More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_2751 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_2751  cobalamin B12-binding protein  100 
 
 
236 aa  462  1e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2387  B12-binding domain-containing protein  71.09 
 
 
226 aa  296  2e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.543009  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2104  cobalamin B12-binding domain protein  57.89 
 
 
228 aa  236  2e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0454156  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1212  methionine synthase  35.47 
 
 
224 aa  101  8e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.807396  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1431  cobalamin B12-binding domain-containing protein  37.37 
 
 
222 aa  91.3  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000156586  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  32.85 
 
 
816 aa  89.4  5e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000403798  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  33 
 
 
804 aa  89  7e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  29.05 
 
 
768 aa  86.7  3e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0729  Methionine synthase  32.75 
 
 
212 aa  85.9  5e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.342972  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1501  dimethylamine corrinoid protein  33.71 
 
 
208 aa  82.4  0.000000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000000126339  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  28.1 
 
 
768 aa  81.6  0.000000000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2115  methionine synthase (B12-dependent)  31.64 
 
 
841 aa  80.9  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.356238  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1468  methionine synthase  27.52 
 
 
218 aa  79.7  0.00000000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.543896  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0195  cobalamin B12-binding domain protein  32.47 
 
 
218 aa  79.3  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00543164  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2473  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.73 
 
 
398 aa  78.6  0.00000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000169304 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1548  homocysteine S-methyltransferase  28.83 
 
 
804 aa  79  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0662443  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1368  trimethylamine corrinoid protein  33.33 
 
 
216 aa  78.2  0.00000000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000000000818926  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  32.67 
 
 
818 aa  77  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2310  trimethylamine corrinoid protein  33.33 
 
 
216 aa  77.4  0.0000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00299987  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0859  homocysteine S-methyltransferase  28.7 
 
 
804 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000329444  normal  0.146867 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4872  cobalamin B12-binding domain protein  36.04 
 
 
210 aa  76.3  0.0000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1732  Methionine synthase  35.77 
 
 
210 aa  75.9  0.0000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3604  dimethylamine corrinoid protein  38 
 
 
214 aa  75.9  0.0000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.220504 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2784  cobalamin B12-binding protein  34.96 
 
 
221 aa  75.9  0.0000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0108719  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  25.87 
 
 
319 aa  75.9  0.0000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1729  Methionine synthase  35.77 
 
 
210 aa  75.5  0.0000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2929  cobalamin B12-binding domain protein  25 
 
 
216 aa  75.5  0.0000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000012726  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0102  methionine synthase  30.05 
 
 
1150 aa  75.5  0.0000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0549  methionine synthase (B12-dependent)  32.18 
 
 
804 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2582  Methionine synthase  27.23 
 
 
213 aa  74.3  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.242133  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2964  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.25 
 
 
223 aa  74.7  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0486605  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2958  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.35 
 
 
216 aa  74.7  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.885246  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0092  methionine synthase  30.41 
 
 
1150 aa  73.9  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2722  methionine synthase I (cobalamin-dependent) methyltransferase subunit  31.34 
 
 
801 aa  73.6  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0085  methionine synthase (B12-dependent)  29.51 
 
 
1150 aa  73.9  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.497685  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1365  dimethylamine corrinoid protein  40.66 
 
 
251 aa  73.9  0.000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000000308359  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  30.36 
 
 
807 aa  73.9  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4325  methyltransferase cognate corrinoid protein  36.51 
 
 
214 aa  73.2  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0682  homocysteine S-methyltransferase  26.63 
 
 
793 aa  72.8  0.000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  24.62 
 
 
319 aa  72.8  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0489  homocysteine S-methyltransferase  30.23 
 
 
804 aa  72.8  0.000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25850  predicted cobalamin binding protein  33.07 
 
 
217 aa  72.4  0.000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2288  dimethylamine corrinoid protein  40.66 
 
 
168 aa  72  0.000000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.974802  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1827  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.27 
 
 
219 aa  72  0.000000000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0075  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.27 
 
 
219 aa  71.6  0.000000000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.916725  normal  0.540278 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0840  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.81 
 
 
219 aa  71.6  0.000000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  31.53 
 
 
804 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  28.31 
 
 
607 aa  71.6  0.00000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1208  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  30.65 
 
 
210 aa  70.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116164  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3258  homocysteine S-methyltransferase  27.23 
 
 
841 aa  70.1  0.00000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.728955  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1316  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  30.99 
 
 
207 aa  69.7  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.518339 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1413  homocysteine S-methyltransferase  31.3 
 
 
806 aa  69.7  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0607109  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0387  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  30.99 
 
