41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0776 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0776  cobalamin B12-binding domain protein  100 
 
 		 261 aa  524  1e-148  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.184756 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0678  hypothetical protein  32.38 
 
 		 281 aa  88.6  9e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3532  regulatory protein PpaA  31.02 
 
 		 286 aa  72.4  0.000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.359008 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2044  cobalamin B12-binding domain protein  29.2 
 
 		 322 aa  71.6  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.10014 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1311  cobalamin B12-binding  27.17 
 
 		 289 aa  70.5  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.650213 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3983  cobalamin B12-binding  29.23 
 
 		 297 aa  65.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.110014 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3738  cobalamin B12-binding  25.71 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0514741  hitchhiker  0.000397426 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1012  hypothetical protein  26.61 
 
 		 264 aa  62.8  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.196358  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1728  cobalamin B12-binding domain protein  22.22 
 
 		 293 aa  61.6  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0283  regulatory protein, PpaA  26.38 
 
 		 264 aa  58.9  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1926  regulatory protein, PpaA  26.38 
 
 		 264 aa  58.9  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.120829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0163  cobalamin B12-binding  25.79 
 
 		 289 aa  57.8  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0460  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  28.08 
 
 		 330 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal  0.054153 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3716  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.73 
 
 		 288 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.103124  hitchhiker  0.00389814 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6022  cobalamin B12-binding domain-containing protein  32.41 
 
 		 277 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0324177 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0298  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  28.08 
 
 		 271 aa  53.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.752873  normal  0.0781845 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1850  cobalamin B12-binding  31.11 
 
 		 296 aa  52  0.000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52494  decreased coverage  0.0003313 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5285  cobalamin B12-binding  28.06 
 
 		 295 aa  50.4  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.109441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5287  methionine synthase  27.78 
 
 		 1266 aa  49.7  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.212227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5363  cobalamin B12-binding domain protein  33.33 
 
 		 295 aa  48.9  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.222451 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4818  cobalamin B12-binding  28.06 
 
 		 295 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0282742 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2702  cobalamin B12-binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 305 aa  47.8  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3258  cobalamin B12-binding domain-containing protein  24.16 
 
 		 370 aa  47  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0675  cobalamin B12-binding domain protein  26.9 
 
 		 224 aa  47  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000394435  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0262  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  28.32 
 
 		 356 aa  47  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  20.19 
 
 		 768 aa  46.6  0.0004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0261  cobalamin B12-binding  34.88 
 
 		 263 aa  46.6  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.667816  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4224  B12-dependent methionine synthase  26.83 
 
 		 1293 aa  46.6  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.572954  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  27.15 
 
 		 315 aa  46.2  0.0005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1792  homocysteine S-methyltransferase  18.75 
 
 		 774 aa  45.8  0.0006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.709712  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1468  methionine synthase  26.67 
 
 		 218 aa  44.7  0.001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.543896  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  19.89 
 
 		 780 aa  43.9  0.003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1267  methionine synthase  28.74 
 
 		 832 aa  43.5  0.004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2639  cobalamin B12-binding  21.02 
 
 		 222 aa  43.5  0.004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2544  methionine synthase  23.12 
 
 		 1180 aa  42.7  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00356448  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0729  Methionine synthase  25 
 
 		 212 aa  42.7  0.006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.342972  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2776  transcriptional regulator  26.8 
 
 		 290 aa  42.4  0.008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.379235  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  26.74 
 
 		 768 aa  42  0.009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0032  methionine synthase  24.3 
 
 		 1196 aa  42  0.009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.392993  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1523  methionine synthase  25 
 
 		 1136 aa  42  0.009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2387  B12-binding domain-containing protein  23.89 
 
 		 226 aa  42  0.01  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.543009  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>