227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5621 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_5621  transcriptional regulator, MerR family  100 
 
 
294 aa  608  1e-173  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.695249 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5173  transcriptional regulator, MerR family  42.66 
 
 
291 aa  242  3.9999999999999997e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00910  transcriptional regulator, MerR family protein  41.74 
 
 
297 aa  196  3e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.307342  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3717  regulatory protein MerR  38.98 
 
 
315 aa  194  1e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0056  MerR family transcriptional regulator  44.04 
 
 
299 aa  182  7e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1060  MerR family transcriptional regulator  38.72 
 
 
300 aa  181  1e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.497246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2032  MerR family transcriptional regulator  38.66 
 
 
295 aa  177  1e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.662057  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2029  transcriptional regulator, MerR family  36.4 
 
 
298 aa  170  3e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1107  MerR family transcriptional regulator  25.37 
 
 
315 aa  109  6e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  26.04 
 
 
319 aa  97.8  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  26.09 
 
 
315 aa  93.2  4e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  24.33 
 
 
319 aa  92.8  6e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2028  transcriptional regulator, MerR family  30.66 
 
 
318 aa  89.4  7e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000332734  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0487  regulatory protein, MerR  24.32 
 
 
301 aa  89  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2213  transcriptional regulator, MerR family  26.4 
 
 
322 aa  88.2  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.68316  normal  0.172033 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1049  transcriptional regulator, MerR family  27.65 
 
 
304 aa  86.7  5e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.362937  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2702  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.17 
 
 
305 aa  82  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1384  transcriptional regulator, MerR family  26.39 
 
 
298 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000396773  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2776  transcriptional regulator  27.7 
 
 
290 aa  79.7  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.379235  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3757  MerR family transcriptional regulator  25.7 
 
 
333 aa  79  0.00000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00211459  hitchhiker  0.00419816 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3271  MerR family transcriptional regulator  26 
 
 
335 aa  79  0.00000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.107511  normal  0.193811 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  26.36 
 
 
293 aa  78.6  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4630  MerR family transcriptional regulator  26.18 
 
 
303 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1448  MerR family transcriptional regulator  21.71 
 
 
319 aa  77.8  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2972  MerR family transcriptional regulator  23.87 
 
 
316 aa  78.2  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0234999  normal  0.559596 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2399  transcriptional regulator, MerR family  23.46 
 
 
316 aa  75.1  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4491  MerR family transcriptional regulator  25.21 
 
 
311 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.51698  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3692  MerR family transcriptional regulator  28.02 
 
 
290 aa  73.6  0.000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6238  regulatory protein, MerR  21.9 
 
 
324 aa  72  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.316883  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  25.85 
 
 
293 aa  72  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2255  MerR family transcriptional regulator  24.65 
 
 
302 aa  70.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0803543  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0466  MerR family transcriptional regulator  25.97 
 
 
305 aa  66.2  0.0000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.935291  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0238  hypothetical protein  23.62 
 
 
320 aa  65.1  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0460  MerR family transcriptional regulator  23.21 
 
 
319 aa  64.7  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4615  MerR family transcriptional regulator  23.56 
 
 
311 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1212  MerR family transcriptional regulator  23.13 
 
 
302 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000132783  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1583  transcriptional regulator, MerR family  22.68 
 
 
291 aa  63.5  0.000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.53357e-31 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4396  transcriptional regulator, MerR family  32.08 
 
 
342 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1371  MerR family transcriptional regulator  22.68 
 
 
292 aa  62.8  0.000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000540169  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1399  MerR family transcriptional regulator  22.68 
 
 
292 aa  62.4  0.000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.147582  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1509  MerR family transcriptional regulator  22.68 
 
 
291 aa  62.4  0.000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000195029  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0914  MerR family transcriptional regulator  25 
 
 
298 aa  62.4  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.976142  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0894  MerR family transcriptional regulator  23.05 
 
 
319 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1650  transcriptional regulator, MerR family  22.3 
 
 
291 aa  60.8  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000245022  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1072  MerR family transcriptional regulator  27.1 
 
 
320 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.653703 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4299  regulatory protein MerR  20.43 
 
 
337 aa  60.5  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0130356  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0370  regulatory protein MerR  24.66 
 
 
304 aa  60.8  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3286  MerR family transcriptional regulator  20.9 
 
