binding domain protein  32.57 
 
 		 349 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.846284 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  26.14 
 
 		 372 aa  123  4e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1030  cobalamin B12-binding domain-containing protein  38.58 
 
 		 358 aa  109  9.000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3086  hypothetical protein  30.89 
 
 		 201 aa  107  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1691  cobalamin B12-binding domain protein  27.74 
 
 		 339 aa  107  4e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3324  cobalamin B12-binding protein  37.38 
 
 		 360 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3386  cobalamin B12-binding domain-containing protein  37.38 
 
 		 360 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0329482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3335  cobalamin B12-binding domain-containing protein  37.38 
 
 		 360 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.646328  normal  0.186158 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  25.25 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4920  cobalamin B12-binding domain protein  38.1 
 
 		 366 aa  105  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.230842  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3258  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.02 
 
 		 370 aa  103  6e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0291  cobalamin B12-binding domain protein  38.37 
 
 		 356 aa  102  9e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2639  cobalamin B12-binding  27.01 
 
 		 222 aa  100  3e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0108  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.76 
 
 		 356 aa  100  4e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0655  cobalamin B12-binding domain protein  28.91 
 
 		 384 aa  91.3  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4482  cobalamin binding protein-like protein  34.46 
 
 		 351 aa  84.7  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000437324  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2584  cobalamin B12-binding domain protein  32.89 
 
 		 354 aa  84.3  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0156694 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5806  cobalamin B12-binding domain-containing protein  36.6 
 
 		 354 aa  83.2  0.000000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35010  predicted cobalamin binding protein  30.29 
 
 		 363 aa  82  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.77206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0675  cobalamin B12-binding domain protein  31.58 
 
 		 224 aa  81.3  0.00000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000394435  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2702  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.56 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0967  cobalamin B12-binding domain protein  35.98 
 
 		 325 aa  79  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.502888  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  26.21 
 
 		 768 aa  79  0.0000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0729  Methionine synthase  27.18 
 
 		 212 aa  77.8  0.0000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.342972  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  29.9 
 
 		 780 aa  76.6  0.0000000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  26.21 
 
 		 768 aa  76.3  0.0000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2044  cobalamin B12-binding domain protein  28.57 
 
 		 322 aa  74.7  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.10014 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0859  homocysteine S-methyltransferase  28.37 
 
 		 804 aa  74.3  0.000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000329444  normal  0.146867 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3983  cobalamin B12-binding  29.52 
 
 		 297 aa  72.4  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.110014 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2387  B12-binding domain-containing protein  28.23 
 
 		 226 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.543009  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  30 
 
 		 315 aa  71.2  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0978  response regulator receiver protein  22.7 
 
 		 280 aa  70.9  0.00000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.144383 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2116  corrinoid methyltransferase  28.71 
 
 		 209 aa  69.7  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00601394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0549  methionine synthase (B12-dependent)  27.4 
 
 		 804 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3258  homocysteine S-methyltransferase  24.53 
 
 		 841 aa  68.6  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.728955  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1792  homocysteine S-methyltransferase  24.18 
 
 		 774 aa  68.6  0.0000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.709712  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  27.36 
 
 		 818 aa  66.2  0.0000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5159  twin-arginine translocation pathway signal  30 
 
 		 336 aa  65.5  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5248  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30 
 
 		 336 aa  65.5  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5540  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30 
 
 		 336 aa  65.5  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.83435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1212  methionine synthase  25.39 
 
 		 224 aa  65.1  0.000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.807396  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2213  transcriptional regulator, MerR family  36.73 
 
 		 322 aa  65.1  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.68316  normal  0.172033 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 293 aa  65.1  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1827  cobalamin B12-binding domain protein  26.73 
 
 		 213 aa  64.7  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1468  methionine synthase  25.48 
 
 		 218 aa  64.3  0.000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.543896  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  21.98 
 
 		 804 aa  63.2  0.000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  28.5 
 
 		 293 aa  62.8  0.000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5363  cobalamin B12-binding domain protein  27.98 
 
 		 295 aa  62  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.222451 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  29.7 
 
 		 319 aa  62.4  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2722  methionine synthase I (cobalamin-dependent) methyltransferase subunit  28.5 
 
