25 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6420 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6420  regulatory protein  100 
 
 		 298 aa  602  1.0000000000000001e-171  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3983  cobalamin B12-binding  40 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.110014 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3738  cobalamin B12-binding  32.49 
 
 		 295 aa  135  8e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0514741  hitchhiker  0.000397426 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1311  cobalamin B12-binding  33.58 
 
 		 289 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.650213 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1728  cobalamin B12-binding domain protein  36.49 
 
 		 293 aa  122  5e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5285  cobalamin B12-binding  34.73 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.109441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4818  cobalamin B12-binding  35.12 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0282742 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3716  cobalamin B12-binding domain-containing protein  37.12 
 
 		 288 aa  116  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.103124  hitchhiker  0.00389814 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5363  cobalamin B12-binding domain protein  35.42 
 
 		 295 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.222451 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1850  cobalamin B12-binding  37.22 
 
 		 296 aa  112  6e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52494  decreased coverage  0.0003313 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2044  cobalamin B12-binding domain protein  30.08 
 
 		 322 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.10014 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6022  cobalamin B12-binding domain-containing protein  32.75 
 
 		 277 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0324177 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0460  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  27.9 
 
 		 330 aa  82.8  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal  0.054153 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0261  cobalamin B12-binding  28.75 
 
 		 263 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.667816  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0262  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  27.35 
 
 		 356 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0298  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  25.51 
 
 		 271 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.752873  normal  0.0781845 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0625  hypothetical protein  31.82 
 
 		 181 aa  58.5  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.482325  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2473  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.18 
 
 		 398 aa  53.9  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000169304 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0678  hypothetical protein  23.81 
 
 		 281 aa  53.9  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3086  hypothetical protein  23.33 
 
 		 201 aa  53.1  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0108  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.6 
 
 		 356 aa  53.1  0.000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1926  regulatory protein, PpaA  22.49 
 
 		 264 aa  44.3  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.120829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0283  regulatory protein, PpaA  22.49 
 
 		 264 aa  44.3  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1467  cobalamin B12-binding  22.39 
 
 		 364 aa  42.4  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.225745  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  22.81 
 
 		 372 aa  42.4  0.01  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>