111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_35010 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_35010  predicted cobalamin binding protein  100 
 
 
363 aa  715    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.77206  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5159  twin-arginine translocation pathway signal  43.5 
 
 
336 aa  241  2e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5248  cobalamin B12-binding domain-containing protein  43.5 
 
 
336 aa  241  2e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5540  cobalamin B12-binding domain-containing protein  43.5 
 
 
336 aa  241  2e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.83435  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4920  cobalamin B12-binding domain protein  33.83 
 
 
366 aa  154  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.230842  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1030  cobalamin B12-binding domain-containing protein  34.67 
 
 
358 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3324  cobalamin B12-binding protein  32.52 
 
 
360 aa  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3386  cobalamin B12-binding domain-containing protein  32.52 
 
 
360 aa  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0329482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3335  cobalamin B12-binding domain-containing protein  32.52 
 
 
360 aa  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.646328  normal  0.186158 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2584  cobalamin B12-binding domain protein  35.33 
 
 
354 aa  144  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0156694 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4482  cobalamin binding protein-like protein  34.46 
 
 
351 aa  132  6.999999999999999e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000437324  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0967  cobalamin B12-binding domain protein  34.92 
 
 
325 aa  126  7e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.502888  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5806  cobalamin B12-binding domain-containing protein  34.77 
 
 
354 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  29.33 
 
 
372 aa  100  4e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0291  cobalamin B12-binding domain protein  28.82 
 
 
356 aa  90.1  5e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2639  cobalamin B12-binding  27.98 
 
 
222 aa  88.6  2e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1467  cobalamin B12-binding  30.29 
 
 
364 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.225745  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2473  cobalamin B12-binding domain-containing protein  31.53 
 
 
398 aa  76.3  0.0000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000169304 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0978  response regulator receiver protein  26.09 
 
 
280 aa  74.3  0.000000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.144383 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0673  cobalamin B12-binding domain protein  26.26 
 
 
349 aa  73.2  0.000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.846284 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3258  cobalamin B12-binding domain-containing protein  31.47 
 
 
370 aa  70.5  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  28.32 
 
 
315 aa  70.5  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3086  hypothetical protein  27.69 
 
 
201 aa  68.9  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1691  cobalamin B12-binding domain protein  29.78 
 
 
339 aa  68.6  0.0000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0729  Methionine synthase  22.84 
 
 
212 aa  66.6  0.0000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.342972  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1431  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.64 
 
 
222 aa  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000156586  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1732  Methionine synthase  23.35 
 
 
210 aa  65.1  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2702  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.49 
 
 
305 aa  63.9  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1729  Methionine synthase  23.35 
 
 
210 aa  63.5  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  29.61 
 
 
816 aa  62  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000403798  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1041  cobalamin B12-binding domain-containing protein  24.76 
 
 
211 aa  61.6  0.00000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.388992 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  31.86 
 
 
319 aa  61.6  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  31.86 
 
 
319 aa  60.8  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0108  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.19 
 
 
356 aa  60.8  0.00000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2582  Methionine synthase  23.7 
 
 
213 aa  60.1  0.00000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.242133  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2116  corrinoid methyltransferase  21.43 
 
 
209 aa  59.7  0.00000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00601394  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1063  methanol corrinoid protein  23.53 
 
 
258 aa  58.2  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0061  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.19 
 
 
217 aa  58.2  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1442  homocysteine S-methyltransferase  28.16 
 
 
802 aa  58.5  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.195548  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0859  homocysteine S-methyltransferase  25.6 
 
 
804 aa  58.2  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000329444  normal  0.146867 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  23.59 
 
 
800 aa  57.4  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1212  methionine synthase  28.35 
 
 
224 aa  57.4  0.0000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.807396  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3637  methanol corrinoid protein  21.65 
 
 
255 aa  57  0.0000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  24.88 
 
 
818 aa  56.6  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0549  methionine synthase (B12-dependent)  26.13 
 
 
804 aa  56.6  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1947  methionine synthase  24.24 
 
 
1223 aa  56.2  0.0000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0537124  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0813  methanol corrinoid protein  22.16 
 
 
256 aa  55.8  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2641  cobalamin B12-binding domain protein  22.71 
 
 
210 aa  54.7  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2776  transcriptional regulator  28 
 
 
290 aa  54.7  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.379235  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3881  cobalamin B12-binding domain protein  22.83 
 
 
216 aa  54.3  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000148578  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3757  MerR family transcriptional regulator  25.44 
 
 
333 aa  53.5  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00211459  hitchhiker  0.00419816 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1602  DNA binding domain protein, excisionase family  36.63 
 
