52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3738 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3738  cobalamin B12-binding  100 
 
 		 295 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0514741  hitchhiker  0.000397426 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3983  cobalamin B12-binding  72.01 
 
 		 297 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.110014 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1311  cobalamin B12-binding  52.61 
 
 		 289 aa  289  4e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.650213 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1728  cobalamin B12-binding domain protein  55.93 
 
 		 293 aa  285  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2044  cobalamin B12-binding domain protein  35.57 
 
 		 322 aa  158  1e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.10014 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4818  cobalamin B12-binding  32.09 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0282742 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6420  regulatory protein  33.21 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5285  cobalamin B12-binding  31.42 
 
 		 295 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.109441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5363  cobalamin B12-binding domain protein  31.13 
 
 		 295 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.222451 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3716  cobalamin B12-binding domain-containing protein  35.92 
 
 		 288 aa  123  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.103124  hitchhiker  0.00389814 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1850  cobalamin B12-binding  38.2 
 
 		 296 aa  116  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52494  decreased coverage  0.0003313 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6022  cobalamin B12-binding domain-containing protein  34.53 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0324177 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0262  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  33.8 
 
 		 356 aa  96.7  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0460  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  30.84 
 
 		 330 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal  0.054153 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0261  cobalamin B12-binding  32.34 
 
 		 263 aa  90.1  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.667816  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0298  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  30 
 
 		 271 aa  85.5  9e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.752873  normal  0.0781845 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0283  regulatory protein, PpaA  35.54 
 
 		 264 aa  84  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1926  regulatory protein, PpaA  35.54 
 
 		 264 aa  84  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.120829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0678  hypothetical protein  31.16 
 
 		 281 aa  83.2  0.000000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3532  regulatory protein PpaA  30 
 
 		 286 aa  81.6  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.359008 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1012  hypothetical protein  32.1 
 
 		 264 aa  82  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.196358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2473  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.91 
 
 		 398 aa  78.6  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000169304 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3086  hypothetical protein  26.56 
 
 		 201 aa  68.9  0.00000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0776  cobalamin B12-binding domain protein  26.09 
 
 		 261 aa  65.9  0.0000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.184756 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0675  cobalamin B12-binding domain protein  27.62 
 
 		 224 aa  65.5  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000394435  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0163  cobalamin B12-binding  26.7 
 
 		 289 aa  62.4  0.000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1467  cobalamin B12-binding  27.32 
 
 		 364 aa  62  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.225745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  23.33 
 
 		 301 aa  61.2  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0673  cobalamin B12-binding domain protein  24.34 
 
 		 349 aa  60.5  0.00000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.846284 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1691  cobalamin B12-binding domain protein  24.3 
 
 		 339 aa  58.9  0.0000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0625  hypothetical protein  30.07 
 
 		 181 aa  57.4  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.482325  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0108  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.22 
 
 		 356 aa  52.8  0.000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  25.24 
 
 		 293 aa  52.4  0.000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2387  B12-binding domain-containing protein  25 
 
 		 226 aa  52  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.543009  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  24.6 
 
 		 372 aa  52  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  29.37 
 
 		 315 aa  52  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0291  cobalamin B12-binding domain protein  25.12 
 
 		 356 aa  52.4  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2751  cobalamin B12-binding protein  28.92 
 
 		 236 aa  51.2  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0655  cobalamin B12-binding domain protein  23.89 
 
 		 384 aa  51.2  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2639  cobalamin B12-binding  23.86 
 
 		 222 aa  50.8  0.00003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2567  cobalamin B12-binding domain protein  24.24 
 
 		 206 aa  49.7  0.00006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474708  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4482  cobalamin binding protein-like protein  30.84 
 
 		 351 aa  48.1  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000437324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5806  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.36 
 
 		 354 aa  46.6  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3324  cobalamin B12-binding protein  26.72 
 
 		 360 aa  46.2  0.0006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3386  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.72 
 
 		 360 aa  46.2  0.0006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0329482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3335  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.72 
 
 		 360 aa  46.2  0.0006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.646328  normal  0.186158 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2584  cobalamin B12-binding domain protein  24.32 
 
 		 354 aa  46.2  0.0007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0156694 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2104  cobalamin B12-binding domain protein  24.4 
 
 		 228 aa  45.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0454156  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1468  methionine synthase  26.55 
 
 		 218 aa  45.1  0.001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.543896  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15360  Methionine synthase  25.26 
 
 		 210 aa  43.5  0.004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1208  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  22.33 
 
 		 210 aa  43.1  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3878  methionine synthase  26 
 
 		 1208 aa  42.7  0.007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00387489  normal  0.106452 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>