65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1042 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_1042  DNA binding domain protein, excisionase family  100 
 
 
82 aa  168  2e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0693  DNA binding domain protein, excisionase family  67.92 
 
 
79 aa  84.3  5e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0633565  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5016  DNA binding domain protein, excisionase family  71.15 
 
 
64 aa  80.5  0.000000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0931  DNA binding domain protein, excisionase family  68.63 
 
 
68 aa  79.3  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2699  excisionase/Xis, DNA-binding  67.31 
 
 
67 aa  78.2  0.00000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0258  DNA binding domain-containing protein  72.92 
 
 
74 aa  77.4  0.00000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.453374  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6709  DNA binding domain protein, excisionase family  69.39 
 
 
72 aa  77.4  0.00000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0819  DNA binding domain-containing protein, excisionase family  62.96 
 
 
65 aa  77  0.00000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4424  DNA binding domain protein, excisionase family  65.38 
 
 
68 aa  76.3  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03000  DNA-binding protein, excisionase family  72.34 
 
 
69 aa  76.3  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.17033  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0579  hypothetical protein  64.15 
 
 
79 aa  76.6  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4091  DNA binding domain-containing protein  70.83 
 
 
90 aa  76.6  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.446784 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0276  excisionase family DNA binding domain-containing protein  65.38 
 
 
73 aa  76.6  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.42155  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4511  DNA binding domain-containing protein  70.83 
 
 
88 aa  76.3  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.812065  hitchhiker  0.00570166 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0301  DNA binding domain protein, excisionase family  63.46 
 
 
67 aa  72.8  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2905  DNA binding domain protein, excisionase family  66.67 
 
 
71 aa  71.2  0.000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.616527  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0170  DNA binding domain-containing protein  66.67 
 
 
69 aa  70.9  0.000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.996607  hitchhiker  0.0018108 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0161  DNA binding domain-containing protein  66.67 
 
 
69 aa  70.9  0.000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.177228  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3086  DNA binding domain protein, excisionase family  63.46 
 
 
69 aa  70.9  0.000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5979  DNA binding domain-containing protein, excisionase family  60.78 
 
 
75 aa  70.1  0.000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.553184 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7205  DNA binding domain-containing protein  61.54 
 
 
68 aa  69.7  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0300475  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0294  DNA binding domain protein, excisionase family  68.09 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4391  DNA binding domain protein, excisionase family  68.09 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2751  excisionase/Xis, DNA-binding  68.09 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0704152  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0099  excisionase/Xis, DNA-binding  61.54 
 
 
68 aa  69.7  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.51311 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8997  hypothetical protein  68.09 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.944138  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3348  excisionase family DNA binding domain-containing protein  68.09 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.401166 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2068  DNA binding domain-containing protein  61.54 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34060  DNA-binding protein, excisionase family  65.96 
 
 
76 aa  69.3  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.910239  normal  0.267084 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2349  DNA binding domain protein, excisionase family  62.5 
 
 
79 aa  67.8  0.00000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4385  DNA binding domain-containing protein  60.78 
 
 
83 aa  67  0.00000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08990  DNA-binding protein, excisionase family  59.57 
 
 
72 aa  66.6  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.269526  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2000  DNA binding domain protein, excisionase family  61.7 
 
 
212 aa  65.1  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.27976  normal  0.357405 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2159  DNA binding domain protein, excisionase family  60.42 
 
 
72 aa  64.7  0.0000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9401  hypothetical protein  51.85 
 
 
74 aa  58.2  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4926  merR family DNA-binding response regulator  40.74 
 
 
192 aa  53.1  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2771  hypothetical protein  37.5 
 
 
70 aa  52.8  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.604646  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5448  hypothetical protein  37.5 
 
 
71 aa  52.4  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.289379  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1644  regulatory protein MerR  60 
 
 
41 aa  51.6  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.356829  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1270  Resolvase domain protein  47.37 
 
 
195 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1872  hypothetical protein  35.94 
 
 
75 aa  51.6  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4676  DNA binding domain protein, excisionase family  48.98 
 
 
80 aa  51.2  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.272297  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2583  hypothetical protein  35.94 
 
 
70 aa  50.8  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.011334 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1649  hypothetical protein  35.94 
 
 
71 aa  50.8  0.000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0606557  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6401  DNA binding domain protein, excisionase family  41.51 
 
 
279 aa  50.1  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.566174  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1619  DNA-binding response regulator  43.4 
 
 
185 aa  48.5  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.208637  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1504  DNA binding domain protein, excisionase family  42.55 
 
 
77 aa  47.8  0.00005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1537  response regulator receiver protein  46.15 
 
 
272 aa  47.4  0.00006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1349  excisionase family DNA-binding protein  48 
 
 
72 aa  46.6  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000764481  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03493  response regulator  46.15 
 
 
186 aa  46.2  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3366  DNA binding domain protein, excisionase family  47.62 
 
 
71 aa  46.6  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1131  DNA-binding protein, excisionase family  48 
 
 
70 aa  46.2  0.0001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0470185  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1161  MerR family transcriptional regulator  48 
 
 
74 aa  46.2  0.0002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.137499  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1435  transcriptional regulator, MerR family  43.48 
 
 
132 aa  45.8  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0777608  normal  0.768186 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1070  resolvase domain-containing protein  34.04 
 
 
197 aa  44.7  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.709621  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3893  DNA binding domain protein, excisionase family  42.5 
 
 
203 aa  43.9  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3943  DNA binding domain protein, excisionase family  42.5 
 
 
203 aa  43.9  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000130893  normal  0.0337021 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0517  DNA binding domain protein, excisionase family  40 
 
 
207 aa  43.5  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0785  Resolvase domain protein  31.91 
 
 
202 aa  42.7  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00525149  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1602  DNA binding domain protein, excisionase family  36 
 
 
295 aa  42.4  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.200885  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1938  excisionase family DNA-binding response regulator  39.22 
 
 
190 aa  42.7  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.440271  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0727  transposon resolvase  41.03 
 
 
87 aa  42  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2935  Resolvase domain protein  38 
 
 
206 aa  41.2  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1220  DNA binding domain protein, excisionase family  44.74 
 
 
201 aa  41.2  0.005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1000  Resolvase domain protein  38 
 
 
206 aa  41.2  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0589477 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>