122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_3086 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_3086  hypothetical protein  100 
 
 		 201 aa  413  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0673  cobalamin B12-binding domain protein  46.77 
 
 		 349 aa  194  9e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.846284 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2473  cobalamin B12-binding domain-containing protein  40.82 
 
 		 398 aa  160  9e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000169304 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0291  cobalamin B12-binding domain protein  38.67 
 
 		 356 aa  138  6e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1691  cobalamin B12-binding domain protein  34.05 
 
 		 339 aa  136  2e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0108  cobalamin B12-binding domain-containing protein  35.29 
 
 		 356 aa  120  9.999999999999999e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  29.35 
 
 		 372 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3258  cobalamin B12-binding domain-containing protein  32.32 
 
 		 370 aa  103  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2639  cobalamin B12-binding  28.49 
 
 		 222 aa  102  3e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1467  cobalamin B12-binding  30.11 
 
 		 364 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.225745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  29.35 
 
 		 301 aa  94  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  30.17 
 
 		 315 aa  84  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2044  cobalamin B12-binding domain protein  29.59 
 
 		 322 aa  81.3  0.000000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.10014 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3983  cobalamin B12-binding  29.59 
 
 		 297 aa  78.6  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.110014 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0655  cobalamin B12-binding domain protein  27.18 
 
 		 384 aa  75.5  0.0000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  25.26 
 
 		 319 aa  74.3  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  24.87 
 
 		 319 aa  73.6  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0675  cobalamin B12-binding domain protein  31.18 
 
 		 224 aa  73.2  0.000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000394435  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3738  cobalamin B12-binding  26.56 
 
 		 295 aa  69.7  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0514741  hitchhiker  0.000397426 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35010  predicted cobalamin binding protein  27.69 
 
 		 363 aa  68.9  0.00000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.77206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1728  cobalamin B12-binding domain protein  26.42 
 
 		 293 aa  67.4  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  28.42 
 
 		 607 aa  66.6  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2584  cobalamin B12-binding domain protein  26.32 
 
 		 354 aa  66.6  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0156694 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3324  cobalamin B12-binding protein  27.78 
 
 		 360 aa  65.9  0.0000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3386  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.78 
 
 		 360 aa  65.9  0.0000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0329482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3335  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.78 
 
 		 360 aa  65.9  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.646328  normal  0.186158 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0978  response regulator receiver protein  29.31 
 
 		 280 aa  65.9  0.0000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.144383 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0729  Methionine synthase  23.76 
 
 		 212 aa  65.9  0.0000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.342972  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0967  cobalamin B12-binding domain protein  29.19 
 
 		 325 aa  64.7  0.0000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.502888  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5363  cobalamin B12-binding domain protein  29.35 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.222451 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2582  Methionine synthase  25.65 
 
 		 213 aa  63.5  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.242133  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3658  cobalamin B12-binding domain-containing protein  24.75 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.435157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1208  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  27.98 
 
 		 210 aa  62.4  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2116  corrinoid methyltransferase  32.48 
 
 		 209 aa  62.4  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00601394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1030  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.47 
 
 		 358 aa  62.4  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25850  predicted cobalamin binding protein  27.41 
 
 		 217 aa  61.2  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3604  dimethylamine corrinoid protein  25.29 
 
 		 214 aa  60.5  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.220504 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3757  MerR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 333 aa  60.5  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00211459  hitchhiker  0.00419816 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1776  methionine synthase  30.51 
 
 		 232 aa  59.7  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.354351  normal  0.011957 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4482  cobalamin binding protein-like protein  25.17 
 
 		 351 aa  58.9  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000437324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5285  cobalamin B12-binding  28.04 
 
 		 295 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.109441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19540  predicted cobalamin binding protein  27.41 
 
 		 219 aa  58.2  0.00000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.109769  hitchhiker  0.00000629767 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2122  putative dimethylamine corrinoid protein  28.81 
 
 		 232 aa  57.4  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.154357  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1468  methionine synthase  23.4 
 
 		 218 aa  57.4  0.0000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.543896  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0797  methionine synthase  28.81 
 
 		 232 aa  57.4  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.310628  normal  0.286279 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0061  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.41 
 
 		 217 aa  57.8  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4818  cobalamin B12-binding  27.51 
 
 		 295 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0282742 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2387  B12-binding domain-containing protein  27.32 
 
 		 226 aa  57  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.543009  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1206  cobalamin B12-binding  21.78 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.136661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1311  cobalamin B12-binding  27.01 
 
 		 289 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.650213 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1110  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.59 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2550  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  29.84 
 