 		 801 aa  62  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1311  cobalamin B12-binding  29 
 
 		 289 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.650213 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3738  cobalamin B12-binding  27.18 
 
 		 295 aa  61.6  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0514741  hitchhiker  0.000397426 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1413  homocysteine S-methyltransferase  26.09 
 
 		 806 aa  61.6  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0607109  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5285  cobalamin B12-binding  28.21 
 
 		 295 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.109441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  27.18 
 
 		 800 aa  61.6  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  28.57 
 
 		 319 aa  62  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3271  MerR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 335 aa  60.8  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.107511  normal  0.193811 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3081  homocysteine S-methyltransferase  24.42 
 
 		 791 aa  60.5  0.00000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1732  Methionine synthase  30.83 
 
 		 210 aa  60.5  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3757  MerR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 333 aa  60.8  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00211459  hitchhiker  0.00419816 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2958  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.94 
 
 		 216 aa  60.8  0.00000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.885246  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1728  cobalamin B12-binding domain protein  25.99 
 
 		 293 aa  60.5  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4818  cobalamin B12-binding  27.69 
 
 		 295 aa  60.5  0.00000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0282742 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0087  methionine synthase  30.72 
 
 		 1149 aa  60.5  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.834345  normal  0.210518 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1729  Methionine synthase  30.83 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  28.97 
 
 		 816 aa  59.7  0.00000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000403798  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2784  cobalamin B12-binding protein  30.95 
 
 		 221 aa  59.3  0.00000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0108719  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2567  cobalamin B12-binding domain protein  24.49 
 
 		 206 aa  59.3  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474708  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4337  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.27 
 
 		 326 aa  58.9  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.125438  normal  0.389787 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25850  predicted cobalamin binding protein  26.47 
 
 		 217 aa  58.9  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  25.25 
 
 		 804 aa  58.5  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2028  transcriptional regulator, MerR family  35.45 
 
 		 318 aa  58.2  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000332734  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3604  dimethylamine corrinoid protein  29.71 
 
 		 214 aa  58.2  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.220504 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1206  cobalamin B12-binding  23.29 
 
 		 224 aa  58.2  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.136661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1605  cobalamin B12-binding domain protein  23.44 
 
 		 212 aa  58.2  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000212682  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0678  hypothetical protein  28.12 
 
 		 281 aa  57.8  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1060  MerR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 300 aa  57.8  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.497246 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0418  cobalamin-dependent methionine synthase, B12-binding  27.69 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1442  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  26.6 
 
 		 839 aa  57.8  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.955782  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2582  Methionine synthase  24.34 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.242133  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3658  cobalamin B12-binding domain-containing protein  24.88 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.435157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0729  homocysteine S-methyltransferase  27.52 
 
 		 781 aa  57.4  0.0000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0092  methionine synthase  29.88 
 
 		 1150 aa  57  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0085  methionine synthase (B12-dependent)  29.88 
 
 		 1150 aa  57.4  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.497685  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0720  cobalamin B12-binding domain protein  25 
 
 		 211 aa  57  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0102  methionine synthase  29.88 
 
 		 1150 aa  57  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0682  homocysteine S-methyltransferase  22.89 
 
 		 793 aa  56.2  0.0000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2122  putative dimethylamine corrinoid protein  29.01 
 
 		 232 aa  55.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.154357  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2751  cobalamin B12-binding protein  26.47 
 
 		 236 aa  55.5  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1365  dimethylamine corrinoid protein  31.34 
 
 		 251 aa  56.2  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000000308359  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0797  methionine synthase  29.01 
 
 		 232 aa  55.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.310628  normal  0.286279 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6238  regulatory protein, MerR  30.3 
 
 		 324 aa  55.5  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.316883  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1208  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  28.8 
 
 		 210 aa  54.7  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  24.71 
 
 		 607 aa  55.1  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2288  dimethylamine corrinoid protein  29.76 
 
 		 168 aa  55.1  0.000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.974802  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1776  methionine synthase  27.69 
 
 		 232 aa  54.7  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.354351  normal  0.011957 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2941  homocysteine S-methyltransferase  24.88 
 
 		 801 aa  54.7  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.651468  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0262  homocysteine S-methyltransferase  24.88 
 
 		 813 aa  54.3  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180962 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>