64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3983 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3983  cobalamin B12-binding  100 
 
 		 297 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.110014 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3738  cobalamin B12-binding  72.01 
 
 		 295 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0514741  hitchhiker  0.000397426 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1728  cobalamin B12-binding domain protein  61.3 
 
 		 293 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1311  cobalamin B12-binding  49.81 
 
 		 289 aa  275  5e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.650213 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6420  regulatory protein  40 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2044  cobalamin B12-binding domain protein  33.07 
 
 		 322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.10014 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4818  cobalamin B12-binding  34.94 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0282742 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5285  cobalamin B12-binding  34.41 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.109441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5363  cobalamin B12-binding domain protein  32.92 
 
 		 295 aa  132  6e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.222451 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3716  cobalamin B12-binding domain-containing protein  37.45 
 
 		 288 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.103124  hitchhiker  0.00389814 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1850  cobalamin B12-binding  35.9 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52494  decreased coverage  0.0003313 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6022  cobalamin B12-binding domain-containing protein  33.63 
 
 		 277 aa  112  5e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0324177 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0262  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  33.96 
 
 		 356 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0261  cobalamin B12-binding  34.08 
 
 		 263 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.667816  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0460  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  29.86 
 
 		 330 aa  95.9  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal  0.054153 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0298  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  31.49 
 
 		 271 aa  90.1  4e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.752873  normal  0.0781845 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2473  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.97 
 
 		 398 aa  86.3  6e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000169304 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0678  hypothetical protein  31.28 
 
 		 281 aa  83.2  0.000000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1926  regulatory protein, PpaA  36.05 
 
 		 264 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.120829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3086  hypothetical protein  29.59 
 
 		 201 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0283  regulatory protein, PpaA  36.05 
 
 		 264 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3532  regulatory protein PpaA  26.6 
 
 		 286 aa  77  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.359008 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1012  hypothetical protein  32.64 
 
 		 264 aa  73.6  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.196358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1467  cobalamin B12-binding  29.38 
 
 		 364 aa  68.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.225745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0776  cobalamin B12-binding domain protein  29.23 
 
 		 261 aa  65.9  0.0000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.184756 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0673  cobalamin B12-binding domain protein  26.67 
 
 		 349 aa  65.9  0.0000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.846284 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0675  cobalamin B12-binding domain protein  26.82 
 
 		 224 aa  64.7  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000394435  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  23.46 
 
 		 372 aa  63.9  0.000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0108  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.02 
 
 		 356 aa  63.2  0.000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0163  cobalamin B12-binding  25.53 
 
 		 289 aa  62  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1691  cobalamin B12-binding domain protein  25.39 
 
 		 339 aa  60.8  0.00000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2104  cobalamin B12-binding domain protein  27.38 
 
 		 228 aa  58.2  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0454156  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0291  cobalamin B12-binding domain protein  32 
 
 		 356 aa  55.8  0.0000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  21.43 
 
 		 301 aa  55.5  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3258  cobalamin B12-binding domain-containing protein  23.79 
 
 		 370 aa  55.5  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  25.6 
 
 		 800 aa  53.5  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2751  cobalamin B12-binding protein  26.4 
 
 		 236 aa  53.1  0.000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  25.15 
 
 		 293 aa  52.8  0.000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2387  B12-binding domain-containing protein  25.82 
 
 		 226 aa  52.4  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.543009  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2639  cobalamin B12-binding  24 
 
 		 222 aa  51.6  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0859  homocysteine S-methyltransferase  25.42 
 
 		 804 aa  51.6  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000329444  normal  0.146867 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0625  hypothetical protein  37.84 
 
 		 181 aa  50.1  0.00005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.482325  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  22.22 
 
 		 818 aa  48.5  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1208  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  23.53 
 
 		 210 aa  47.8  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1468  methionine synthase  23.44 
 
 		 218 aa  48.1  0.0002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.543896  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3045  BLUF domain-containing protein  26.27 
 
 		 448 aa  48.1  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 293 aa  48.1  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1384  transcriptional regulator, MerR family  28.35 
 
 		 298 aa  47.4  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000396773  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2115  methionine synthase (B12-dependent)  23.59 
 
 		 841 aa  47.4  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.356238  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  26.23 
 
 		 315 aa  47.4  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2582  Methionine synthase  23.44 
 
 		 213 aa  47  0.0004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.242133  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1049  transcriptional regulator, MerR family  26.9 
 
 		 304 aa  46.2  0.0007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.362937  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  26.19 
 
 		 816 aa  45.4  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000403798  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0216  BLUF domain-containing protein  33.33 
 
 		 450 aa  45.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.811903 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1565  AppA, antirepressor of ppsR, sensor of blue light  33.33 
 
 		 450 aa  45.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.935845  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2641  cobalamin B12-binding domain protein  29.23 
 
 		 210 aa  45.1  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2584  cobalamin B12-binding domain protein  24.56 
 
 		 354 aa  44.7  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0156694 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0729  Methionine synthase  22.87 
 
 		 212 aa  43.5  0.004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.342972  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1732  Methionine synthase  25.81 
 
 		 210 aa  43.5  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0655  cobalamin B12-binding domain protein  22.67 
 
 		 384 aa  42.7  0.007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1548  homocysteine S-methyltransferase  21.97 
 
 		 804 aa  42.7  0.007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0662443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3324  cobalamin B12-binding protein  26.72 
 
 		 360 aa  42.4  0.008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3335  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.72 
 
 		 360 aa  42.4  0.008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.646328  normal  0.186158 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3386  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.72 
 
 		 360 aa  42.4  0.008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0329482 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>