153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0967 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_0967  cobalamin B12-binding domain protein  100 
 
 
325 aa  628  1e-179  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.502888  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4482  cobalamin binding protein-like protein  47.84 
 
 
351 aa  243  3e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000437324  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1030  cobalamin B12-binding domain-containing protein  43.48 
 
 
358 aa  238  6.999999999999999e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4920  cobalamin B12-binding domain protein  43.58 
 
 
366 aa  228  1e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.230842  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5806  cobalamin B12-binding domain-containing protein  45.37 
 
 
354 aa  217  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3324  cobalamin B12-binding protein  41.19 
 
 
360 aa  215  8e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3386  cobalamin B12-binding domain-containing protein  41.19 
 
 
360 aa  215  8e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0329482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3335  cobalamin B12-binding domain-containing protein  41.19 
 
 
360 aa  215  8e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.646328  normal  0.186158 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2584  cobalamin B12-binding domain protein  39.05 
 
 
354 aa  189  5e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0156694 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35010  predicted cobalamin binding protein  34.58 
 
 
363 aa  143  4e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.77206  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5159  twin-arginine translocation pathway signal  34.58 
 
 
336 aa  136  5e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5248  cobalamin B12-binding domain-containing protein  34.58 
 
 
336 aa  136  5e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5540  cobalamin B12-binding domain-containing protein  34.58 
 
 
336 aa  136  5e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.83435  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0673  cobalamin B12-binding domain protein  32.81 
 
 
349 aa  101  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.846284 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2639  cobalamin B12-binding  30 
 
 
222 aa  99  9e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1467  cobalamin B12-binding  35.98 
 
 
364 aa  92.8  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.225745  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0291  cobalamin B12-binding domain protein  33.7 
 
 
356 aa  90.5  4e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  27.59 
 
 
372 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2473  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.81 
 
 
398 aa  80.1  0.00000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000169304 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2702  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.31 
 
 
305 aa  74.7  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1691  cobalamin B12-binding domain protein  31.64 
 
 
339 aa  72.4  0.00000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  28 
 
 
315 aa  71.2  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  33.33 
 
 
319 aa  71.6  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1212  methionine synthase  28.83 
 
 
224 aa  70.9  0.00000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.807396  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3086  hypothetical protein  27.08 
 
 
201 aa  69.3  0.00000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0549  methionine synthase (B12-dependent)  30.32 
 
 
804 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  32.72 
 
 
816 aa  68.2  0.0000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000403798  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0108  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.43 
 
 
356 aa  67.8  0.0000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2567  cobalamin B12-binding domain protein  25.58 
 
 
206 aa  66.6  0.0000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474708  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  30.61 
 
 
319 aa  65.5  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0859  homocysteine S-methyltransferase  28.42 
 
 
804 aa  64.7  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000329444  normal  0.146867 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0978  response regulator receiver protein  23.9 
 
 
280 aa  65.1  0.000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.144383 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  30.57 
 
 
804 aa  63.9  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  20.73 
 
 
301 aa  63.9  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2116  corrinoid methyltransferase  25.74 
 
 
209 aa  63.5  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00601394  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0489  homocysteine S-methyltransferase  26.45 
 
 
804 aa  63.5  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0729  Methionine synthase  27.45 
 
 
212 aa  63.2  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.342972  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1208  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  26.76 
 
 
210 aa  63.2  0.000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116164  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1503  dimethylamine corrinoid protein  26.9 
 
 
217 aa  61.2  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.153126  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0675  cobalamin B12-binding domain protein  30.11 
 
 
224 aa  61.6  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000394435  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1413  homocysteine S-methyltransferase  25.95 
 
 
806 aa  59.7  0.00000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0607109  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1729  Methionine synthase  30.33 
 
 
210 aa  58.5  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1732  Methionine synthase  30.33 
 
 
210 aa  58.9  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1336  B12-dependent methionine synthase  29.25 
 
 
1226 aa  58.9  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.262937  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1060  MerR family transcriptional regulator  28.67 
 
 
300 aa  58.9  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.497246 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4325  methyltransferase cognate corrinoid protein  27.75 
 
 
214 aa  59.3  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2310  trimethylamine corrinoid protein  29.13 
 
 
216 aa  58.2  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00299987  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2958  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25 
 
 
216 aa  58.2  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.885246  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  29.57 
 
 
768 aa  57.8  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2582  Methionine synthase  25.76 
 
 
213 aa  57  0.0000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.242133  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0729  homocysteine S-methyltransferase  30.16 
 
