More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_0707 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0707  methionine synthase  100 
 
 
232 aa  461  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.784551  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0797  methionine synthase  95.26 
 
 
232 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.310628  normal  0.286279 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2122  putative dimethylamine corrinoid protein  95.26 
 
 
232 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.154357  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2550  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  86.03 
 
 
235 aa  402  1e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1073  methionine synthase  85.41 
 
 
259 aa  399  9.999999999999999e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.234469  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1470  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  84.91 
 
 
232 aa  399  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1776  methionine synthase  82.76 
 
 
232 aa  390  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.354351  normal  0.011957 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2582  Methionine synthase  50.96 
 
 
213 aa  213  1.9999999999999998e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.242133  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0729  Methionine synthase  51.01 
 
 
212 aa  207  1e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.342972  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4337  cobalamin B12-binding domain-containing protein  49.49 
 
 
326 aa  199  1.9999999999999998e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.125438  normal  0.389787 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15360  Methionine synthase  52.43 
 
 
210 aa  196  2.0000000000000003e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1729  Methionine synthase  47.98 
 
 
210 aa  185  4e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1732  Methionine synthase  47.47 
 
 
210 aa  185  7e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1208  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  47.76 
 
 
210 aa  184  1.0000000000000001e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116164  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3199  Methionine synthase B12-binding module cap domain protein  45 
 
 
212 aa  177  1e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2116  corrinoid methyltransferase  46 
 
 
209 aa  176  3e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00601394  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1110  cobalamin B12-binding domain-containing protein  50.8 
 
 
208 aa  174  8e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2641  cobalamin B12-binding domain protein  43.28 
 
 
210 aa  171  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3658  cobalamin B12-binding domain-containing protein  43 
 
 
210 aa  166  2.9999999999999998e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.435157  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4641  cobalamin B12-binding domain protein  44.97 
 
 
213 aa  165  4e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4872  cobalamin B12-binding domain protein  42.11 
 
 
210 aa  165  5e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1468  methionine synthase  43.2 
 
 
218 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.543896  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0840  cobalamin B12-binding domain-containing protein  40 
 
 
219 aa  159  4e-38  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  41.24 
 
 
607 aa  157  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1827  cobalamin B12-binding domain-containing protein  39.09 
 
 
219 aa  157  2e-37  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0075  cobalamin B12-binding domain-containing protein  39.09 
 
 
219 aa  155  7e-37  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.916725  normal  0.540278 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1107  cobalamin B12-binding domain protein  45.41 
 
 
210 aa  154  1e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1895  cobalamin B12-binding domain protein  43.78 
 
 
209 aa  154  1e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  41.5 
 
 
800 aa  152  4e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1212  methionine synthase  48.45 
 
 
224 aa  152  4e-36  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.807396  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4611  cobalamin B12-binding domain protein  46.49 
 
 
210 aa  152  5e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.855843  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0024  methyltransferase cognate corrinoid protein  43.32 
 
 
220 aa  150  2e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4325  methyltransferase cognate corrinoid protein  40.29 
 
 
214 aa  148  7e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1206  cobalamin B12-binding  42.33 
 
 
224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.136661  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1365  dimethylamine corrinoid protein  40.48 
 
 
251 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000000308359  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1501  dimethylamine corrinoid protein  44 
 
 
208 aa  146  3e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000000126339  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25850  predicted cobalamin binding protein  39.71 
 
 
217 aa  146  3e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2310  trimethylamine corrinoid protein  46.34 
 
 
216 aa  144  8.000000000000001e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00299987  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1368  trimethylamine corrinoid protein  45.73 
 
 
216 aa  144  2e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000000000818926  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1827  cobalamin B12-binding domain protein  46.34 
 
 
213 aa  143  2e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3604  dimethylamine corrinoid protein  39.71 
 
 
214 aa  142  4e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.220504 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4321  cobalamin B12-binding domain protein  36.79 
 
 
214 aa  140  9.999999999999999e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2288  dimethylamine corrinoid protein  44.51 
 
 
168 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.974802  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0859  homocysteine S-methyltransferase  39.18 
 
 
804 aa  139  3.9999999999999997e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000329444  normal  0.146867 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19540  predicted cobalamin binding protein  39.61 
 
 
219 aa  138  6e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.109769  hitchhiker  0.00000629767 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1603  cobalamin B12-binding domain protein  41.9 
 
