More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_2104 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_2104  cobalamin B12-binding domain protein  100 
 
 
228 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0454156  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2387  B12-binding domain-containing protein  60.55 
 
 
226 aa  255  4e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.543009  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2751  cobalamin B12-binding protein  57.89 
 
 
236 aa  236  2e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0729  Methionine synthase  37.6 
 
 
212 aa  92  7e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.342972  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2582  Methionine synthase  38.52 
 
 
213 aa  91.3  1e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.242133  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1732  Methionine synthase  39.39 
 
 
210 aa  91.3  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1729  Methionine synthase  39.39 
 
 
210 aa  90.9  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1212  methionine synthase  40.32 
 
 
224 aa  90.5  2e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.807396  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2958  cobalamin B12-binding domain-containing protein  37.98 
 
 
216 aa  89  6e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.885246  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1208  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  35.25 
 
 
210 aa  86.3  4e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116164  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4872  cobalamin B12-binding domain protein  33.56 
 
 
210 aa  82.4  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1431  cobalamin B12-binding domain-containing protein  34.38 
 
 
222 aa  81.3  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000156586  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2116  corrinoid methyltransferase  33.03 
 
 
209 aa  80.5  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00601394  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  28.57 
 
 
768 aa  80.9  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1468  methionine synthase  31.87 
 
 
218 aa  80.5  0.00000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.543896  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  30.32 
 
 
816 aa  79  0.00000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000403798  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4325  methyltransferase cognate corrinoid protein  36.43 
 
 
214 aa  79.3  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3258  homocysteine S-methyltransferase  27.35 
 
 
841 aa  79  0.00000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.728955  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1442  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  32.18 
 
 
839 aa  79  0.00000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.955782  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0195  cobalamin B12-binding domain protein  37.86 
 
 
218 aa  79  0.00000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00543164  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3604  dimethylamine corrinoid protein  41.18 
 
 
214 aa  78.6  0.00000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.220504 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2941  homocysteine S-methyltransferase  32.31 
 
 
801 aa  78.6  0.00000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.651468  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  29.05 
 
 
768 aa  78.2  0.00000000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23490  methionine synthase (B12-dependent)  32.22 
 
 
820 aa  77.8  0.0000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.136684  hitchhiker  0.0000158862 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0859  homocysteine S-methyltransferase  32.02 
 
 
804 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000329444  normal  0.146867 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1827  cobalamin B12-binding domain-containing protein  34.38 
 
 
219 aa  77.8  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4641  cobalamin B12-binding domain protein  40 
 
 
213 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1827  cobalamin B12-binding domain protein  36.29 
 
 
213 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1110  cobalamin B12-binding domain-containing protein  32.61 
 
 
208 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0075  cobalamin B12-binding domain-containing protein  33.59 
 
 
219 aa  77  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.916725  normal  0.540278 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2567  cobalamin B12-binding domain protein  33.06 
 
 
206 aa  77  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474708  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2784  cobalamin B12-binding protein  33.33 
 
 
221 aa  77  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0108719  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15360  Methionine synthase  42.42 
 
 
210 aa  76.3  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0840  cobalamin B12-binding domain-containing protein  32.81 
 
 
219 aa  76.6  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19540  predicted cobalamin binding protein  32.77 
 
 
219 aa  76.3  0.0000000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.109769  hitchhiker  0.00000629767 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  34.62 
 
 
804 aa  75.9  0.0000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1501  dimethylamine corrinoid protein  41.76 
 
 
208 aa  75.5  0.0000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000000126339  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2310  trimethylamine corrinoid protein  41.3 
 
 
216 aa  75.5  0.0000000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00299987  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1365  dimethylamine corrinoid protein  43.96 
 
 
251 aa  75.1  0.0000000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000000308359  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0489  homocysteine S-methyltransferase  31.32 
 
 
804 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  33.61 
 
 
607 aa  74.7  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1368  trimethylamine corrinoid protein  40.22 
 
 
216 aa  74.7  0.000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000000000818926  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2288  dimethylamine corrinoid protein  43.96 
 
 
168 aa  74.3  0.000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.974802  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25850  predicted cobalamin binding protein  33.33 
 
 
217 aa  74.3  0.000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1442  homocysteine S-methyltransferase  30.22 
 
 
802 aa  73.2  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.195548  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  35.43 
 
 
800 aa  72.4  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0108  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.1 
 
 
356 aa  72.4  0.000000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  24.53 
 
 
372 aa  72  0.000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0682  homocysteine S-methyltransferase  28.05 
 
 
793 aa  72  0.000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1041  cobalamin B12-binding domain-containing protein  34.69 
 
 
211 aa  71.6  0.000000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.388992 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3658  cobalamin B12-binding domain-containing protein  34.96 
 