 
781 aa  57  0.0000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  26.15 
 
 
818 aa  57  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  26.15 
 
 
780 aa  57  0.0000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
293 aa  56.6  0.0000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0387  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  29.09 
 
 
207 aa  56.2  0.0000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.682962  normal  0.201782 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1368  trimethylamine corrinoid protein  28.46 
 
 
216 aa  56.6  0.0000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000000000818926  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3258  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.01 
 
 
370 aa  56.6  0.0000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  29.57 
 
 
768 aa  56.2  0.0000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2722  methionine synthase I (cobalamin-dependent) methyltransferase subunit  25.5 
 
 
801 aa  55.5  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1316  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  28.48 
 
 
207 aa  55.5  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.518339 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0061  cobalamin B12-binding domain-containing protein  35.29 
 
 
217 aa  55.5  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3658  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.66 
 
 
210 aa  55.8  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.435157  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2881  methionine synthase  34.71 
 
 
1168 aa  55.5  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0934972 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  32.16 
 
 
293 aa  54.7  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  24.84 
 
 
807 aa  54.7  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2288  dimethylamine corrinoid protein  28.14 
 
 
168 aa  53.9  0.000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.974802  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2213  transcriptional regulator, MerR family  31.82 
 
 
322 aa  53.5  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.68316  normal  0.172033 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1442  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  23.84 
 
 
839 aa  53.9  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.955782  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2104  cobalamin B12-binding domain protein  28.65 
 
 
228 aa  53.5  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0454156  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  27.27 
 
 
607 aa  53.1  0.000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3081  homocysteine S-methyltransferase  23.31 
 
 
791 aa  52.8  0.000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5287  methionine synthase  30.91 
 
 
1266 aa  52.8  0.000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.212227  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0606  B12-dependent methionine synthase  34.78 
 
 
1232 aa  52.8  0.000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1523  methionine synthase  30.22 
 
 
1136 aa  52.8  0.000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  26.13 
 
 
800 aa  52.8  0.000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1442  homocysteine S-methyltransferase  27.39 
 
 
802 aa  52.4  0.000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.195548  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  26.89 
 
 
804 aa  52  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0262  homocysteine S-methyltransferase  24.18 
 
 
813 aa  52  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180962 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1792  homocysteine S-methyltransferase  24.17 
 
 
774 aa  52.4  0.00001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.709712  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2387  B12-binding domain-containing protein  28.16 
 
 
226 aa  51.2  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.543009  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0655  cobalamin B12-binding domain protein  23.2 
 
 
384 aa  51.6  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0277  homocysteine S-methyltransferase  23.53 
 
 
811 aa  50.8  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.357222  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1889  B12-dependent methionine synthase  33.71 
 
 
1245 aa  50.4  0.00004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1470  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  26.5 
 
 
232 aa  50.4  0.00004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2776  transcriptional regulator  32.04 
 
 
290 aa  50.4  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.379235  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0234  B12-dependent methionine synthase  32.99 
 
 
1237 aa  50.1  0.00005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.545849  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1138  methionine synthase  28 
 
 
1215 aa  49.7  0.00006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.537288  normal  0.145457 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1728  cobalamin B12-binding domain protein  30.09 
 
 
293 aa  49.3  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0024  methyltransferase cognate corrinoid protein  23.78 
 
 
220 aa  48.9  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3735  B12-dependent methionine synthase  30.3 
 
 
1286 aa  48.5  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.391435  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0418  cobalamin-dependent methionine synthase, B12-binding  27.73 
 
 
220 aa  48.1  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7061  B12-dependent methionine synthase  28.87 
 
 
1287 aa  48.1  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2612  methionine synthase  30.53 
 
 
894 aa  48.1  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.268969 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23490  methionine synthase (B12-dependent)  25.79 
 
 
820 aa  47.4  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.136684  hitchhiker  0.0000158862 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15360  Methionine synthase  23.12 
 
 
210 aa  47.8  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3053  B12-dependent methionine synthase  25.39 
 
 
1251 aa  47.8  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.453999 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2115  methionine synthase (B12-dependent)  25.42 
 
 
841 aa  47.4  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.356238  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2631  B12-dependent methionine synthase  28.07 
 
 
1244 aa  47.4  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0960245  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1548  homocysteine S-methyltransferase  24.71 
 
 
804 aa  47  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0662443  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1107  MerR family transcriptional regulator  28.8 
 
 
315 aa  47.4  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>