73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1602 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1602  DNA binding domain protein, excisionase family  100 
 
 		 295 aa  580  1.0000000000000001e-165  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.200885  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6401  DNA binding domain protein, excisionase family  30.88 
 
 		 279 aa  74.7  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.566174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  32.62 
 
 		 372 aa  68.9  0.00000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1107  MerR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 315 aa  63.9  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2702  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.77 
 
 		 305 aa  62.8  0.000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  31.78 
 
 		 315 aa  62.8  0.000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5621  transcriptional regulator, MerR family  27.07 
 
 		 294 aa  58.9  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.695249 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  29.8 
 
 		 293 aa  58.9  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 293 aa  57.4  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3893  DNA binding domain protein, excisionase family  36.89 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3943  DNA binding domain protein, excisionase family  36.89 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000130893  normal  0.0337021 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1220  DNA binding domain protein, excisionase family  48.28 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3717  regulatory protein MerR  31.58 
 
 		 315 aa  56.2  0.0000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2584  cobalamin B12-binding domain protein  36.79 
 
 		 354 aa  55.1  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0156694 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3258  homocysteine S-methyltransferase  23.9 
 
 		 841 aa  53.5  0.000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.728955  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3757  MerR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 333 aa  53.5  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00211459  hitchhiker  0.00419816 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1691  cobalamin B12-binding domain protein  33.58 
 
 		 339 aa  53.5  0.000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35010  predicted cobalamin binding protein  36.63 
 
 		 363 aa  53.1  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.77206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3271  MerR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 335 aa  52.4  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.107511  normal  0.193811 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  28.57 
 
 		 319 aa  51.6  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1219  DNA binding domain protein, excisionase family  45.1 
 
 		 201 aa  51.6  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  28.97 
 
 		 319 aa  50.8  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6238  regulatory protein, MerR  33.03 
 
 		 324 aa  50.8  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.316883  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19540  predicted cobalamin binding protein  26.79 
 
 		 219 aa  50.1  0.00004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.109769  hitchhiker  0.00000629767 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1467  cobalamin B12-binding  26.44 
 
 		 364 aa  50.4  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.225745  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25850  predicted cobalamin binding protein  32.32 
 
 		 217 aa  49.7  0.00005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2028  transcriptional regulator, MerR family  33.64 
 
 		 318 aa  50.1  0.00005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000332734  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  23.08 
 
 		 807 aa  48.5  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2213  transcriptional regulator, MerR family  32.39 
 
 		 322 aa  48.5  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.68316  normal  0.172033 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1030  cobalamin B12-binding domain-containing protein  35.19 
 
 		 358 aa  48.5  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3258  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.08 
 
 		 370 aa  48.9  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2025  DNA binding domain-containing protein  42.62 
 
 		 206 aa  48.1  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.870655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1827  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.67 
 
 		 219 aa  47.8  0.0002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3670  DNA binding domain-containing protein  43.64 
 
 		 201 aa  47.8  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.635315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3081  homocysteine S-methyltransferase  21.88 
 
 		 791 aa  47.4  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0487  regulatory protein, MerR  34.82 
 
 		 301 aa  47.4  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3695  DNA binding domain-containing protein  48.89 
 
 		 210 aa  47.4  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0075  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.97 
 
 		 219 aa  47.4  0.0003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.916725  normal  0.540278 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2399  transcriptional regulator, MerR family  31.48 
 
 		 316 aa  47.4  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2972  MerR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 316 aa  47.4  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0234999  normal  0.559596 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5806  cobalamin B12-binding domain-containing protein  34.62 
 
 		 354 aa  47.4  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5173  transcriptional regulator, MerR family  25.93 
 
 		 291 aa  47  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1938  excisionase family DNA-binding response regulator  40.38 
 
 		 190 aa  46.6  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.440271  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3640  response regulator receiver protein  51.11 
 
 		 207 aa  46.6  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.196846  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0061  cobalamin B12-binding domain-containing protein  31.68 
 
 		 217 aa  46.6  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3386  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.33 
 
 		 360 aa  46.2  0.0006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0329482 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3714  response regulator receiver protein  51.11 
 
 		 207 aa  46.6  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3335  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.33 
 
 		 360 aa  46.2  0.0006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.646328  normal  0.186158 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3324  cobalamin B12-binding protein  30.33 
 
 		 360 aa  46.2  0.0006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3574  response regulator receiver domain-containing protein  51.11 
 
 		 207 aa  46.2  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1835  cobalamin B12-binding domain protein  25 
 
 		 212 aa  46.2  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3692  MerR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 290 aa  46.2  0.0007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1448  MerR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 319 aa  45.8  0.0008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4926  merR family DNA-binding response regulator  26.04 
 
 		 192 aa  45.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0517  DNA binding domain protein, excisionase family  42.31 
 
 		 207 aa  45.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2639  cobalamin B12-binding  25.18 
 
 		 222 aa  45.4  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0840  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.57 
 
 		 219 aa  45.1  0.001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0108  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.23 
 
 		 356 aa  45.1  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0978  response regulator receiver protein  23.43 
 
 		 280 aa  45.1  0.002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.144383 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0859  homocysteine S-methyltransferase  26.95 
 
 		 804 aa  43.9  0.003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000329444  normal  0.146867 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  32.88 
 
 		 780 aa  43.9  0.003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2941  homocysteine S-methyltransferase  23.43 
 
 		 801 aa  43.9  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.651468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2784  cobalamin B12-binding protein  25 
 
 		 221 aa  43.9  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0108719  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2641  cobalamin B12-binding domain protein  25.76 
 
 		 210 aa  43.5  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0733  response regulator receiver protein  44.23 
 
 		 215 aa  43.1  0.006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4299  regulatory protein MerR  28.68 
 
 		 337 aa  42.7  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0130356  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2776  transcriptional regulator  26.79 
 
 		 290 aa  42.7  0.007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.379235  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2084  regulatory protein MerR  45 
 
 		 94 aa  42.7  0.008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0238  hypothetical protein  33.05 
 
 		 320 aa  42.4  0.008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0673  cobalamin B12-binding domain protein  29.79 
 
 		 349 aa  42.4  0.009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.846284 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1564  hypothetical protein  46.15 
 
 		 215 aa  42.4  0.009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.20655  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0658  hypothetical protein  46.15 
 
 		 215 aa  42.4  0.009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1042  DNA binding domain protein, excisionase family  36 
 
 		 82 aa  42.4  0.01  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>