More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2776 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2776  transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  592  1e-168  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.379235  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1384  transcriptional regulator, MerR family  30.28 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000396773  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  30.43 
 
 		 315 aa  125  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  29.43 
 
 		 319 aa  117  3e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1107  MerR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 315 aa  116  5e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1448  MerR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 319 aa  114  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  29.76 
 
 		 319 aa  112  9e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2399  transcriptional regulator, MerR family  28.28 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2972  MerR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0234999  normal  0.559596 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0238  hypothetical protein  32.14 
 
 		 320 aa  110  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2213  transcriptional regulator, MerR family  31.45 
 
 		 322 aa  109  5e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.68316  normal  0.172033 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0487  regulatory protein, MerR  27.8 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6238  regulatory protein, MerR  27.61 
 
 		 324 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.316883  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0460  MerR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  32.07 
 
 		 293 aa  102  9e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5173  transcriptional regulator, MerR family  30.88 
 
 		 291 aa  102  9e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 293 aa  101  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1049  transcriptional regulator, MerR family  28.52 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.362937  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2028  transcriptional regulator, MerR family  26.96 
 
 		 318 aa  95.9  6e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000332734  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4299  regulatory protein MerR  26.44 
 
 		 337 aa  92  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0130356  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3717  regulatory protein MerR  26.55 
 
 		 315 aa  91.3  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2702  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.76 
 
 		 305 aa  89  8e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3271  MerR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 335 aa  85.5  9e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.107511  normal  0.193811 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3692  MerR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 290 aa  82.8  0.000000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2029  transcriptional regulator, MerR family  30.04 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3757  MerR family transcriptional regulator  25 
 
 		 333 aa  82  0.000000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00211459  hitchhiker  0.00419816 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5621  transcriptional regulator, MerR family  27.7 
 
 		 294 aa  79.7  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.695249 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1060  MerR family transcriptional regulator  23.38 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.497246 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3286  MerR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00910  transcriptional regulator, MerR family protein  25.11 
 
 		 297 aa  71.2  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.307342  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2639  cobalamin B12-binding  25.37 
 
 		 222 aa  70.9  0.00000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0894  MerR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 319 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0466  MerR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 305 aa  68.9  0.00000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.935291  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2032  MerR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 295 aa  68.9  0.0000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.662057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2255  MerR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 302 aa  68.2  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0803543  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0370  regulatory protein MerR  28 
 
 		 304 aa  67.4  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05121  hypothetical protein  33.02 
 
 		 267 aa  64.3  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001251  transcriptional regulator MerR family  33.02 
 
 		 267 aa  63.2  0.000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5846  MerR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 323 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0729  homocysteine S-methyltransferase  23.56 
 
 		 781 aa  62  0.00000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  23.43 
 
 		 780 aa  61.2  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0810  MerR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 310 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.826651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4491  MerR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.51698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  27.17 
 
 		 372 aa  58.9  0.00000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4353  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 		 321 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.651332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1691  cobalamin B12-binding domain protein  29.24 
 
 		 339 aa  58.5  0.0000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4486  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 		 321 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.892291  hitchhiker  0.0000100174 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0549  methionine synthase (B12-dependent)  31.58 
 
 		 804 aa  57.4  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2881  methionine synthase  26.04 
 
 		 1168 aa  57.8  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0934972 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3801  transcriptional regulator, MerR family  22.46 
 
 		 291 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000260127  hitchhiker  0.0000000000000558476 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2355  MerR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 327 aa  57  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.278081  normal  0.108483 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1072  MerR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 320 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.653703 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  23.23 
 
 		 768 aa  57.4  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41410  transcriptional regulatory protein, MerR-family  30.97 
 
 		 314 aa  56.6  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1792  homocysteine S-methyltransferase  23.21 
 
 		 774 aa  56.6  0.0000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.709712  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1987  transcriptional regulator mlrA  28.57 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  23.23 
 
 		 768 aa  56.2  0.0000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01137  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.57 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2485  transcriptional regulator, MerR family  28.57 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4630  MerR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 303 aa  56.2  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5287  methionine synthase  31.82 
 
 		 1266 aa  56.2  0.0000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.212227  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01145  hypothetical protein  28.57 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3086  hypothetical protein  27.33 
 
 		 201 aa  55.8  0.0000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1301  transcriptional regulator mlrA-like protein  28.57 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0914  MerR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 298 aa  56.2  0.0000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.976142  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1317  transcriptional regulator mlrA  28.57 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2464  MerR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1258  transcriptional regulator mlrA  28.57 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00289591  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0822  transcriptional regulator, MerR family  42.11 
 
 		 327 aa  55.8  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.528612  normal  0.372171 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0489  homocysteine S-methyltransferase  28.87 
 
 		 804 aa  55.8  0.0000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2740  MerR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 295 aa  55.8  0.0000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1122  transcriptional regulator, MerR family  30.63 
 
 		 302 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2671  methionine synthase  30.21 
 
 		 1269 aa  55.1  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1868  transcriptional regulator, MerR family  41.27 
 
 		 247 aa  55.1  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4735  MerR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 313 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.736808  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1544  transcriptional regulator, MerR family  22.83 
 
 		 291 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00914127  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4615  MerR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 311 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3324  cobalamin B12-binding protein  26.24 
 
 		 360 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0682  homocysteine S-methyltransferase  22.53 
 
 		 793 aa  55.5  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61620  MerR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 299 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.076426 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3335  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.24 
 
 		 360 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.646328  normal  0.186158 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3386  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.24 
 
 		 360 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0329482 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3013  MerR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 295 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  28.67 
 
 		 804 aa  54.7  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35010  predicted cobalamin binding protein  28 
 
 		 363 aa  54.7  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.77206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2964  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.76 
 
 		 223 aa  54.7  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0486605  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0081  MerR family transcriptional regulator  25 
 
 		 265 aa  54.7  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00994643  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  23.53 
 
 		 807 aa  54.7  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4396  transcriptional regulator, MerR family  34.67 
 
 		 342 aa  54.7  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2436  methionine synthase  28.26 
 
 		 885 aa  54.7  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0619597  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2387  B12-binding domain-containing protein  28.48 
 
 		 226 aa  54.3  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.543009  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1370  MerR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 291 aa  54.3  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000206673  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1758  MerR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 245 aa  53.9  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000235386 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1372  methionine synthase (B12-dependent)  23.67 
 
 		 1190 aa  53.9  0.000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.477278 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3052  methionine synthase (B12-dependent)  22.86 
 
 		 1178 aa  53.5  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  22.06 
 
 		 800 aa  53.5  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1583  transcriptional regulator, MerR family  24.42 
 
 		 291 aa  53.1  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.53357e-31 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1411  MerR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 291 aa  53.1  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000846806  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0056  MerR family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 299 aa  53.1  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1030  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.33 
 
 		 358 aa  53.1  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>