122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_3258 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_3258  cobalamin B12-binding domain-containing protein  100 
 
 		 370 aa  758    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  38.62 
 
 		 372 aa  262  6e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0655  cobalamin B12-binding domain protein  26.61 
 
 		 384 aa  172  7.999999999999999e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0673  cobalamin B12-binding domain protein  33.1 
 
 		 349 aa  138  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.846284 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2473  cobalamin B12-binding domain-containing protein  33.8 
 
 		 398 aa  133  3.9999999999999996e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000169304 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0291  cobalamin B12-binding domain protein  36.07 
 
 		 356 aa  108  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3086  hypothetical protein  32.32 
 
 		 201 aa  103  4e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  30.33 
 
 		 301 aa  97.1  4e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1467  cobalamin B12-binding  28.14 
 
 		 364 aa  93.2  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.225745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0108  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.5 
 
 		 356 aa  91.7  2e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2639  cobalamin B12-binding  26.9 
 
 		 222 aa  90.1  5e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1691  cobalamin B12-binding domain protein  27.88 
 
 		 339 aa  85.5  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  33.93 
 
 		 319 aa  84.7  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  30.49 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4920  cobalamin B12-binding domain protein  32.29 
 
 		 366 aa  75.9  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.230842  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  34.78 
 
 		 315 aa  75.9  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1030  cobalamin B12-binding domain-containing protein  31.61 
 
 		 358 aa  75.5  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2702  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.59 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3324  cobalamin B12-binding protein  31.82 
 
 		 360 aa  70.9  0.00000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3386  cobalamin B12-binding domain-containing protein  31.82 
 
 		 360 aa  70.9  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0329482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3335  cobalamin B12-binding domain-containing protein  31.82 
 
 		 360 aa  70.9  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.646328  normal  0.186158 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35010  predicted cobalamin binding protein  31.47 
 
 		 363 aa  70.5  0.00000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.77206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0487  regulatory protein, MerR  30.69 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6238  regulatory protein, MerR  29.27 
 
 		 324 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.316883  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2399  transcriptional regulator, MerR family  29.63 
 
 		 316 aa  65.9  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2972  MerR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 316 aa  63.9  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0234999  normal  0.559596 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5285  cobalamin B12-binding  28.25 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.109441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4482  cobalamin binding protein-like protein  29.17 
 
 		 351 aa  61.6  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000437324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3271  MerR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 335 aa  61.6  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.107511  normal  0.193811 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3757  MerR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 333 aa  62  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00211459  hitchhiker  0.00419816 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4818  cobalamin B12-binding  27.68 
 
 		 295 aa  62  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0282742 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5159  twin-arginine translocation pathway signal  29.37 
 
 		 336 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5248  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.37 
 
 		 336 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5540  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.37 
 
 		 336 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.83435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0978  response regulator receiver protein  24.48 
 
 		 280 aa  61.2  0.00000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.144383 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5363  cobalamin B12-binding domain protein  28.09 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.222451 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2584  cobalamin B12-binding domain protein  30.11 
 
 		 354 aa  60.5  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0156694 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5806  cobalamin B12-binding domain-containing protein  32.5 
 
 		 354 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1728  cobalamin B12-binding domain protein  22.69 
 
 		 293 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3258  homocysteine S-methyltransferase  22.07 
 
 		 841 aa  57.8  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.728955  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0729  Methionine synthase  23.27 
 
 		 212 aa  57.8  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.342972  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4299  regulatory protein MerR  29.53 
 
 		 337 aa  57.4  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0130356  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3983  cobalamin B12-binding  23.79 
 
 		 297 aa  55.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.110014 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1206  cobalamin B12-binding  23.68 
 
 		 224 aa  53.9  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.136661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2641  hypothetical protein  25.78 
 
 		 156 aa  53.9  0.000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2387  B12-binding domain-containing protein  23.71 
 
 		 226 aa  53.1  0.000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.543009  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0967  cobalamin B12-binding domain protein  25.31 
 
 		 325 aa  53.1  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.502888  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1523  methionine synthase  25.99 
 
 		 1136 aa  52.8  0.000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1448  MerR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 319 aa  52.8  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 293 aa  52.8  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1442  homocysteine S-methyltransferase  27.94 
 
 		 802 aa  52.8  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.195548  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  26.45 
 
 		 293 aa  51.6  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2550  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  27.65 
 
