273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4630 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4630  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 
303 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4491  MerR family transcriptional regulator  94.72 
 
 
311 aa  577  1e-164  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.51698  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4615  MerR family transcriptional regulator  85.15 
 
 
311 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0810  MerR family transcriptional regulator  71.52 
 
 
310 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.826651  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3286  MerR family transcriptional regulator  55.84 
 
 
321 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0894  MerR family transcriptional regulator  54.61 
 
 
319 aa  332  5e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2740  MerR family transcriptional regulator  41.39 
 
 
295 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3013  MerR family transcriptional regulator  41.06 
 
 
295 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3169  MerR family transcriptional regulator  42.21 
 
 
315 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0340158  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0466  MerR family transcriptional regulator  38.23 
 
 
305 aa  142  6e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.935291  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1072  MerR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
320 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.653703 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61620  MerR family transcriptional regulator  35.85 
 
 
299 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.076426 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5308  putative transcriptional regulator  37.59 
 
 
299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2255  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0803543  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41410  transcriptional regulatory protein, MerR-family  36.67 
 
 
314 aa  118  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0962  regulatory protein, MerR  32.2 
 
 
300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0914  MerR family transcriptional regulator  32.22 
 
 
298 aa  112  6e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.976142  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1122  transcriptional regulator, MerR family  32.95 
 
 
302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1155  MerR family transcriptional regulator  42.19 
 
 
317 aa  109  6e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0511253  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4735  MerR family transcriptional regulator  35.91 
 
 
313 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.736808  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3385  MerR family transcriptional regulator  33.87 
 
 
345 aa  103  3e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1165  MerR family transcriptional regulator  44.63 
 
 
352 aa  102  8e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0822  transcriptional regulator, MerR family  36.78 
 
 
327 aa  102  9e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.528612  normal  0.372171 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05121  hypothetical protein  59.21 
 
 
267 aa  102  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2126  MerR family transcriptional regulator  43.36 
 
 
282 aa  101  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2715  MerR family transcriptional regulator  32.86 
 
 
326 aa  101  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1164  MerR family transcriptional regulator  43.8 
 
 
361 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1397  putative transcriptional regulator, MerR family  31.35 
 
 
319 aa  98.2  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1235  MerR family transcriptional regulator  43.55 
 
 
366 aa  97.8  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3069  MerR family transcriptional regulator  35.51 
 
 
337 aa  96.7  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1577  transcriptional regulator, MerR family  50.56 
 
 
343 aa  96.7  4e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3212  MerR family transcriptional regulator  43.18 
 
 
335 aa  95.5  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.645977  normal  0.909294 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  31.78 
 
 
293 aa  95.5  1e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3055  MerR family transcriptional regulator  46.61 
 
 
342 aa  95.5  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1308  transcriptional regulator, MerR family  43.18 
 
 
342 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2507  MerR family transcriptional regulator  39.44 
 
 
243 aa  92.8  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001251  transcriptional regulator MerR family  52.05 
 
 
267 aa  92  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0781  MerR family transcriptional regulator  51.28 
 
 
299 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.818873  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0081  MerR family transcriptional regulator  58.21 
 
 
265 aa  90.9  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00994643  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  27.86 
 
 
315 aa  90.5  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0740  MerR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
299 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
293 aa  89.7  5e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02056  DNA-binding transcriptional regulator  43.93 
 
 
243 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0768  MerR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
299 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.819465  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02014  hypothetical protein  43.93 
 
 
243 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1531  transcriptional regulator, MerR family  43.93 
 
 
243 aa  89.4  8e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.896472  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2415  transcriptional regulator MlrA  43.93 
 
 
243 aa  89.4  8e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1520  MerR family transcriptional regulator  43.93 
 
 
243 aa  89.4  8e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0917  transcriptional regulator MlrA  43.93 
 
 
243 aa  89.4  8e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.773319 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2399  transcriptional regulator, MerR family protein  40.3 
 
 
243 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2350  MerR family transcriptional regulator  40.3 
 
 
243 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749654  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2306  transcriptional regulator, MerR family protein  40.3 
 
 
243 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2395  MerR family transcriptional regulator  40.3 
 
 
243 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  30.68 
 
 
319 aa  87.8  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0064  MerR family transcriptional regulator  54.17 
 
 
242 aa  87.4  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2725  MerR family transcriptional regulator  54.79 
 
