27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3532 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3532  regulatory protein PpaA  100 
 
 		 286 aa  576  1.0000000000000001e-163  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.359008 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0163  cobalamin B12-binding  37.35 
 
 		 289 aa  165  6.9999999999999995e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0283  regulatory protein, PpaA  34.71 
 
 		 264 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1926  regulatory protein, PpaA  34.71 
 
 		 264 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.120829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1012  hypothetical protein  33.93 
 
 		 264 aa  95.9  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.196358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0678  hypothetical protein  28.51 
 
 		 281 aa  89  9e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4818  cobalamin B12-binding  31.32 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0282742 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5285  cobalamin B12-binding  31.32 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.109441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1311  cobalamin B12-binding  28.22 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.650213 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3738  cobalamin B12-binding  29.29 
 
 		 295 aa  79  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0514741  hitchhiker  0.000397426 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5363  cobalamin B12-binding domain protein  28.02 
 
 		 295 aa  79  0.00000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.222451 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3983  cobalamin B12-binding  26.6 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.110014 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1728  cobalamin B12-binding domain protein  28.57 
 
 		 293 aa  73.9  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0776  cobalamin B12-binding domain protein  31.02 
 
 		 261 aa  72.4  0.000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.184756 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2044  cobalamin B12-binding domain protein  27.59 
 
 		 322 aa  70.1  0.00000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.10014 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6022  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.94 
 
 		 277 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0324177 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3716  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.47 
 
 		 288 aa  63.5  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.103124  hitchhiker  0.00389814 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1850  cobalamin B12-binding  28.36 
 
 		 296 aa  53.5  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52494  decreased coverage  0.0003313 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  24.28 
 
 		 768 aa  50.8  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  24.28 
 
 		 768 aa  47  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0460  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  25.89 
 
 		 330 aa  47.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal  0.054153 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0675  cobalamin B12-binding domain protein  21.79 
 
 		 224 aa  47  0.0004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000394435  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0298  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  25.36 
 
 		 271 aa  45.8  0.0007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.752873  normal  0.0781845 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0262  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  28.22 
 
 		 356 aa  45.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2702  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.65 
 
 		 305 aa  43.5  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0261  cobalamin B12-binding  23.33 
 
 		 263 aa  43.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.667816  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0673  cobalamin B12-binding domain protein  27.14 
 
 		 349 aa  43.1  0.006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.846284 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>