27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0283 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_1926  regulatory protein, PpaA  100 
 
 		 264 aa  518  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.120829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0283  regulatory protein, PpaA  100 
 
 		 264 aa  518  1e-146  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1012  hypothetical protein  82.58 
 
 		 264 aa  427  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.196358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3532  regulatory protein PpaA  33.33 
 
 		 286 aa  101  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.359008 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0163  cobalamin B12-binding  33.5 
 
 		 289 aa  96.7  3e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3738  cobalamin B12-binding  35.54 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0514741  hitchhiker  0.000397426 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3983  cobalamin B12-binding  36.05 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.110014 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1311  cobalamin B12-binding  30.18 
 
 		 289 aa  70.1  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.650213 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5363  cobalamin B12-binding domain protein  30.91 
 
 		 295 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.222451 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0460  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  29.2 
 
 		 330 aa  66.6  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal  0.054153 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0261  cobalamin B12-binding  30.53 
 
 		 263 aa  66.2  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.667816  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0678  hypothetical protein  25.49 
 
 		 281 aa  64.7  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1728  cobalamin B12-binding domain protein  30.07 
 
 		 293 aa  64.3  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2044  cobalamin B12-binding domain protein  33.15 
 
 		 322 aa  62.8  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.10014 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0298  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  29.19 
 
 		 271 aa  62  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.752873  normal  0.0781845 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0776  cobalamin B12-binding domain protein  26.36 
 
 		 261 aa  60.5  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.184756 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4818  cobalamin B12-binding  29.57 
 
 		 295 aa  58.9  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0282742 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0262  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  30.3 
 
 		 356 aa  58.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5285  cobalamin B12-binding  29.93 
 
 		 295 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.109441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3716  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.05 
 
 		 288 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.103124  hitchhiker  0.00389814 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  32.5 
 
 		 293 aa  49.7  0.00006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1850  cobalamin B12-binding  28.57 
 
 		 296 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52494  decreased coverage  0.0003313 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6022  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.92 
 
 		 277 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0324177 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0978  response regulator receiver protein  25.17 
 
 		 280 aa  47.8  0.0002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.144383 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6420  regulatory protein  22.49 
 
 		 298 aa  43.9  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 293 aa  44.7  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.22 
 
 		 534 aa  42  0.009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>