 
243 aa  87.8  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4449  MerR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
293 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1212  MerR family transcriptional regulator  24.23 
 
 
302 aa  87  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000132783  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  29.41 
 
 
319 aa  86.7  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1180  transcriptional regulator, MerR family  53.62 
 
 
242 aa  86.3  6e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2702  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28 
 
 
305 aa  84.7  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1503  MerR family transcriptional regulator  55.07 
 
 
242 aa  83.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000104173 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1525  MerR family transcriptional regulator  55.07 
 
 
242 aa  83.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175945 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1488  transcriptional regulator, MerR family protein  55.07 
 
 
242 aa  83.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.372841  normal  0.479872 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1781  transcriptional regulator, MerR family protein  55.07 
 
 
242 aa  83.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.329966  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0010  transcriptional regulator, MerR family protein  45.83 
 
 
241 aa  79  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.904582  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5621  transcriptional regulator, MerR family  26.18 
 
 
294 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.695249 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1868  transcriptional regulator, MerR family  49.25 
 
 
247 aa  77.4  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00910  transcriptional regulator, MerR family protein  22.87 
 
 
297 aa  77  0.0000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.307342  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01137  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.38 
 
 
243 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2485  transcriptional regulator, MerR family  29.38 
 
 
243 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1258  transcriptional regulator mlrA  29.38 
 
 
243 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00289591  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1317  transcriptional regulator mlrA  29.38 
 
 
243 aa  75.1  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01145  hypothetical protein  29.38 
 
 
243 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1301  transcriptional regulator mlrA-like protein  29.38 
 
 
243 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2464  MerR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
243 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1987  transcriptional regulator mlrA  29.38 
 
 
243 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3271  MerR family transcriptional regulator  29.88 
 
 
335 aa  73.6  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.107511  normal  0.193811 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5173  transcriptional regulator, MerR family  24.15 
 
 
291 aa  73.6  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1060  MerR family transcriptional regulator  26.81 
 
 
300 aa  72  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.497246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2032  MerR family transcriptional regulator  23.98 
 
 
295 aa  72.4  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.662057  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3692  MerR family transcriptional regulator  25 
 
 
290 aa  72  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0056  MerR family transcriptional regulator  20.47 
 
 
299 aa  71.6  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2029  transcriptional regulator, MerR family  21.52 
 
 
298 aa  69.7  0.00000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1758  MerR family transcriptional regulator  29.92 
 
 
245 aa  68.9  0.00000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000235386 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3717  regulatory protein MerR  25 
 
 
315 aa  68.2  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3757  MerR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
333 aa  68.9  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00211459  hitchhiker  0.00419816 
 
 
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NC_007298  Daro_0487  regulatory protein, MerR  26.77 
 
 
301 aa  66.6  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1411  MerR family transcriptional regulator  25 
 
 
291 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000846806  n/a   
 
 
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NC_007336  Reut_C6238  regulatory protein, MerR  27.72 
 
 
324 aa  66.2  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.316883  n/a   
 
 
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NC_011772  BCG9842_B3801  transcriptional regulator, MerR family  26.81 
 
 
291 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000260127  hitchhiker  0.0000000000000558476 
 
 
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NC_005945  BAS1399  MerR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
292 aa  63.5  0.000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.147582  n/a   
 
 
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NC_005957  BT9727_1371  MerR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
292 aa  63.5  0.000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000540169  n/a   
 
 
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NC_006274  BCZK1370  MerR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
291 aa  63.5  0.000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000206673  n/a   
 
 
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NC_007530  GBAA_1509  MerR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
291 aa  63.5  0.000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000195029  n/a   
 
 
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NC_011773  BCAH820_1583  transcriptional regulator, MerR family  32.37 
 
 
291 aa  63.5  0.000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.53357e-31 
 
 
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NC_011658  BCAH187_A1650  transcriptional regulator, MerR family  32.37 
 
 
291 aa  63.2  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000245022  n/a   
 
 
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NC_003909  BCE_1614  MerR family transcriptional regulator  29.46 
 
 
169 aa  63.2  0.000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000141352  n/a   
 
 
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NC_010622  Bphy_2355  MerR family transcriptional regulator  36.71 
 
 
327 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.278081  normal  0.108483 
 
 
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NC_010644  Emin_0887  MerR family transcriptional regulator  43.55 
 
 
112 aa  61.6  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0416797  hitchhiker  0.00000266118 
 
 
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