75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1728 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1728  cobalamin B12-binding domain protein  100 
 
 		 293 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3983  cobalamin B12-binding  58.16 
 
 		 297 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.110014 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3738  cobalamin B12-binding  55.93 
 
 		 295 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0514741  hitchhiker  0.000397426 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1311  cobalamin B12-binding  46.77 
 
 		 289 aa  235  7e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.650213 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2044  cobalamin B12-binding domain protein  35.75 
 
 		 322 aa  148  8e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.10014 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6420  regulatory protein  33.09 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4818  cobalamin B12-binding  33.8 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0282742 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5285  cobalamin B12-binding  33.8 
 
 		 295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.109441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5363  cobalamin B12-binding domain protein  33.97 
 
 		 295 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.222451 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3716  cobalamin B12-binding domain-containing protein  40.94 
 
 		 288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.103124  hitchhiker  0.00389814 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1850  cobalamin B12-binding  39.47 
 
 		 296 aa  106  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52494  decreased coverage  0.0003313 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6022  cobalamin B12-binding domain-containing protein  35.09 
 
 		 277 aa  101  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0324177 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2473  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.55 
 
 		 398 aa  96.7  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000169304 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0460  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  26.17 
 
 		 330 aa  90.5  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal  0.054153 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0261  cobalamin B12-binding  28.5 
 
 		 263 aa  89  9e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.667816  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3532  regulatory protein PpaA  29.29 
 
 		 286 aa  85.5  8e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.359008 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0298  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  26.87 
 
 		 271 aa  80.1  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.752873  normal  0.0781845 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0262  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  25.84 
 
 		 356 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3086  hypothetical protein  26.42 
 
 		 201 aa  76.6  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1012  hypothetical protein  30.68 
 
 		 264 aa  76.6  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.196358  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0673  cobalamin B12-binding domain protein  27.4 
 
 		 349 aa  75.1  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.846284 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  27.57 
 
 		 372 aa  75.1  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0108  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.23 
 
 		 356 aa  74.3  0.000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1691  cobalamin B12-binding domain protein  26.56 
 
 		 339 aa  74.7  0.000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0678  hypothetical protein  30.91 
 
 		 281 aa  73.6  0.000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0163  cobalamin B12-binding  28.73 
 
 		 289 aa  71.2  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0283  regulatory protein, PpaA  29.82 
 
 		 264 aa  66.6  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1926  regulatory protein, PpaA  29.82 
 
 		 264 aa  66.6  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.120829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0776  cobalamin B12-binding domain protein  24.26 
 
 		 261 aa  66.6  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.184756 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3258  cobalamin B12-binding domain-containing protein  22.69 
 
 		 370 aa  64.7  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1467  cobalamin B12-binding  25.25 
 
 		 364 aa  60.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.225745  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0859  homocysteine S-methyltransferase  24.27 
 
 		 804 aa  58.9  0.00000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000329444  normal  0.146867 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  21.63 
 
 		 301 aa  58.9  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0675  cobalamin B12-binding domain protein  27.91 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000394435  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0682  homocysteine S-methyltransferase  22.6 
 
 		 793 aa  53.9  0.000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2104  cobalamin B12-binding domain protein  27.49 
 
 		 228 aa  53.9  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0454156  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  23.76 
 
 		 816 aa  53.5  0.000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000403798  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  25.29 
 
 		 293 aa  53.1  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3258  homocysteine S-methyltransferase  19.14 
 
 		 841 aa  52.8  0.000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.728955  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2639  cobalamin B12-binding  24.1 
 
 		 222 aa  51.6  0.00001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2115  methionine synthase (B12-dependent)  23.23 
 
 		 841 aa  51.6  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.356238  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  22.61 
 
 		 804 aa  51.2  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1468  methionine synthase  22.71 
 
 		 218 aa  50.8  0.00003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.543896  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0655  cobalamin B12-binding domain protein  22.15 
 
 		 384 aa  50.4  0.00003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0291  cobalamin B12-binding domain protein  23.39 
 
 		 356 aa  50.4  0.00004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  20 
 
 		 800 aa  50.4  0.00004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23490  methionine synthase (B12-dependent)  24.86 
 
 		 820 aa  50.1  0.00005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.136684  hitchhiker  0.0000158862 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2582  Methionine synthase  22.05 
 
 		 213 aa  49.7  0.00006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.242133  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1442  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  22.6 
 
 		 839 aa  49.7  0.00006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.955782  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  29.84 
 
 		 315 aa  48.5  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0625  hypothetical protein  31.65 
 
 		 181 aa  48.1  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.482325  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6401  DNA binding domain protein, excisionase family  25.54 
 
 		 279 aa  48.1  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.566174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1548  homocysteine S-methyltransferase  21.78 
 
 		 804 aa  47.4  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0662443  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2387  B12-binding domain-containing protein  23.76 
 
 		 226 aa  46.6  0.0006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.543009  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5806  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.18 
 
 		 354 aa  45.8  0.0009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4482  cobalamin binding protein-like protein  32.41 
 
 		 351 aa  45.8  0.0009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000437324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1041  cobalamin B12-binding domain-containing protein  24 
 
 		 211 aa  45.4  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.388992 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0707  methionine synthase  26.77 
 
 		 232 aa  45.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.784551  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3324  cobalamin B12-binding protein  28.18 
 
 		 360 aa  44.7  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2751  cobalamin B12-binding protein  22.6 
 
 		 236 aa  44.7  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3335  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.18 
 
 		 360 aa  44.7  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.646328  normal  0.186158 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1208  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  28 
 
 		 210 aa  44.7  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3386  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.18 
 
 		 360 aa  44.7  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0329482 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  20.79 
 
 		 818 aa  44.3  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 293 aa  43.9  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0061  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.98 
 
 		 217 aa  43.9  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1470  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  24.43 
 
 		 232 aa  43.1  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0216  BLUF domain-containing protein  26.46 
 
 		 450 aa  42.4  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.811903 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0797  methionine synthase  24.81 
 
 		 232 aa  42.4  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.310628  normal  0.286279 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2122  putative dimethylamine corrinoid protein  24.81 
 
 		 232 aa  42.4  0.008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.154357  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1565  AppA, antirepressor of ppsR, sensor of blue light  25.13 
 
 		 450 aa  42.7  0.008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.935845  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1858  homocysteine S-methyltransferase  21.43 
 
 		 803 aa  42.4  0.009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1827  cobalamin B12-binding domain-containing protein  23.02 
 
 		 219 aa  42.4  0.01  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0729  Methionine synthase  21.57 
 
 		 212 aa  42.4  0.01  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.342972  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1073  methionine synthase  24.81 
 
 		 259 aa  42.4  0.01  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.234469  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>