 
210 aa  71.6  0.000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.435157  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1503  dimethylamine corrinoid protein  40.66 
 
 
217 aa  71.2  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.153126  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2115  methionine synthase (B12-dependent)  29.25 
 
 
841 aa  70.9  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.356238  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0061  cobalamin B12-binding domain-containing protein  37.19 
 
 
217 aa  71.6  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2929  cobalamin B12-binding domain protein  34.09 
 
 
216 aa  70.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000012726  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1605  cobalamin B12-binding domain protein  34.04 
 
 
212 aa  70.5  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000212682  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1548  homocysteine S-methyltransferase  33.86 
 
 
804 aa  70.5  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0662443  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4337  cobalamin B12-binding domain-containing protein  34.45 
 
 
326 aa  70.1  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.125438  normal  0.389787 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1447  cobalamin B12-binding  38.18 
 
 
556 aa  69.7  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0642463 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1206  cobalamin B12-binding  32.77 
 
 
224 aa  69.7  0.00000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.136661  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2641  cobalamin B12-binding domain protein  33.88 
 
 
210 aa  69.3  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  35.4 
 
 
818 aa  69.3  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2964  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.42 
 
 
223 aa  69.3  0.00000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0486605  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2473  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.54 
 
 
398 aa  68.9  0.00000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000169304 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1792  homocysteine S-methyltransferase  31.06 
 
 
774 aa  68.9  0.00000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.709712  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0024  methyltransferase cognate corrinoid protein  29.14 
 
 
220 aa  68.9  0.00000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2571  cobalamin B12-binding domain protein  26.28 
 
 
218 aa  68.6  0.00000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.111371  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3081  homocysteine S-methyltransferase  33.59 
 
 
791 aa  68.2  0.0000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0418  cobalamin-dependent methionine synthase, B12-binding  33.6 
 
 
220 aa  67.8  0.0000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2722  methionine synthase I (cobalamin-dependent) methyltransferase subunit  35.48 
 
 
801 aa  67  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1835  cobalamin B12-binding domain protein  36.36 
 
 
212 aa  67  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1413  homocysteine S-methyltransferase  28.22 
 
 
806 aa  67.4  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0607109  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  28.89 
 
 
807 aa  66.6  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0729  homocysteine S-methyltransferase  31.21 
 
 
781 aa  66.2  0.0000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1073  methionine synthase  32.48 
 
 
259 aa  65.5  0.0000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.234469  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4611  cobalamin B12-binding domain protein  33.33 
 
 
210 aa  65.5  0.0000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.855843  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1316  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  37.65 
 
 
207 aa  65.5  0.0000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.518339 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1510  methionine synthase  29.91 
 
 
891 aa  64.3  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2142  corrinoid protein  35.71 
 
 
184 aa  64.7  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0142295  normal  0.350048 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0387  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  37.65 
 
 
207 aa  64.7  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.682962  normal  0.201782 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1470  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  29.37 
 
 
232 aa  64.3  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0673  cobalamin B12-binding domain protein  29.47 
 
 
349 aa  64.7  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.846284 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  30.98 
 
 
804 aa  64.3  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3881  cobalamin B12-binding domain protein  26.16 
 
 
216 aa  63.5  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000148578  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3886  cobalamin B12-binding domain protein  30.6 
 
 
215 aa  63.2  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000310147  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0046  B12-dependent methionine synthase  35.42 
 
 
1220 aa  62.8  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.61869 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3199  Methionine synthase B12-binding module cap domain protein  32.97 
 
 
212 aa  62.8  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3474  B12-dependent methionine synthase  32.69 
 
 
1251 aa  62.8  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0549  methionine synthase (B12-dependent)  28.36 
 
 
804 aa  62.4  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19590  homocysteine S-methyltransferase  28.91 
 
 
819 aa  62.4  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.399567  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  26.09 
 
 
319 aa  62.4  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3053  B12-dependent methionine synthase  32.69 
 
 
1251 aa  62.4  0.000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.453999 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0291  cobalamin B12-binding domain protein  31.93 
 
 
356 aa  62  0.000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1523  methionine synthase  33.33 
 
 
1136 aa  62  0.000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3161  B12-dependent methionine synthase  32.63 
 
 
1264 aa  62  0.000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.95608 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0956  cobalamin B12-binding protein  26.47 
 
 
214 aa  62  0.000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3149  B12-dependent methionine synthase  31.07 
 
 
1220 aa  62  0.000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.3138  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3211  B12-dependent methionine synthase  32.63 
 
 
1264 aa  61.6  0.000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.509178 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0262  homocysteine S-methyltransferase  32 
 
 
813 aa  60.8  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180962 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1858  homocysteine S-methyltransferase  29.78 
 
 
803 aa  61.6  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>