26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0298 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0298  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  100 
 
 		 271 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.752873  normal  0.0781845 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0460  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  90.87 
 
 		 330 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal  0.054153 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0261  cobalamin B12-binding  84.03 
 
 		 263 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.667816  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0262  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  60.08 
 
 		 356 aa  304  9.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5363  cobalamin B12-binding domain protein  29.37 
 
 		 295 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.222451 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5285  cobalamin B12-binding  29.48 
 
 		 295 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.109441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4818  cobalamin B12-binding  29.48 
 
 		 295 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0282742 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2044  cobalamin B12-binding domain protein  27.73 
 
 		 322 aa  92.8  5e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.10014 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3983  cobalamin B12-binding  28.57 
 
 		 297 aa  91.3  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.110014 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1850  cobalamin B12-binding  30.4 
 
 		 296 aa  87  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52494  decreased coverage  0.0003313 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3738  cobalamin B12-binding  30.23 
 
 		 295 aa  85.5  8e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0514741  hitchhiker  0.000397426 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6022  cobalamin B12-binding domain-containing protein  35.62 
 
 		 277 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0324177 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3716  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.46 
 
 		 288 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.103124  hitchhiker  0.00389814 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1311  cobalamin B12-binding  28.69 
 
 		 289 aa  82.4  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.650213 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1728  cobalamin B12-binding domain protein  24.58 
 
 		 293 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6420  regulatory protein  25.51 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0283  regulatory protein, PpaA  29.19 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1926  regulatory protein, PpaA  29.19 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.120829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1012  hypothetical protein  29.56 
 
 		 264 aa  59.7  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.196358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0216  BLUF domain-containing protein  31.9 
 
 		 450 aa  53.9  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.811903 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1565  AppA, antirepressor of ppsR, sensor of blue light  31.9 
 
 		 450 aa  53.9  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.935845  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0776  cobalamin B12-binding domain protein  28.08 
 
 		 261 aa  53.1  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.184756 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3532  regulatory protein PpaA  25.89 
 
 		 286 aa  48.1  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.359008 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3045  BLUF domain-containing protein  33.1 
 
 		 448 aa  46.2  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0673  cobalamin B12-binding domain protein  25.62 
 
 		 349 aa  46.2  0.0006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.846284 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1691  cobalamin B12-binding domain protein  22.16 
 
 		 339 aa  43.9  0.003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>