 		 235 aa  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2983  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  24.43 
 
 		 1132 aa  52  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1605  cobalamin B12-binding domain protein  21.11 
 
 		 212 aa  51.6  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000212682  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  24.85 
 
 		 607 aa  50.8  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0238  hypothetical protein  26.95 
 
 		 320 aa  51.2  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1365  dimethylamine corrinoid protein  23.53 
 
 		 251 aa  50.4  0.00005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000000308359  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0460  MerR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 319 aa  50.4  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3604  dimethylamine corrinoid protein  24.26 
 
 		 214 aa  49.7  0.00008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.220504 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0707  methionine synthase  27.44 
 
 		 232 aa  49.7  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.784551  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2213  transcriptional regulator, MerR family  26.21 
 
 		 322 aa  49.3  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.68316  normal  0.172033 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1049  transcriptional regulator, MerR family  26.46 
 
 		 304 aa  49.3  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.362937  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2776  transcriptional regulator  23.4 
 
 		 290 aa  49.3  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.379235  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25850  predicted cobalamin binding protein  27.06 
 
 		 217 aa  48.1  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2784  cobalamin B12-binding protein  24.1 
 
 		 221 aa  48.9  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0108719  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23490  methionine synthase (B12-dependent)  25.15 
 
 		 820 aa  48.5  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.136684  hitchhiker  0.0000158862 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1041  cobalamin B12-binding domain-containing protein  21.47 
 
 		 211 aa  48.9  0.0002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.388992 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  23.65 
 
 		 768 aa  48.5  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1602  DNA binding domain protein, excisionase family  30.08 
 
 		 295 aa  48.9  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.200885  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3881  cobalamin B12-binding domain protein  22.96 
 
 		 216 aa  48.5  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000148578  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1316  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  25.71 
 
 		 207 aa  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.518339 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1497  putative transcriptional regulator  25.6 
 
 		 295 aa  47.8  0.0003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0922349 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2104  cobalamin B12-binding domain protein  22.12 
 
 		 228 aa  47.8  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0454156  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2044  cobalamin B12-binding domain protein  22.99 
 
 		 322 aa  47.8  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.10014 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4156  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  23.53 
 
 		 1132 aa  47.4  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4478  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  23.53 
 
 		 1132 aa  47.4  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0387  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  25.71 
 
 		 207 aa  47.4  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.682962  normal  0.201782 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0840  cobalamin B12-binding domain-containing protein  24.85 
 
 		 219 aa  47.4  0.0004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4366  methionine synthase  23.53 
 
 		 1132 aa  47.4  0.0004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4274  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  23.53 
 
 		 1132 aa  47.4  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0720  cobalamin B12-binding domain protein  20.81 
 
 		 211 aa  47.4  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2641  cobalamin B12-binding domain protein  24.76 
 
 		 210 aa  47.4  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4332  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  23.53 
 
 		 1132 aa  47  0.0005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3995  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  23.53 
 
 		 1133 aa  47  0.0005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4005  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  23.53 
 
 		 1133 aa  47  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0776  cobalamin B12-binding domain protein  24.16 
 
 		 261 aa  47  0.0005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.184756 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4385  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  23.53 
 
 		 1132 aa  47  0.0005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1384  transcriptional regulator, MerR family  29.76 
 
 		 298 aa  46.6  0.0007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000396773  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  25.24 
 
 		 818 aa  46.6  0.0007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2929  cobalamin B12-binding domain protein  22.76 
 
 		 216 aa  46.6  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000012726  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2751  cobalamin B12-binding protein  23.3 
 
 		 236 aa  46.6  0.0008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2116  corrinoid methyltransferase  25.35 
 
 		 209 aa  46.2  0.0008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00601394  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19540  predicted cobalamin binding protein  26.59 
 
 		 219 aa  46.6  0.0008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.109769  hitchhiker  0.00000629767 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  22.66 
 
 		 768 aa  46.2  0.0009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  25.78 
 
 		 816 aa  45.4  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000403798  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0678  hypothetical protein  25.44 
 
 		 281 aa  45.4  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2288  dimethylamine corrinoid protein  22.94 
 
 		 168 aa  45.8  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.974802  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1827  cobalamin B12-binding domain-containing protein  23.64 
 
 		 219 aa  45.4  0.001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4108  methionine synthase  23.53 
 
 		 1132 aa  45.8  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>