More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1470 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1470  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  100 
 
 		 232 aa  465  9.999999999999999e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2122  putative dimethylamine corrinoid protein  86.21 
 
 		 232 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.154357  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0797  methionine synthase  86.21 
 
 		 232 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.310628  normal  0.286279 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2550  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  86.96 
 
 		 235 aa  406  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1073  methionine synthase  86.09 
 
 		 259 aa  402  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.234469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0707  methionine synthase  84.91 
 
 		 232 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.784551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1776  methionine synthase  80.79 
 
 		 232 aa  381  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.354351  normal  0.011957 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0729  Methionine synthase  50.73 
 
 		 212 aa  212  2.9999999999999995e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.342972  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2582  Methionine synthase  50.48 
 
 		 213 aa  212  3.9999999999999995e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.242133  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4337  cobalamin B12-binding domain-containing protein  51.55 
 
 		 326 aa  199  3e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.125438  normal  0.389787 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15360  Methionine synthase  50.53 
 
 		 210 aa  189  2e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2116  corrinoid methyltransferase  46.15 
 
 		 209 aa  189  2.9999999999999997e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00601394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1732  Methionine synthase  48.09 
 
 		 210 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1729  Methionine synthase  48.09 
 
 		 210 aa  181  7e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1208  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  44.5 
 
 		 210 aa  179  4e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1110  cobalamin B12-binding domain-containing protein  49.24 
 
 		 208 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2641  cobalamin B12-binding domain protein  42.79 
 
 		 210 aa  176  3e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4872  cobalamin B12-binding domain protein  43.16 
 
 		 210 aa  169  4e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3199  Methionine synthase B12-binding module cap domain protein  44.62 
 
 		 212 aa  168  5e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1468  methionine synthase  41.75 
 
 		 218 aa  166  4e-40  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.543896  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1827  cobalamin B12-binding domain-containing protein  40 
 
 		 219 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0840  cobalamin B12-binding domain-containing protein  40 
 
 		 219 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0075  cobalamin B12-binding domain-containing protein  40 
 
 		 219 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.916725  normal  0.540278 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1895  cobalamin B12-binding domain protein  45.95 
 
 		 209 aa  162  5.0000000000000005e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3658  cobalamin B12-binding domain-containing protein  40.98 
 
 		 210 aa  160  1e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.435157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  38.64 
 
 		 607 aa  160  2e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1501  dimethylamine corrinoid protein  45.81 
 
 		 208 aa  156  3e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000000126339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1365  dimethylamine corrinoid protein  41.78 
 
 		 251 aa  156  3e-37  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000000308359  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1212  methionine synthase  45.45 
 
 		 224 aa  154  1e-36  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.807396  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1107  cobalamin B12-binding domain protein  46.02 
 
 		 210 aa  152  2.9999999999999998e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25850  predicted cobalamin binding protein  40 
 
 		 217 aa  152  4e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4641  cobalamin B12-binding domain protein  47.85 
 
 		 213 aa  151  7e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  40.69 
 
 		 800 aa  151  1e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2288  dimethylamine corrinoid protein  46.11 
 
 		 168 aa  150  1e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.974802  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19540  predicted cobalamin binding protein  40.95 
 
 		 219 aa  149  5e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.109769  hitchhiker  0.00000629767 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3604  dimethylamine corrinoid protein  40.09 
 
 		 214 aa  148  8e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.220504 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1206  cobalamin B12-binding  38.57 
 
 		 224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.136661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0024  methyltransferase cognate corrinoid protein  41.71 
 
 		 220 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4611  cobalamin B12-binding domain protein  44.81 
 
 		 210 aa  143  2e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.855843  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0859  homocysteine S-methyltransferase  39.39 
 
 		 804 aa  142  4e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000329444  normal  0.146867 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1827  cobalamin B12-binding domain protein  43.02 
 
 		 213 aa  142  4e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1603  cobalamin B12-binding domain protein  41.76 
 
 		 211 aa  142  4e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000910131  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2784  cobalamin B12-binding protein  41.67 
 
 		 221 aa  140  9.999999999999999e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0108719  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2310  trimethylamine corrinoid protein  42.35 
 
 		 216 aa  140  9.999999999999999e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00299987  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4325  methyltransferase cognate corrinoid protein  41.95 
 
 		 214 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1368  trimethylamine corrinoid protein  38.54 
 
 		 216 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000000000818926  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0418  cobalamin-dependent methionine synthase, B12-binding  37.5 
 
 		 220 aa  140  1.9999999999999998e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1503  dimethylamine corrinoid protein  36.67 
 
 		 217 aa  137  2e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.153126  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2941  homocysteine S-methyltransferase  36.15 
 