 
295 aa  53.1  0.000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.200885  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3271  MerR family transcriptional regulator  26.04 
 
 
335 aa  53.1  0.000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.107511  normal  0.193811 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  24.88 
 
 
607 aa  53.1  0.000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  24.75 
 
 
804 aa  52.8  0.000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0740  methanol corrinoid protein  23.3 
 
 
258 aa  52.8  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.970556 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2122  putative dimethylamine corrinoid protein  23.43 
 
 
232 aa  52.4  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.154357  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1138  methionine synthase  22.1 
 
 
1215 aa  52  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.537288  normal  0.145457 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0797  methionine synthase  23.43 
 
 
232 aa  52.4  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.310628  normal  0.286279 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3258  homocysteine S-methyltransferase  20.1 
 
 
841 aa  52.8  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.728955  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0682  homocysteine S-methyltransferase  20 
 
 
793 aa  52  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2567  cobalamin B12-binding domain protein  22.22 
 
 
206 aa  52.4  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474708  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15360  Methionine synthase  18.64 
 
 
210 aa  52  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2104  cobalamin B12-binding domain protein  26.38 
 
 
228 aa  52.4  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0454156  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5621  transcriptional regulator, MerR family  27.55 
 
 
294 aa  51.6  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.695249 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0675  cobalamin B12-binding domain protein  25.84 
 
 
224 aa  51.2  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000394435  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0387  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  22.7 
 
 
207 aa  51.2  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.682962  normal  0.201782 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1316  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  22.7 
 
 
207 aa  51.2  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.518339 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4325  methyltransferase cognate corrinoid protein  20.28 
 
 
214 aa  50.4  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1208  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  21.21 
 
 
210 aa  50.4  0.00005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116164  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1442  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  20.41 
 
 
839 aa  50.4  0.00005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.955782  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1468  methionine synthase  23.3 
 
 
218 aa  50.4  0.00005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.543896  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1523  methionine synthase  22 
 
 
1136 aa  50.4  0.00005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2722  methionine synthase I (cobalamin-dependent) methyltransferase subunit  23.08 
 
 
801 aa  49.7  0.00007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2288  dimethylamine corrinoid protein  27.05 
 
 
168 aa  49.7  0.00008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.974802  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1470  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  22.35 
 
 
232 aa  49.7  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1503  dimethylamine corrinoid protein  23.91 
 
 
217 aa  49.3  0.00009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.153126  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0956  cobalamin B12-binding protein  21.95 
 
 
214 aa  49.3  0.0001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1365  dimethylamine corrinoid protein  22.33 
 
 
251 aa  49.3  0.0001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000000308359  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1073  methionine synthase  22.99 
 
 
259 aa  49.3  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.234469  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0262  homocysteine S-methyltransferase  23.83 
 
 
813 aa  48.9  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180962 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2387  B12-binding domain-containing protein  24.32 
 
 
226 aa  48.1  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.543009  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1776  methionine synthase  22.02 
 
 
232 aa  48.5  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.354351  normal  0.011957 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  18.27 
 
 
301 aa  48.1  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0729  homocysteine S-methyltransferase  20.56 
 
 
781 aa  47.8  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0277  homocysteine S-methyltransferase  23.36 
 
 
811 aa  47.8  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.357222  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2751  cobalamin B12-binding protein  26.49 
 
 
236 aa  47  0.0005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1311  cobalamin B12-binding  21.95 
 
 
221 aa  47  0.0006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.460326 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1060  MerR family transcriptional regulator  23.36 
 
 
300 aa  46.6  0.0007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.497246 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1413  homocysteine S-methyltransferase  20.5 
 
 
806 aa  46.2  0.0008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0607109  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1548  homocysteine S-methyltransferase  23.79 
 
 
804 aa  46.2  0.0008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0662443  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6168  hypothetical protein  29.01 
 
 
164 aa  46.2  0.0008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.807131  decreased coverage  0.00427364 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  27.57 
 
 
293 aa  46.2  0.0009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  27.35 
 
 
293 aa  45.4  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2213  transcriptional regulator, MerR family  27.39 
 
 
322 aa  45.8  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.68316  normal  0.172033 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  22.5 
 
 
780 aa  45.4  0.002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1603  cobalamin B12-binding domain protein  25.62 
 
 
211 aa  45.4  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000910131  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3584  methylthiol:coenzyme M methyltransferase  23.31 
 
 
275 aa  44.7  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812541  normal  0.0358178 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25850  predicted cobalamin binding protein  25.83 
 
 
217 aa  44.7  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1336  B12-dependent methionine synthase  21.97 
 
 
1226 aa  44.3  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.262937  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>