233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4299 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4299  regulatory protein MerR  100 
 
 		 337 aa  678    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0130356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2972  MerR family transcriptional regulator  68.2 
 
 		 316 aa  417  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0234999  normal  0.559596 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2399  transcriptional regulator, MerR family  68.52 
 
 		 316 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6238  regulatory protein, MerR  65.22 
 
 		 324 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.316883  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1448  MerR family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 319 aa  304  1.0000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0238  hypothetical protein  48.11 
 
 		 320 aa  273  3e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0460  MerR family transcriptional regulator  46.25 
 
 		 319 aa  253  4.0000000000000004e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0487  regulatory protein, MerR  46.96 
 
 		 301 aa  245  6.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1049  transcriptional regulator, MerR family  43.77 
 
 		 304 aa  228  8e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.362937  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1384  transcriptional regulator, MerR family  36.69 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000396773  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  29.35 
 
 		 315 aa  106  7e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2776  transcriptional regulator  27.12 
 
 		 290 aa  102  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.379235  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  28.91 
 
 		 319 aa  97.4  3e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1107  MerR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 315 aa  96.7  5e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  28.91 
 
 		 319 aa  95.9  9e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  30.54 
 
 		 293 aa  93.2  6e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2702  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27 
 
 		 305 aa  92  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2032  MerR family transcriptional regulator  22.79 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.662057  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2213  transcriptional regulator, MerR family  29.35 
 
 		 322 aa  83.6  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.68316  normal  0.172033 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3717  regulatory protein MerR  23.13 
 
 		 315 aa  83.6  0.000000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2029  transcriptional regulator, MerR family  26.97 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1060  MerR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.497246 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0370  regulatory protein MerR  32.27 
 
 		 304 aa  79  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3757  MerR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 333 aa  78.6  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00211459  hitchhiker  0.00419816 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00910  transcriptional regulator, MerR family protein  23.36 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.307342  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3271  MerR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 335 aa  78.2  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.107511  normal  0.193811 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5173  transcriptional regulator, MerR family  21.98 
 
 		 291 aa  73.9  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2028  transcriptional regulator, MerR family  25.51 
 
 		 318 aa  69.3  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000332734  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61620  MerR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.076426 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3692  MerR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 290 aa  67  0.0000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5621  transcriptional regulator, MerR family  21.43 
 
 		 294 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.695249 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  26.95 
 
 		 372 aa  62.4  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3258  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.53 
 
 		 370 aa  61.2  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0056  MerR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0466  MerR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 305 aa  59.7  0.00000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.935291  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1122  transcriptional regulator, MerR family  39.47 
 
 		 302 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0962  regulatory protein, MerR  38.96 
 
 		 300 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0914  MerR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 298 aa  59.3  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.976142  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5308  putative transcriptional regulator  40.43 
 
 		 299 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0822  transcriptional regulator, MerR family  35.78 
 
 		 327 aa  57  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.528612  normal  0.372171 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2587  transcriptional regulator, MerR family  35.23 
 
 		 354 aa  56.2  0.0000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.366635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2292  methionine synthase  27.64 
 
 		 1157 aa  55.5  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0622799  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4396  transcriptional regulator, MerR family  42.65 
 
 		 342 aa  55.1  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3385  MerR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 345 aa  55.1  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4735  MerR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 313 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.736808  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2639  cobalamin B12-binding  27.61 
 
 		 222 aa  55.1  0.000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1155  MerR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 317 aa  54.7  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0511253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0673  cobalamin B12-binding domain protein  25.85 
 
 		 349 aa  55.1  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.846284 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6541  transcriptional regulator, MerR family  27.31 
 
 		 309 aa  53.9  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0915123  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1825  methionine synthase (B12-dependent)  28.28 
 
 		 1158 aa  53.5  0.000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4228  putative sensor protein  47.46 
 
 		 282 aa  53.5  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0809123  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0978  response regulator receiver protein  20.67 
 
 		 280 aa  53.5  0.000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.144383 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0740  MerR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 299 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2732  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  27.48 
 
 		 1239 aa  52  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0346659  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2464  B12-dependent methionine synthase  28.24 
 
 		 1239 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.782684  normal  0.0191622 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0686  transcriptional regulator, MerR family  40.58 
 
 		 363 aa  52  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.162378  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0781  MerR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 299 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.818873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0768  MerR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 299 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.819465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0234  B12-dependent methionine synthase  32.53 
 
 		 1237 aa  51.2  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.545849  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1549  methionine synthase  23.19 
 
 		 1156 aa  51.2  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.217391 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4449  MerR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 293 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1758  MerR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 245 aa  50.8  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000235386 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1982  B12-dependent methionine synthase  26.7 
 
 		 1235 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0368395  normal  0.238169 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29240  B12-dependent methionine synthase  31.71 
 
 		 1278 aa  50.8  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1397  putative transcriptional regulator, MerR family  41.38 
 
 		 319 aa  50.4  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0894  MerR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 319 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2715  MerR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 326 aa  50.4  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4491  MerR family transcriptional regulator  25 
 
 		 311 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.51698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0747  MerR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 141 aa  50.1  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3107  B12-dependent methionine synthase  24.73 
 
 		 1236 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1467  cobalamin B12-binding  27.43 
 
 		 364 aa  50.4  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.225745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4834  transcriptional regulator, MerR family  39.39 
 
 		 144 aa  49.7  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.300455  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1817  transcriptional regulator, MerR family  29.82 
 
 		 287 aa  49.3  0.00008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3758  MerR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 349 aa  49.3  0.00009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.312823 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2740  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 295 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2355  MerR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 327 aa  48.5  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.278081  normal  0.108483 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2211  methionine synthase  25.95 
 
 		 1178 aa  48.9  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1602  DNA binding domain protein, excisionase family  28.68 
 
 		 295 aa  49.3  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.200885  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4486  transcriptional regulator, MerR family  32.81 
 
 		 321 aa  48.9  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.892291  hitchhiker  0.0000100174 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4353  transcriptional regulator, MerR family  32.81 
 
 		 321 aa  48.9  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.651332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1888  B12-dependent methionine synthase  26.94 
 
 		 1235 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3013  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 295 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01137  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.19 
 
 		 243 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2485  transcriptional regulator, MerR family  27.19 
 
 		 243 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4630  MerR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 303 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01145  hypothetical protein  27.19 
 
 		 243 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2464  MerR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 243 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3169  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 315 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0340158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0363  B12-dependent methionine synthase  31.51 
 
 		 1261 aa  48.1  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4437  regulatory protein, MerR  26.6 
 
 		 314 aa  48.1  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.889782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3286  MerR family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 321 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1258  transcriptional regulator mlrA  27.19 
 
 		 243 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00289591  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1987  transcriptional regulator mlrA  27.19 
 
 		 243 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0738  putative transcriptional regulator, MerR family  39.39 
 
 		 356 aa  48.1  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.878352  normal  0.260492 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0108  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.79 
 
 		 356 aa  48.5  0.0002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1317  transcriptional regulator mlrA  27.19 
 
 		 243 aa  48.1  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2375  B12-dependent methionine synthase  31.71 
 
 		 1235 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4615  MerR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 311 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1577  transcriptional regulator, MerR family  41.38 
 
 		 343 aa  47.8  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>