More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4615 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4615  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4491  MerR family transcriptional regulator  85.85 
 
 		 311 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.51698  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4630  MerR family transcriptional regulator  85.15 
 
 		 303 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0810  MerR family transcriptional regulator  71.38 
 
 		 310 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.826651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3286  MerR family transcriptional regulator  57.37 
 
 		 321 aa  358  9e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0894  MerR family transcriptional regulator  55.59 
 
 		 319 aa  341  8e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2740  MerR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3013  MerR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 295 aa  178  8e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3169  MerR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 315 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0340158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0466  MerR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.935291  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1072  MerR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.653703 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61620  MerR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 299 aa  145  9e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.076426 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5308  putative transcriptional regulator  36.88 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2255  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0803543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0962  regulatory protein, MerR  34.19 
 
 		 300 aa  126  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1122  transcriptional regulator, MerR family  34.44 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41410  transcriptional regulatory protein, MerR-family  37.08 
 
 		 314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1155  MerR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 317 aa  115  6.9999999999999995e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0511253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4735  MerR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 313 aa  114  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.736808  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1397  putative transcriptional regulator, MerR family  31.91 
 
 		 319 aa  109  7.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0914  MerR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.976142  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3385  MerR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 345 aa  104  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0822  transcriptional regulator, MerR family  37.43 
 
 		 327 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.528612  normal  0.372171 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05121  hypothetical protein  39.26 
 
 		 267 aa  100  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2126  MerR family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 282 aa  99.8  5e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4449  MerR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 293 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2715  MerR family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 326 aa  97.8  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1165  MerR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 352 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  27.74 
 
 		 315 aa  97.8  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1577  transcriptional regulator, MerR family  48.94 
 
 		 343 aa  96.3  5e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1235  MerR family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 366 aa  95.9  7e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1164  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 361 aa  95.9  9e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0081  MerR family transcriptional regulator  55.71 
 
 		 265 aa  95.1  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00994643  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1308  transcriptional regulator, MerR family  38.76 
 
 		 342 aa  94  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3212  MerR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 335 aa  93.2  5e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.645977  normal  0.909294 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3055  MerR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 342 aa  92.8  6e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3069  MerR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 337 aa  92.8  7e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001251  transcriptional regulator MerR family  50 
 
 		 267 aa  92.4  8e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0768  MerR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 299 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.819465  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0740  MerR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 299 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  28.98 
 
 		 319 aa  92  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2725  MerR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 243 aa  90.9  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 293 aa  90.9  3e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0781  MerR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 299 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.818873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2507  MerR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 243 aa  89.7  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0064  MerR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 242 aa  88.6  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  28.93 
 
 		 293 aa  87.8  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1180  transcriptional regulator, MerR family  53.62 
 
 		 242 aa  87.8  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02056  DNA-binding transcriptional regulator  56.52 
 
 		 243 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1531  transcriptional regulator, MerR family  43.27 
 
 		 243 aa  87  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.896472  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0917  transcriptional regulator MlrA  56.52 
 
 		 243 aa  87  4e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.773319 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2415  transcriptional regulator MlrA  43.27 
 
 		 243 aa  87  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02014  hypothetical protein  56.52 
 
 		 243 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1520  MerR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 243 aa  87  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2399  transcriptional regulator, MerR family protein  56.52 
 
 		 243 aa  86.3  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2306  transcriptional regulator, MerR family protein  56.52 
 
 		 243 aa  86.3  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2395  MerR family transcriptional regulator  56.52 
 
 		 243 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2350  MerR family transcriptional regulator  56.52 
 
 		 243 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1525  MerR family transcriptional regulator  55.07 
 
 		 242 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175945 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1488  transcriptional regulator, MerR family protein  55.07 
 
 		 242 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.372841  normal  0.479872 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1781  transcriptional regulator, MerR family protein  55.07 
 
 		 242 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.329966  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1503  MerR family transcriptional regulator  55.07 
 
 		 242 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000104173 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  26.94 
 
 		 319 aa  84  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1212  MerR family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000132783  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3692  MerR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 290 aa  82.8  0.000000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1868  transcriptional regulator, MerR family  52.24 
 
 		 247 aa  79.3  0.00000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0010  transcriptional regulator, MerR family protein  47.83 
 
 		 241 aa  79.3  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.904582  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01137  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.07 
 
 		 243 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2485  transcriptional regulator, MerR family  33.07 
 
 		 243 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1987  transcriptional regulator mlrA  33.07 
 
 		 243 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1317  transcriptional regulator mlrA  33.07 
 
 		 243 aa  78.6  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01145  hypothetical protein  33.07 
 
 		 243 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3271  MerR family transcriptional regulator  30 
 
 		 335 aa  78.6  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.107511  normal  0.193811 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2702  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.08 
 
 		 305 aa  79  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2464  MerR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 243 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1301  transcriptional regulator mlrA-like protein  33.07 
 
 		 243 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1258  transcriptional regulator mlrA  33.07 
 
 		 243 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00289591  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3757  MerR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 333 aa  74.7  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00211459  hitchhiker  0.00419816 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5173  transcriptional regulator, MerR family  24.15 
 
 		 291 aa  72.8  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00910  transcriptional regulator, MerR family protein  22.12 
 
 		 297 aa  72  0.00000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.307342  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2029  transcriptional regulator, MerR family  22.78 
 
 		 298 aa  72.4  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5621  transcriptional regulator, MerR family  23.5 
 
 		 294 aa  72.4  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.695249 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1373  transcriptional regulator, MerR family  32.43 
 
 		 291 aa  70.9  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2032  MerR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 295 aa  70.1  0.00000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.662057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1060  MerR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.497246 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1758  MerR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 245 aa  69.3  0.00000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000235386 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3717  regulatory protein MerR  23.9 
 
 		 315 aa  68.9  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6238  regulatory protein, MerR  27.3 
 
 		 324 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.316883  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0056  MerR family transcriptional regulator  19.75 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2355  MerR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 327 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.278081  normal  0.108483 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1411  MerR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000846806  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0487  regulatory protein, MerR  27.73 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0887  MerR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 112 aa  63.9  0.000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0416797  hitchhiker  0.00000266118 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2776  transcriptional regulator  26.67 
 
 		 290 aa  64.3  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.379235  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1384  transcriptional regulator, MerR family  26.42 
 
 		 298 aa  61.6  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000396773  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3801  transcriptional regulator, MerR family  49.15 
 
 		 291 aa  60.5  0.00000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000260127  hitchhiker  0.0000000000000558476 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1399  MerR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.147582  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1650  transcriptional regulator, MerR family  49.15 
 
 		 291 aa  60.1  0.00000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000245022  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1371  MerR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000540169  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1509  MerR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 291 aa  60.1  0.00000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000195029  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>