More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1073 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1073  methionine synthase  100 
 
 
259 aa  521  1e-147  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.234469  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2550  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  85.47 
 
 
235 aa  409  1e-113  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2122  putative dimethylamine corrinoid protein  86.27 
 
 
232 aa  402  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.154357  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1470  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  86.09 
 
 
232 aa  402  1e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0797  methionine synthase  86.27 
 
 
232 aa  402  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.310628  normal  0.286279 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0707  methionine synthase  85.41 
 
 
232 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.784551  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1776  methionine synthase  82.48 
 
 
232 aa  390  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.354351  normal  0.011957 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2582  Methionine synthase  50 
 
 
213 aa  209  5e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.242133  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0729  Methionine synthase  54.21 
 
 
212 aa  205  6e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.342972  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4337  cobalamin B12-binding domain-containing protein  50 
 
 
326 aa  193  2e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.125438  normal  0.389787 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15360  Methionine synthase  49.73 
 
 
210 aa  184  9e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1208  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  46.08 
 
 
210 aa  181  1e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116164  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1732  Methionine synthase  50 
 
 
210 aa  181  1e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1729  Methionine synthase  50 
 
 
210 aa  180  2e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3199  Methionine synthase B12-binding module cap domain protein  45.5 
 
 
212 aa  178  9e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2116  corrinoid methyltransferase  44.61 
 
 
209 aa  175  7e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00601394  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1110  cobalamin B12-binding domain-containing protein  46.57 
 
 
208 aa  171  7.999999999999999e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4872  cobalamin B12-binding domain protein  43.68 
 
 
210 aa  167  1e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2641  cobalamin B12-binding domain protein  41.18 
 
 
210 aa  165  8e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3658  cobalamin B12-binding domain-containing protein  48.09 
 
 
210 aa  162  5.0000000000000005e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.435157  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1827  cobalamin B12-binding domain-containing protein  39.09 
 
 
219 aa  160  1e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1468  methionine synthase  44.32 
 
 
218 aa  161  1e-38  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.543896  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0840  cobalamin B12-binding domain-containing protein  38.64 
 
 
219 aa  160  2e-38  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0075  cobalamin B12-binding domain-containing protein  39.09 
 
 
219 aa  158  6e-38  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.916725  normal  0.540278 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4641  cobalamin B12-binding domain protein  44.15 
 
 
213 aa  157  2e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25850  predicted cobalamin binding protein  41.12 
 
 
217 aa  157  2e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1365  dimethylamine corrinoid protein  41.4 
 
 
251 aa  157  2e-37  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000000308359  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  40.61 
 
 
607 aa  156  3e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1501  dimethylamine corrinoid protein  44.94 
 
 
208 aa  156  4e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000000126339  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1212  methionine synthase  47.42 
 
 
224 aa  156  4e-37  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.807396  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1895  cobalamin B12-binding domain protein  43.09 
 
 
209 aa  154  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1107  cobalamin B12-binding domain protein  45.4 
 
 
210 aa  152  5e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4325  methyltransferase cognate corrinoid protein  40 
 
 
214 aa  150  2e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0024  methyltransferase cognate corrinoid protein  42.25 
 
 
220 aa  150  2e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  40.1 
 
 
800 aa  149  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3604  dimethylamine corrinoid protein  39.07 
 
 
214 aa  149  4e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.220504 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19540  predicted cobalamin binding protein  40.57 
 
 
219 aa  149  5e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.109769  hitchhiker  0.00000629767 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2288  dimethylamine corrinoid protein  45.24 
 
 
168 aa  148  9e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.974802  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4611  cobalamin B12-binding domain protein  44.39 
 
 
210 aa  145  8.000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.855843  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0597  cobalamin B12-binding domain-containing protein  44.21 
 
 
218 aa  144  1e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0262  homocysteine S-methyltransferase  38.83 
 
 
813 aa  144  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180962 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1827  cobalamin B12-binding domain protein  41.71 
 
 
213 aa  143  2e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0859  homocysteine S-methyltransferase  36.76 
 
 
804 aa  143  3e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000329444  normal  0.146867 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0277  homocysteine S-methyltransferase  38.83 
 
 
811 aa  142  4e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.357222  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2784  cobalamin B12-binding protein  41.67 
 
 
221 aa  142  4e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0108719  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1603  cobalamin B12-binding domain protein  40.66 
 
 
211 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000910131  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0418  cobalamin-dependent methionine synthase, B12-binding  42.61 
 
 
220 aa  141  9.999999999999999e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2310  trimethylamine corrinoid protein  43.53 
 