 		 801 aa  137  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.651468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0597  cobalamin B12-binding domain-containing protein  42.11 
 
 		 218 aa  135  5e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1041  cobalamin B12-binding domain-containing protein  37.85 
 
 		 211 aa  135  7.000000000000001e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.388992 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0262  homocysteine S-methyltransferase  39.46 
 
 		 813 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180962 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0387  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  38.97 
 
 		 207 aa  133  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.682962  normal  0.201782 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1316  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  38.97 
 
 		 207 aa  133  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.518339 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4321  cobalamin B12-binding domain protein  35.71 
 
 		 214 aa  133  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1442  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  41.57 
 
 		 839 aa  133  1.9999999999999998e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.955782  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2567  cobalamin B12-binding domain protein  37.04 
 
 		 206 aa  132  3.9999999999999996e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474708  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0277  homocysteine S-methyltransferase  39.46 
 
 		 811 aa  132  3.9999999999999996e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.357222  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1442  homocysteine S-methyltransferase  38.35 
 
 		 802 aa  132  6e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.195548  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2368  cobalamin B12-binding domain protein  34.86 
 
 		 213 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0720  cobalamin B12-binding domain protein  36.42 
 
 		 211 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1947  methionine synthase  38.17 
 
 		 1223 aa  126  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0537124  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0539  cobalamin B12-binding domain protein  37.64 
 
 		 218 aa  126  3e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0061  cobalamin B12-binding domain-containing protein  39.26 
 
 		 217 aa  126  3e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1835  cobalamin B12-binding domain protein  35.09 
 
 		 212 aa  125  5e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0549  methionine synthase (B12-dependent)  35.58 
 
 		 804 aa  125  5e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2445  methionine synthase  35.62 
 
 		 1199 aa  125  5e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.795669  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1447  cobalamin B12-binding  36.57 
 
 		 556 aa  124  9e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0642463 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  36.87 
 
 		 780 aa  124  1e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1138  methionine synthase  38.8 
 
 		 1215 aa  124  1e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.537288  normal  0.145457 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0847  monomethylamine corrinoid protein  35.51 
 
 		 217 aa  124  1e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1661  methionine synthase  37.76 
 
 		 1176 aa  123  2e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.158089  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  38.46 
 
 		 818 aa  124  2e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0489  homocysteine S-methyltransferase  35.07 
 
 		 804 aa  124  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  33.94 
 
 		 804 aa  123  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2722  methionine synthase I (cobalamin-dependent) methyltransferase subunit  36.36 
 
 		 801 aa  123  3e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2115  methionine synthase (B12-dependent)  39.67 
 
 		 841 aa  123  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.356238  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2958  cobalamin B12-binding domain-containing protein  33.68 
 
 		 216 aa  123  3e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.885246  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23490  methionine synthase (B12-dependent)  38.29 
 
 		 820 aa  122  3e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.136684  hitchhiker  0.0000158862 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27020  methionine synthase (B12-dependent)  39.56 
 
 		 1184 aa  122  4e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.12372  normal  0.910685 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1413  homocysteine S-methyltransferase  35.41 
 
 		 806 aa  122  5e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0607109  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3258  homocysteine S-methyltransferase  33.8 
 
 		 841 aa  122  6e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.728955  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  34.86 
 
 		 768 aa  122  7e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1488  methionine synthase  41.42 
 
 		 1156 aa  121  9.999999999999999e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.128181  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  31.94 
 
 		 807 aa  120  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2929  cobalamin B12-binding domain protein  31.84 
 
 		 216 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000012726  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1063  methanol corrinoid protein  32.86 
 
 		 258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0729  homocysteine S-methyltransferase  31.78 
 
 		 781 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0840  monomethylamine corrinoid protein  35.05 
 
 		 217 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.960899  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  36.36 
 
 		 804 aa  119  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1548  homocysteine S-methyltransferase  38.27 
 
 		 804 aa  119  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0662443  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19590  homocysteine S-methyltransferase  33.8 
 
 		 819 aa  118  6e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.399567  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3052  methionine synthase (B12-dependent)  37 
 
 		 1178 aa  118  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3886  cobalamin B12-binding domain protein  36.31 
 
 		 215 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000310147  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  33.94 
 
 		 768 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5917  methionine synthase  34.82 
 
 		 1154 aa  116  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0712476  normal  0.0446229 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5697  methyltransferase MtaA/CmuA family  35.58 
 
 		 617 aa  116  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1940  methionine synthase  35.12 
 
 		 1193 aa  116  3.9999999999999997e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.092673  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2881  methionine synthase  36.02 
 
 		 1168 aa  115  3.9999999999999997e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0934972 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3611  methionine synthase  35.64 
 
 		 1191 aa  115  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.134345  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>