 
211 aa  138  7.999999999999999e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000910131  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0597  cobalamin B12-binding domain-containing protein  45 
 
 
218 aa  138  7.999999999999999e-32  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2784  cobalamin B12-binding protein  41.24 
 
 
221 aa  138  8.999999999999999e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0108719  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1442  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  40.43 
 
 
839 aa  137  1e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.955782  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1503  dimethylamine corrinoid protein  36.44 
 
 
217 aa  136  2e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.153126  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0418  cobalamin-dependent methionine synthase, B12-binding  37.12 
 
 
220 aa  136  3.0000000000000003e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1316  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  37.91 
 
 
207 aa  133  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.518339 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0262  homocysteine S-methyltransferase  36.89 
 
 
813 aa  132  3.9999999999999996e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180962 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1447  cobalamin B12-binding  39.43 
 
 
556 aa  132  3.9999999999999996e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0642463 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0387  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  37.44 
 
 
207 aa  132  5e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.682962  normal  0.201782 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0277  homocysteine S-methyltransferase  36.89 
 
 
811 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.357222  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1063  methanol corrinoid protein  36.67 
 
 
258 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0061  cobalamin B12-binding domain-containing protein  41.1 
 
 
217 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2368  cobalamin B12-binding domain protein  39.43 
 
 
213 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  37.16 
 
 
768 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2958  cobalamin B12-binding domain-containing protein  34.48 
 
 
216 aa  128  8.000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.885246  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0720  cobalamin B12-binding domain protein  34.8 
 
 
211 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0539  cobalamin B12-binding domain protein  39.2 
 
 
218 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0489  homocysteine S-methyltransferase  37.31 
 
 
804 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2567  cobalamin B12-binding domain protein  35.38 
 
 
206 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474708  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1041  cobalamin B12-binding domain-containing protein  37.5 
 
 
211 aa  126  3e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.388992 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3258  homocysteine S-methyltransferase  35.68 
 
 
841 aa  125  7e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.728955  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0549  methionine synthase (B12-dependent)  39.89 
 
 
804 aa  124  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  33.33 
 
 
807 aa  123  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  36.7 
 
 
768 aa  124  2e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  34.08 
 
 
804 aa  123  3e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19590  homocysteine S-methyltransferase  35.68 
 
 
819 aa  123  3e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.399567  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2722  methionine synthase I (cobalamin-dependent) methyltransferase subunit  36.36 
 
 
801 aa  122  4e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2941  homocysteine S-methyltransferase  35 
 
 
801 aa  122  5e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.651468  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2133  methionine synthase  38.5 
 
 
1169 aa  121  9e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  36.87 
 
 
780 aa  121  9e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4366  methionine synthase  35.84 
 
 
1132 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2929  cobalamin B12-binding domain protein  33.66 
 
 
216 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000012726  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1548  homocysteine S-methyltransferase  35.98 
 
 
804 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0662443  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2115  methionine synthase (B12-dependent)  35.89 
 
 
841 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.356238  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1792  homocysteine S-methyltransferase  32.75 
 
 
774 aa  119  3.9999999999999996e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.709712  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1442  homocysteine S-methyltransferase  39.89 
 
 
802 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.195548  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0707  methionine synthase  41.83 
 
 
1136 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1835  cobalamin B12-binding domain protein  34.5 
 
 
212 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  39.27 
 
 
804 aa  118  6e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1947  methionine synthase  37.57 
 
 
1223 aa  117  9.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0537124  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0868  methionine synthase  35.26 
 
 
1132 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1413  homocysteine S-methyltransferase  33.98 
 
 
806 aa  117  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0607109  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2983  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  34.68 
 
 
1132 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4108  methionine synthase  35.26 
 
 
1132 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4332  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  35.26 
 
 
1132 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4274  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  35.26 
 
 
1132 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4156  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  35.26 
 
 
1132 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3995  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  35.26 
 
 
1133 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4005  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  35.26 
 
 
1133 aa  116  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4385  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  35.26 
 
 
1132 aa  116  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0740  methanol corrinoid protein  34.91 
 
 
258 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.970556 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4478  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  35.26 
 
 
1132 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  37.5 
 
 
818 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0813  methanol corrinoid protein  36.41 
 
 
256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>