66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_5363 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_5363  cobalamin B12-binding domain protein  100 
 
 		 295 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.222451 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5285  cobalamin B12-binding  78.64 
 
 		 295 aa  456  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.109441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4818  cobalamin B12-binding  78.64 
 
 		 295 aa  456  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0282742 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1850  cobalamin B12-binding  51.76 
 
 		 296 aa  238  1e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52494  decreased coverage  0.0003313 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3716  cobalamin B12-binding domain-containing protein  49.81 
 
 		 288 aa  203  3e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.103124  hitchhiker  0.00389814 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6022  cobalamin B12-binding domain-containing protein  50 
 
 		 277 aa  194  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0324177 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1311  cobalamin B12-binding  31.84 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.650213 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3983  cobalamin B12-binding  32.92 
 
 		 297 aa  132  6e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.110014 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2044  cobalamin B12-binding domain protein  34.24 
 
 		 322 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.10014 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3738  cobalamin B12-binding  31.13 
 
 		 295 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0514741  hitchhiker  0.000397426 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1728  cobalamin B12-binding domain protein  33.97 
 
 		 293 aa  119  7e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0262  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  34.03 
 
 		 356 aa  119  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6420  regulatory protein  35.42 
 
 		 298 aa  115  7.999999999999999e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0261  cobalamin B12-binding  37.35 
 
 		 263 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.667816  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0460  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  29.26 
 
 		 330 aa  99.4  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal  0.054153 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0298  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  29.15 
 
 		 271 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.752873  normal  0.0781845 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3532  regulatory protein PpaA  28.02 
 
 		 286 aa  79  0.00000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.359008 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0678  hypothetical protein  31.55 
 
 		 281 aa  74.3  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0673  cobalamin B12-binding domain protein  26.79 
 
 		 349 aa  69.7  0.00000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.846284 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0283  regulatory protein, PpaA  30.91 
 
 		 264 aa  67.8  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1926  regulatory protein, PpaA  30.91 
 
 		 264 aa  67.8  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.120829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2473  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.49 
 
 		 398 aa  66.2  0.0000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000169304 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1012  hypothetical protein  30.91 
 
 		 264 aa  64.3  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.196358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3086  hypothetical protein  29.35 
 
 		 201 aa  63.5  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  24.08 
 
 		 301 aa  63.2  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3258  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.09 
 
 		 370 aa  60.8  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0675  cobalamin B12-binding domain protein  31.32 
 
 		 224 aa  58.2  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000394435  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  26.19 
 
 		 372 aa  57  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0163  cobalamin B12-binding  25 
 
 		 289 aa  55.1  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0291  cobalamin B12-binding domain protein  25.79 
 
 		 356 aa  55.1  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0108  cobalamin B12-binding domain-containing protein  32.73 
 
 		 356 aa  55.1  0.000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1467  cobalamin B12-binding  27.98 
 
 		 364 aa  55.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.225745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  22.96 
 
 		 768 aa  54.3  0.000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1442  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  24.29 
 
 		 839 aa  52.8  0.000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.955782  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2387  B12-binding domain-containing protein  27.62 
 
 		 226 aa  52  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.543009  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  22.96 
 
 		 768 aa  52.4  0.00001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0625  hypothetical protein  30.88 
 
 		 181 aa  51.6  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.482325  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3386  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30 
 
 		 360 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0329482 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3324  cobalamin B12-binding protein  30 
 
 		 360 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3335  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30 
 
 		 360 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.646328  normal  0.186158 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2751  cobalamin B12-binding protein  27.96 
 
 		 236 aa  50.1  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23490  methionine synthase (B12-dependent)  26.82 
 
 		 820 aa  49.3  0.00008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.136684  hitchhiker  0.0000158862 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19540  predicted cobalamin binding protein  22.63 
 
 		 219 aa  49.3  0.00008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.109769  hitchhiker  0.00000629767 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0776  cobalamin B12-binding domain protein  33.33 
 
 		 261 aa  48.9  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.184756 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25850  predicted cobalamin binding protein  20 
 
 		 217 aa  48.5  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1030  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.05 
 
 		 358 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  19.82 
 
 		 804 aa  47.8  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3081  homocysteine S-methyltransferase  25.4 
 
 		 791 aa  47.4  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1212  methionine synthase  31.2 
 
 		 224 aa  47.4  0.0003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.807396  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1208  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  31.2 
 
 		 210 aa  46.6  0.0005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116164  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1691  cobalamin B12-binding domain protein  23.74 
 
 		 339 aa  46.6  0.0005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1110  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.03 
 
 		 208 aa  46.2  0.0007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2639  cobalamin B12-binding  25.64 
 
 		 222 aa  45.8  0.0008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3658  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.7 
 
 		 210 aa  45.4  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.435157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2104  cobalamin B12-binding domain protein  28.49 
 
 		 228 aa  45.4  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0454156  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  27.54 
 
 		 607 aa  44.3  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4920  cobalamin B12-binding domain protein  27.04 
 
 		 366 aa  43.9  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.230842  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2958  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.97 
 
 		 216 aa  43.9  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.885246  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1827  cobalamin B12-binding domain protein  25.39 
 
 		 213 aa  43.9  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35010  predicted cobalamin binding protein  25.49 
 
 		 363 aa  43.1  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.77206  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  25 
 
 		 293 aa  43.1  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  30.33 
 
 		 816 aa  42.7  0.007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000403798  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  23.04 
 
 		 780 aa  42.4  0.009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5540  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.81 
 
 		 336 aa  42.4  0.009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.83435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5248  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.81 
 
 		 336 aa  42.4  0.009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5159  twin-arginine translocation pathway signal  27.81 
 
 		 336 aa  42.4  0.009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>