 
207 aa  68.9  0.00000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.682962  normal  0.201782 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2567  cobalamin B12-binding domain protein  27.91 
 
 
206 aa  68.9  0.00000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474708  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1792  homocysteine S-methyltransferase  26.74 
 
 
774 aa  68.6  0.00000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.709712  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1110  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.24 
 
 
208 aa  68.2  0.00000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  25 
 
 
372 aa  68.6  0.00000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0087  methionine synthase  29.82 
 
 
1149 aa  68.6  0.00000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.834345  normal  0.210518 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1617  homocysteine S-methyltransferase  30.22 
 
 
1189 aa  68.2  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1442  homocysteine S-methyltransferase  28.8 
 
 
802 aa  68.2  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.195548  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3886  cobalamin B12-binding domain protein  25.91 
 
 
215 aa  68.2  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000310147  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0418  cobalamin-dependent methionine synthase, B12-binding  34.04 
 
 
220 aa  67.8  0.0000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  27.94 
 
 
800 aa  67.8  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1206  cobalamin B12-binding  34.62 
 
 
224 aa  67.4  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.136661  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19540  predicted cobalamin binding protein  32.52 
 
 
219 aa  67.4  0.0000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.109769  hitchhiker  0.00000629767 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1442  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  29.07 
 
 
839 aa  67.8  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.955782  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0064  methionine synthase  31.54 
 
 
1254 aa  67.8  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.496444 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0729  homocysteine S-methyltransferase  26.22 
 
 
781 aa  66.2  0.0000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0032  methionine synthase  32.92 
 
 
1196 aa  66.6  0.0000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.392993  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1605  cobalamin B12-binding domain protein  23.56 
 
 
212 aa  65.9  0.0000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000212682  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1503  dimethylamine corrinoid protein  34.78 
 
 
217 aa  66.2  0.0000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.153126  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4641  cobalamin B12-binding domain protein  25.64 
 
 
213 aa  65.9  0.0000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1041  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.65 
 
 
211 aa  65.9  0.0000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.388992 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2941  homocysteine S-methyltransferase  31.03 
 
 
801 aa  66.2  0.0000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.651468  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5697  methyltransferase MtaA/CmuA family  28.93 
 
 
617 aa  65.9  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3878  methionine synthase  29.07 
 
 
1208 aa  65.9  0.0000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00387489  normal  0.106452 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0024  methyltransferase cognate corrinoid protein  30.61 
 
 
220 aa  65.9  0.0000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2544  methionine synthase  28.86 
 
 
1180 aa  65.1  0.0000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00356448  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0597  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.92 
 
 
218 aa  64.7  0.000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  27.67 
 
 
293 aa  64.7  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1447  cobalamin B12-binding  31.43 
 
 
556 aa  65.1  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0642463 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23490  methionine synthase (B12-dependent)  29.31 
 
 
820 aa  65.1  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.136684  hitchhiker  0.0000158862 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0539  cobalamin B12-binding domain protein  24.86 
 
 
218 aa  64.3  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3199  Methionine synthase B12-binding module cap domain protein  25.97 
 
 
212 aa  63.9  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  26.34 
 
 
780 aa  63.9  0.000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0673  cobalamin B12-binding domain protein  28.96 
 
 
349 aa  63.2  0.000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.846284 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0956  cobalamin B12-binding protein  25.88 
 
 
214 aa  63.2  0.000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3658  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.75 
 
 
210 aa  63.2  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.435157  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0720  cobalamin B12-binding domain protein  24.87 
 
 
211 aa  62.4  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3081  homocysteine S-methyltransferase  27.49 
 
 
791 aa  62  0.000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2641  cobalamin B12-binding domain protein  26.89 
 
 
210 aa  62  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4611  cobalamin B12-binding domain protein  29.12 
 
 
210 aa  61.6  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.855843  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0847  monomethylamine corrinoid protein  34.66 
 
 
217 aa  61.2  0.00000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2631  B12-dependent methionine synthase  34.82 
 
 
1244 aa  61.6  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0960245  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0840  monomethylamine corrinoid protein  34.66 
 
 
217 aa  60.8  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.960899  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15360  Methionine synthase  26.32 
 
 
210 aa  60.5  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  21.8 
 
 
301 aa  60.8  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1174  methionine synthase (B12-dependent)  27.54 
 
 
1158 aa  60.5  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1827  cobalamin B12-binding domain protein  28.23 
 
 
213 aa  60.1  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0061  cobalamin B12-binding domain-containing protein  31.4 
 
 
217 aa  60.1  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>