 
321 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1370  MerR family transcriptional regulator  22.22 
 
 
291 aa  60.1  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000206673  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1503  MerR family transcriptional regulator  38.81 
 
 
242 aa  59.7  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000104173 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1525  MerR family transcriptional regulator  38.81 
 
 
242 aa  59.7  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175945 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1488  transcriptional regulator, MerR family protein  38.81 
 
 
242 aa  59.7  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.372841  normal  0.479872 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61620  MerR family transcriptional regulator  24.68 
 
 
299 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.076426 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1781  transcriptional regulator, MerR family protein  38.81 
 
 
242 aa  59.7  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.329966  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1602  DNA binding domain protein, excisionase family  27.07 
 
 
295 aa  58.9  0.00000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.200885  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3169  MerR family transcriptional regulator  37.68 
 
 
315 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0340158  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2126  MerR family transcriptional regulator  38.24 
 
 
282 aa  58.2  0.0000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0010  transcriptional regulator, MerR family protein  39.39 
 
 
241 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.904582  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1691  cobalamin B12-binding domain protein  34.29 
 
 
339 aa  57.4  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3801  transcriptional regulator, MerR family  21.8 
 
 
291 aa  57  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000260127  hitchhiker  0.0000000000000558476 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5308  putative transcriptional regulator  28.3 
 
 
299 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5846  MerR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
323 aa  57  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1122  transcriptional regulator, MerR family  25.69 
 
 
302 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0810  MerR family transcriptional regulator  34.85 
 
 
310 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.826651  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0064  MerR family transcriptional regulator  37.31 
 
 
242 aa  56.2  0.0000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1411  MerR family transcriptional regulator  22.41 
 
 
291 aa  55.1  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000846806  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1544  transcriptional regulator, MerR family  21.35 
 
 
291 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00914127  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0822  transcriptional regulator, MerR family  21.92 
 
 
327 aa  55.5  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.528612  normal  0.372171 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0978  response regulator receiver protein  30.4 
 
 
280 aa  55.5  0.000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.144383 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1180  transcriptional regulator, MerR family  39.39 
 
 
242 aa  55.1  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2740  MerR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
295 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4486  transcriptional regulator, MerR family  29.76 
 
 
321 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.892291  hitchhiker  0.0000100174 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4622  MerR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
137 aa  54.3  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.206932  normal  0.899334 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1996  MerR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
141 aa  54.7  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000181748  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2355  MerR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
327 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.278081  normal  0.108483 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4353  transcriptional regulator, MerR family  29.76 
 
 
321 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.651332  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3013  MerR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
295 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4449  MerR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
293 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05121  hypothetical protein  43.14 
 
 
267 aa  53.9  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0962  regulatory protein, MerR  24.77 
 
 
300 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1467  cobalamin B12-binding  28.57 
 
 
364 aa  53.5  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.225745  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1868  transcriptional regulator, MerR family  36.76 
 
 
247 aa  53.1  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001251  transcriptional regulator MerR family  29.32 
 
 
267 aa  52.8  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0781  MerR family transcriptional regulator  35.82 
 
 
299 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.818873  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6401  DNA binding domain protein, excisionase family  22.78 
 
 
279 aa  52.4  0.000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.566174  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0740  MerR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
299 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35010  predicted cobalamin binding protein  27.55 
 
 
363 aa  51.6  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.77206  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3324  cobalamin B12-binding protein  28.47 
 
 
360 aa  51.6  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3386  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.47 
 
 
360 aa  51.6  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0329482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3335  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.47 
 
 
360 aa  51.6  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.646328  normal  0.186158 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1397  putative transcriptional regulator, MerR family  34.85 
 
 
319 aa  52  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0768  MerR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
299 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.819465  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1155  MerR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
317 aa  51.6  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0511253  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  25.15 
 
 
372 aa  50.8  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4735  MerR family transcriptional regulator  34.85 
 
 
313 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.736808  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1030  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.13 
 
 
358 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0081  MerR family transcriptional regulator  20.99 
 
 
265 aa  50.4  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00994643  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3741  transcriptional regulator, MerR family  28.57 
 
 
112 aa  50.1  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.274926  normal  0.767741 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1577  transcriptional regulator, MerR family  31.82 
 
 
343 aa  50.1  0.00004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1215  transcriptional regulator, MerR family  37.31 
 
 
101 aa  50.1  0.00005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>