190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0733 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0733  response regulator receiver protein  100 
 
 		 215 aa  419  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5042  excisionase/Xis, DNA-binding  38.17 
 
 		 198 aa  122  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0562  excisionase/Xis, DNA-binding  38.74 
 
 		 195 aa  116  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2708  response regulator receiver protein  33.5 
 
 		 204 aa  104  9e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.18523  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4196  response regulator receiver domain-containing protein  32.95 
 
 		 215 aa  82  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0451  response regulator receiver protein  30.57 
 
 		 213 aa  77.4  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1874  response regulator receiver protein  31.87 
 
 		 212 aa  77  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1282  response regulator receiver domain-containing protein  40 
 
 		 164 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.546653  hitchhiker  0.0000171742 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2239  response regulator receiver protein  32.2 
 
 		 209 aa  74.3  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00314839  hitchhiker  0.0000034786 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1619  DNA-binding response regulator  29.23 
 
 		 185 aa  68.2  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.208637  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1938  excisionase family DNA-binding response regulator  27.16 
 
 		 190 aa  66.6  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.440271  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2544  DNA binding domain protein, excisionase family  26.11 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0361834  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6401  DNA binding domain protein, excisionase family  53.06 
 
 		 279 aa  53.5  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.566174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0839  DNA binding domain-containing protein  31.76 
 
 		 231 aa  53.9  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2479  putative GAF sensor protein  31.71 
 
 		 363 aa  53.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.376583 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3005  response regulator receiver  34.4 
 
 		 361 aa  52  0.000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03493  response regulator  28.3 
 
 		 186 aa  51.6  0.000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20770  DNA-binding protein, excisionase family  51.52 
 
 		 170 aa  50.1  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3574  response regulator receiver domain-containing protein  54.72 
 
 		 207 aa  50.1  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3714  response regulator receiver protein  54.72 
 
 		 207 aa  50.1  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3640  response regulator receiver protein  54.72 
 
 		 207 aa  50.1  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.196846  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1537  response regulator receiver protein  27.22 
 
 		 272 aa  48.9  0.00006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1860  two component LuxR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 235 aa  48.5  0.00007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1220  DNA binding domain protein, excisionase family  26.32 
 
 		 201 aa  48.5  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3695  DNA binding domain-containing protein  48.21 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4926  merR family DNA-binding response regulator  27.94 
 
 		 192 aa  47  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1219  DNA binding domain protein, excisionase family  44.68 
 
 		 201 aa  47  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1352  response regulator receiver protein  36.07 
 
 		 410 aa  47.4  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2749  response regulator receiver domain-containing protein  28.24 
 
 		 436 aa  47  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2670  excisionase/Xis, DNA-binding  50 
 
 		 219 aa  46.6  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0587  excisionase/Xis, DNA-binding  49.23 
 
 		 199 aa  46.6  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0135  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.05 
 
 		 858 aa  46.2  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.711395  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4091  DNA binding domain-containing protein  42.42 
 
 		 90 aa  46.6  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.446784 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2180  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.23 
 
 		 922 aa  46.6  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.238731  normal  0.0123004 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0360  response regulator receiver protein  35.44 
 
 		 204 aa  45.8  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000726536 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0378  response regulator receiver protein  34.18 
 
 		 204 aa  45.8  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3943  DNA binding domain protein, excisionase family  47.73 
 
 		 203 aa  46.2  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000130893  normal  0.0337021 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3893  DNA binding domain protein, excisionase family  47.73 
 
 		 203 aa  46.2  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0161  DNA binding domain-containing protein  52.94 
 
 		 69 aa  46.2  0.0004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.177228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0204  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.71 
 
 		 687 aa  46.2  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.478023 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1745  DNA binding domain-containing protein  29.33 
 
 		 205 aa  46.2  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0170  DNA binding domain-containing protein  52.94 
 
 		 69 aa  46.2  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.996607  hitchhiker  0.0018108 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4908  response regulator receiver protein  31.43 
 
 		 130 aa  46.2  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00100675  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0765  response regulator receiver protein  31.96 
 
 		 125 aa  45.8  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.626658 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0750  response regulator receiver protein  31.96 
 
 		 125 aa  45.8  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4511  DNA binding domain-containing protein  46.55 
 
 		 88 aa  45.8  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.812065  hitchhiker  0.00570166 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4135  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  47.17 
 
 		 922 aa  45.4  0.0006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000000370631  normal  0.0140414 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2540  response regulator  18.75 
 
 		 192 aa  45.4  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 		 265 aa  45.4  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1911  DNA binding domain-containing protein  30.72 
 
