64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2044 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2044  cobalamin B12-binding domain protein  100 
 
 		 322 aa  657    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.10014 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3738  cobalamin B12-binding  34.92 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0514741  hitchhiker  0.000397426 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3983  cobalamin B12-binding  33.07 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.110014 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1311  cobalamin B12-binding  36.25 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.650213 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1728  cobalamin B12-binding domain protein  35.75 
 
 		 293 aa  142  9e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4818  cobalamin B12-binding  34.87 
 
 		 295 aa  135  9e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0282742 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5285  cobalamin B12-binding  34.87 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.109441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5363  cobalamin B12-binding domain protein  34.24 
 
 		 295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.222451 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3716  cobalamin B12-binding domain-containing protein  39.15 
 
 		 288 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.103124  hitchhiker  0.00389814 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1850  cobalamin B12-binding  39.08 
 
 		 296 aa  114  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52494  decreased coverage  0.0003313 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6420  regulatory protein  30.08 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6022  cobalamin B12-binding domain-containing protein  37.12 
 
 		 277 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0324177 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0460  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  28.57 
 
 		 330 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal  0.054153 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0298  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  27.73 
 
 		 271 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.752873  normal  0.0781845 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0262  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  31.5 
 
 		 356 aa  90.5  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0261  cobalamin B12-binding  29.6 
 
 		 263 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.667816  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3086  hypothetical protein  29.59 
 
 		 201 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0776  cobalamin B12-binding domain protein  29.2 
 
 		 261 aa  71.6  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.184756 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0673  cobalamin B12-binding domain protein  28.8 
 
 		 349 aa  71.2  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.846284 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3532  regulatory protein PpaA  27.59 
 
 		 286 aa  70.1  0.00000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.359008 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0678  hypothetical protein  33.86 
 
 		 281 aa  69.3  0.00000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2473  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.55 
 
 		 398 aa  68.6  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000169304 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1467  cobalamin B12-binding  28.05 
 
 		 364 aa  67  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.225745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1468  methionine synthase  24.17 
 
 		 218 aa  64.7  0.000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.543896  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0625  hypothetical protein  28.38 
 
 		 181 aa  62.4  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.482325  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  23.66 
 
 		 372 aa  62  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0283  regulatory protein, PpaA  32.12 
 
 		 264 aa  61.6  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1012  hypothetical protein  28.41 
 
 		 264 aa  61.2  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.196358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1926  regulatory protein, PpaA  32.12 
 
 		 264 aa  61.6  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.120829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0729  Methionine synthase  23.15 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.342972  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  24.54 
 
 		 301 aa  59.7  0.00000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  24.41 
 
 		 804 aa  58.9  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0291  cobalamin B12-binding domain protein  30.18 
 
 		 356 aa  58.9  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2582  Methionine synthase  22.54 
 
 		 213 aa  58.9  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.242133  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0163  cobalamin B12-binding  29.63 
 
 		 289 aa  56.6  0.0000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1442  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  25.71 
 
 		 839 aa  55.1  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.955782  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0108  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.08 
 
 		 356 aa  54.3  0.000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  22.64 
 
 		 607 aa  53.9  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1691  cobalamin B12-binding domain protein  25.7 
 
 		 339 aa  52.4  0.00001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3658  cobalamin B12-binding domain-containing protein  22.79 
 
 		 210 aa  50.4  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.435157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1827  cobalamin B12-binding domain protein  22.12 
 
 		 213 aa  49.7  0.00006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1212  methionine synthase  29.13 
 
 		 224 aa  49.3  0.00008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.807396  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2104  cobalamin B12-binding domain protein  27.73 
 
 		 228 aa  48.5  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0454156  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19540  predicted cobalamin binding protein  23.03 
 
 		 219 aa  47.8  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.109769  hitchhiker  0.00000629767 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3258  cobalamin B12-binding domain-containing protein  22.99 
 
 		 370 aa  47.8  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25850  predicted cobalamin binding protein  24.59 
 
 		 217 aa  48.5  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1110  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.37 
 
 		 208 aa  48.1  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2022  hypothetical protein  31.01 
 
 		 168 aa  46.6  0.0005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1729  Methionine synthase  21.17 
 
 		 210 aa  46.2  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4641  cobalamin B12-binding domain protein  34.41 
 
 		 213 aa  46.2  0.0008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0840  monomethylamine corrinoid protein  21.7 
 
 		 217 aa  45.4  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.960899  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2387  B12-binding domain-containing protein  24 
 
 		 226 aa  45.4  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.543009  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1732  Methionine synthase  20.91 
 
 		 210 aa  45.1  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1208  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  22.43 
 
 		 210 aa  45.1  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0847  monomethylamine corrinoid protein  21.7 
 
 		 217 aa  44.7  0.002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  19.92 
 
 		 768 aa  44.7  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2958  cobalamin B12-binding domain-containing protein  23.33 
 
 		 216 aa  45.1  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.885246  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23490  methionine synthase (B12-dependent)  27.43 
 
 		 820 aa  43.5  0.004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.136684  hitchhiker  0.0000158862 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0549  methionine synthase (B12-dependent)  23.15 
 
 		 804 aa  43.9  0.004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6511  methylmalonyl-CoA mutase  25.48 
 
 		 712 aa  43.1  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  26.32 
 
 		 293 aa  43.1  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5337  methylmalonyl-CoA mutase  32.03 
 
 		 721 aa  43.1  0.007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.759699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2784  cobalamin B12-binding protein  24 
 
 		 221 aa  42.7  0.008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0108719  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3199  Methionine synthase B12-binding module cap domain protein  20.73 
 
 		 212 aa  42.7  0.009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>