24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1012 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1012  hypothetical protein  100 
 
 		 264 aa  518  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.196358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0283  regulatory protein, PpaA  83.53 
 
 		 264 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1926  regulatory protein, PpaA  83.53 
 
 		 264 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.120829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3532  regulatory protein PpaA  33.93 
 
 		 286 aa  95.9  6e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.359008 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0163  cobalamin B12-binding  32.29 
 
 		 289 aa  87.8  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3738  cobalamin B12-binding  32.1 
 
 		 295 aa  82  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0514741  hitchhiker  0.000397426 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3983  cobalamin B12-binding  32.64 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.110014 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1728  cobalamin B12-binding domain protein  29.88 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1311  cobalamin B12-binding  30.72 
 
 		 289 aa  68.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.650213 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0460  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  29.06 
 
 		 330 aa  65.5  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal  0.054153 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5363  cobalamin B12-binding domain protein  30.91 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.222451 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0776  cobalamin B12-binding domain protein  26.61 
 
 		 261 aa  62.8  0.000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.184756 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0678  hypothetical protein  25.31 
 
 		 281 aa  62.4  0.000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0261  cobalamin B12-binding  29.47 
 
 		 263 aa  61.6  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.667816  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2044  cobalamin B12-binding domain protein  28.41 
 
 		 322 aa  61.2  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.10014 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0298  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  29.56 
 
 		 271 aa  59.7  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.752873  normal  0.0781845 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4818  cobalamin B12-binding  30.99 
 
 		 295 aa  59.7  0.00000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0282742 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5285  cobalamin B12-binding  29.25 
 
 		 295 aa  59.3  0.00000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.109441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3716  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.86 
 
 		 288 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.103124  hitchhiker  0.00389814 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0262  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  29.86 
 
 		 356 aa  52.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1850  cobalamin B12-binding  28.57 
 
 		 296 aa  50.4  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52494  decreased coverage  0.0003313 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6022  cobalamin B12-binding domain-containing protein  31.25 
 
 		 277 aa  49.3  0.00006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0324177 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  31.67 
 
 		 293 aa  49.3  0.00006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 293 aa  47.4  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>