 		 216 aa  45.4  0.0007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2000  DNA binding domain protein, excisionase family  50 
 
 		 212 aa  45.4  0.0007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.27976  normal  0.357405 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1174  DNA binding domain protein, excisionase family  30.38 
 
 		 219 aa  45.4  0.0007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.122691  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.72 
 
 		 664 aa  45.1  0.0007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1808  DNA binding domain protein, excisionase family  31.17 
 
 		 219 aa  45.1  0.0008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0047  DNA binding domain, excisionase family  51.85 
 
 		 136 aa  45.1  0.0009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.509276  normal  0.343664 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1791  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.5 
 
 		 240 aa  44.3  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000442123 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0819  DNA binding domain-containing protein, excisionase family  50.98 
 
 		 65 aa  44.7  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3975  Cache sensor hybrid histidine kinase  30.59 
 
 		 811 aa  44.7  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000222358  hitchhiker  0.00723661 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1527  response regulator receiver protein, CheY  34.55 
 
 		 124 aa  44.3  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.439374 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2349  DNA binding domain protein, excisionase family  43.64 
 
 		 79 aa  44.7  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1475  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  37.88 
 
 		 311 aa  45.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2666  two component transcriptional regulator, AraC family  29.1 
 
 		 251 aa  44.7  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.21287  normal  0.224489 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  32.11 
 
 		 402 aa  44.7  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1702  response regulator receiver protein  32.43 
 
 		 145 aa  44.3  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0751  Resolvase domain protein  38 
 
 		 209 aa  44.7  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1827  response regulator receiver protein  36.08 
 
 		 130 aa  44.3  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.32093  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  40 
 
 		 795 aa  44.3  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2781  Resolvase domain protein  38 
 
 		 222 aa  44.7  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.912906 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0587  ATP-binding region ATPase domain protein  24.53 
 
 		 1161 aa  44.3  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6015  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  35.37 
 
 		 333 aa  44.7  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1502  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  37.88 
 
 		 311 aa  45.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1838  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.89 
 
 		 231 aa  44.3  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1409  two component signal transduction response regulator  26.19 
 
 		 123 aa  43.9  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000120114  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45485  ethylene receptor 1  26.39 
 
 		 833 aa  43.9  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.454805  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1812  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.89 
 
 		 231 aa  44.3  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0851  regulatory protein MerR  45.24 
 
 		 222 aa  43.5  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1530  CheA signal transduction histidine kinases  24.3 
 
 		 803 aa  43.9  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3248  two component transcriptional regulator  34.18 
 
 		 232 aa  43.9  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1548  molybdenum-pterin binding protein  48.94 
 
 		 137 aa  43.5  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207471  normal  0.138773 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1312  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.18 
 
 		 232 aa  43.9  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.1865 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4627  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.04 
 
 		 226 aa  43.9  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3143  response regulator receiver protein  27.38 
 
 		 124 aa  43.9  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0332  chemotaxis protein CheA  28.3 
 
 		 769 aa  43.1  0.003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0931  DNA binding domain protein, excisionase family  51.06 
 
 		 68 aa  43.1  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5611  two component transcriptional regulator  36.51 
 
 		 232 aa  43.1  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0731674  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2308  response regulator receiver protein  29.76 
 
 		 123 aa  43.5  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6406  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.72 
 
 		 528 aa  43.1  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0853653  normal  0.114934 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1672  two component transcriptional regulator  36.51 
 
 		 232 aa  43.1  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.193412  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.72 
 
 		 528 aa  43.1  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.568926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2284  two component transcriptional regulator  36.51 
 
 		 232 aa  43.1  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.21195  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2307  two component transcriptional regulator  36.51 
 
 		 232 aa  43.1  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1241  Resolvase domain protein  38 
 
 		 222 aa  43.1  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0456632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0310  chemotaxis protein CheA  28.3 
 
 		 769 aa  43.1  0.003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.560249  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2124  response regulator receiver protein  34.29 
 
 		 122 aa  43.1  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.453448  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3077  two component transcriptional regulator  34.92 
 
 		 227 aa  43.5  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0535977  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1687  chemotaxis protein CheA  28.3 
 
 		 769 aa  43.1  0.003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4917  MerR family transcriptional regulator  58.14 
 
 		 186 aa  43.1  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  27.33 
 
 		 1378 aa  43.1  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.32 
 
 		 688 aa  43.1  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1602  DNA binding domain protein, excisionase family  44.23 
 
 		 295 aa  43.1  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.200885  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>