 
216 aa  139  4.999999999999999e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00299987  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1206  cobalamin B12-binding  40.54 
 
 
224 aa  138  7e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.136661  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0549  methionine synthase (B12-dependent)  38.73 
 
 
804 aa  137  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1368  trimethylamine corrinoid protein  41.8 
 
 
216 aa  137  2e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000000000818926  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1442  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  41.57 
 
 
839 aa  137  2e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.955782  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2941  homocysteine S-methyltransferase  36.59 
 
 
801 aa  135  6.0000000000000005e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.651468  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0387  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  42.7 
 
 
207 aa  133  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.682962  normal  0.201782 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1316  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  42.7 
 
 
207 aa  133  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.518339 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4321  cobalamin B12-binding domain protein  35.23 
 
 
214 aa  133  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1503  dimethylamine corrinoid protein  37.32 
 
 
217 aa  132  5e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.153126  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0489  homocysteine S-methyltransferase  37.75 
 
 
804 aa  132  5e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  42.55 
 
 
804 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2115  methionine synthase (B12-dependent)  38.35 
 
 
841 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.356238  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1442  homocysteine S-methyltransferase  37.56 
 
 
802 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.195548  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2722  methionine synthase I (cobalamin-dependent) methyltransferase subunit  36.82 
 
 
801 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1413  homocysteine S-methyltransferase  36.02 
 
 
806 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0607109  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1041  cobalamin B12-binding domain-containing protein  36.7 
 
 
211 aa  127  1.0000000000000001e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.388992 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1063  methanol corrinoid protein  34.63 
 
 
258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  33.33 
 
 
807 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0061  cobalamin B12-binding domain-containing protein  40.74 
 
 
217 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27020  methionine synthase (B12-dependent)  39.56 
 
 
1184 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.12372  normal  0.910685 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3258  homocysteine S-methyltransferase  33.33 
 
 
841 aa  126  3e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.728955  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2958  cobalamin B12-binding domain-containing protein  33.17 
 
 
216 aa  126  3e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.885246  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2445  methionine synthase  38.15 
 
 
1199 aa  126  4.0000000000000003e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.795669  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  36.1 
 
 
804 aa  126  4.0000000000000003e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  38.83 
 
 
818 aa  125  5e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0720  cobalamin B12-binding domain protein  33.33 
 
 
211 aa  124  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2567  cobalamin B12-binding domain protein  34.2 
 
 
206 aa  124  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474708  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3052  methionine synthase (B12-dependent)  38.5 
 
 
1178 aa  123  3e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1447  cobalamin B12-binding  37.14 
 
 
556 aa  123  3e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0642463 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2133  methionine synthase  36.51 
 
 
1169 aa  123  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19590  homocysteine S-methyltransferase  33.04 
 
 
819 aa  122  4e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.399567  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1825  methionine synthase (B12-dependent)  41.72 
 
 
1158 aa  122  7e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2929  cobalamin B12-binding domain protein  33.7 
 
 
216 aa  122  7e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000012726  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3230  methionine synthase  39.08 
 
 
1183 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2368  cobalamin B12-binding domain protein  32.72 
 
 
213 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  36.31 
 
 
780 aa  120  9.999999999999999e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1549  methionine synthase  40 
 
 
1156 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.217391 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1548  homocysteine S-methyltransferase  36.15 
 
 
804 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0662443  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3081  homocysteine S-methyltransferase  33.98 
 
 
791 aa  120  3e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12156  5-methyltetrahydrofolate-homocystein methyltransferase metH  34.88 
 
 
1192 aa  120  3e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.726643 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3637  methanol corrinoid protein  35.35 
 
 
255 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5917  methionine synthase  36.84 
 
 
1154 aa  119  4.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0712476  normal  0.0446229 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5697  methyltransferase MtaA/CmuA family  34.36 
 
 
617 aa  119  6e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5287  methionine synthase  39.66 
 
 
1266 aa  119  6e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.212227  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0539  cobalamin B12-binding domain protein  35.96 
 
 
218 aa  119  6e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1138  methionine synthase  37.7 
 
 
1215 aa  118  7e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.537288  normal  0.145457 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  34.09 
 
 
768 aa  118  7.999999999999999e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1947  methionine synthase  39.11 
 
 
1223 aa  118  9e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0537124  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2093  B12-dependent methionine synthase  37.43 
 
 
1227 aa  118  9e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.883808 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1792  homocysteine S-methyltransferase  30.6 
 
 
774 aa  117  9.999999999999999e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.709712  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3735  B12-dependent methionine synthase  38.89 
 
 
1286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.391435  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1835  cobalamin B12-binding domain protein  32.6 
 
 
212 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>