 		 235 aa  56.6  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2288  dimethylamine corrinoid protein  24.1 
 
 		 168 aa  56.6  0.0000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.974802  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5806  cobalamin B12-binding domain-containing protein  24.67 
 
 		 354 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1501  dimethylamine corrinoid protein  24.56 
 
 		 208 aa  55.8  0.0000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000000126339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2776  transcriptional regulator  27.33 
 
 		 290 aa  55.8  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.379235  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3271  MerR family transcriptional regulator  23.5 
 
 		 335 aa  55.5  0.0000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.107511  normal  0.193811 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4337  cobalamin B12-binding domain-containing protein  22.84 
 
 		 326 aa  55.5  0.0000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.125438  normal  0.389787 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2115  methionine synthase (B12-dependent)  22.97 
 
 		 841 aa  55.1  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.356238  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0720  cobalamin B12-binding domain protein  22.63 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5159  twin-arginine translocation pathway signal  26.34 
 
 		 336 aa  55.1  0.0000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5248  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.34 
 
 		 336 aa  55.1  0.0000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5540  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.34 
 
 		 336 aa  55.1  0.0000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.83435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0956  cobalamin B12-binding protein  22.5 
 
 		 214 aa  55.1  0.0000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1470  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  26.23 
 
 		 232 aa  54.7  0.0000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4920  cobalamin B12-binding domain protein  25 
 
 		 366 aa  54.7  0.0000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.230842  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1365  dimethylamine corrinoid protein  25.83 
 
 		 251 aa  54.3  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000000308359  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0707  methionine synthase  28.81 
 
 		 232 aa  54.7  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.784551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2702  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.68 
 
 		 305 aa  54.3  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1442  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  30.36 
 
 		 839 aa  53.9  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.955782  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1212  methionine synthase  21 
 
 		 224 aa  53.5  0.000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.807396  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0840  cobalamin B12-binding domain-containing protein  21.54 
 
 		 219 aa  53.5  0.000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  22.33 
 
 		 818 aa  53.5  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0418  cobalamin-dependent methionine synthase, B12-binding  25.93 
 
 		 220 aa  52.8  0.000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6420  regulatory protein  23.33 
 
 		 298 aa  53.1  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0859  homocysteine S-methyltransferase  21.76 
 
 		 804 aa  52  0.000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000329444  normal  0.146867 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1073  methionine synthase  26.45 
 
 		 259 aa  51.6  0.000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.234469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15360  Methionine synthase  23.67 
 
 		 210 aa  51.2  0.000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2751  cobalamin B12-binding protein  26.87 
 
 		 236 aa  50.4  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1041  cobalamin B12-binding domain-containing protein  22.56 
 
 		 211 aa  50.4  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.388992 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  28.25 
 
 		 780 aa  50.4  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2028  transcriptional regulator, MerR family  27.81 
 
 		 318 aa  50.4  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000332734  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  26.59 
 
 		 816 aa  50.1  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000403798  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4325  methyltransferase cognate corrinoid protein  25.93 
 
 		 214 aa  49.7  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1548  homocysteine S-methyltransferase  20.69 
 
 		 804 aa  48.5  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0662443  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2941  homocysteine S-methyltransferase  28.57 
 
 		 801 aa  48.1  0.00008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.651468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2133  methionine synthase  24.84 
 
 		 1169 aa  48.1  0.00008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3717  regulatory protein MerR  28.76 
 
 		 315 aa  47.8  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23490  methionine synthase (B12-dependent)  29.46 
 
 		 820 aa  47.8  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.136684  hitchhiker  0.0000158862 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2104  cobalamin B12-binding domain protein  25.73 
 
 		 228 aa  47.4  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0454156  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0489  homocysteine S-methyltransferase  25.13 
 
 		 804 aa  47  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0985  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.72 
 
 		 540 aa  47.4  0.0002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.645474  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1605  cobalamin B12-binding domain protein  23.3 
 
 		 212 aa  47  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000212682  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1442  homocysteine S-methyltransferase  22.44 
 
 		 802 aa  46.6  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.195548  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3199  Methionine synthase B12-binding module cap domain protein  23.46 
 
 		 212 aa  47  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1107  cobalamin B12-binding domain protein  25 
 
 		 210 aa  45.8  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1603  cobalamin B12-binding domain protein  25.2 
 
 		 211 aa  45.4  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000910131  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4872  cobalamin B12-binding domain protein  24.3 
 
 		 210 aa  45.1  0.0008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1311  cobalamin B12-binding  24.22 
 
 		 221 aa  44.3  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.460326 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2983  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  22.98 
 
 		 1132 aa  43.9  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>