152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2029 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_2029  transcriptional regulator, MerR family  100 
 
 
298 aa  612  9.999999999999999e-175  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2032  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
295 aa  248  1e-64  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.662057  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5173  transcriptional regulator, MerR family  39.58 
 
 
291 aa  204  2e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1060  MerR family transcriptional regulator  38.81 
 
 
300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.497246 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3717  regulatory protein MerR  34.1 
 
 
315 aa  176  6e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5621  transcriptional regulator, MerR family  36.4 
 
 
294 aa  170  3e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.695249 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00910  transcriptional regulator, MerR family protein  35 
 
 
297 aa  151  2e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.307342  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0056  MerR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
299 aa  132  6e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  24.67 
 
 
319 aa  95.5  8e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  24.76 
 
 
319 aa  94.7  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  26.57 
 
 
315 aa  90.5  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0238  hypothetical protein  30.3 
 
 
320 aa  85.9  8e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6238  regulatory protein, MerR  27.39 
 
 
324 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.316883  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2776  transcriptional regulator  30.04 
 
 
290 aa  82.8  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.379235  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1448  MerR family transcriptional regulator  24.83 
 
 
319 aa  82.4  0.000000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1107  MerR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
315 aa  81.6  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2399  transcriptional regulator, MerR family  27.63 
 
 
316 aa  80.9  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2972  MerR family transcriptional regulator  27.51 
 
 
316 aa  80.1  0.00000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0234999  normal  0.559596 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1049  transcriptional regulator, MerR family  26.22 
 
 
304 aa  79  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.362937  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0460  MerR family transcriptional regulator  26.72 
 
 
319 aa  78.2  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  26.5 
 
 
293 aa  76.3  0.0000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4299  regulatory protein MerR  25.93 
 
 
337 aa  75.9  0.0000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0130356  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2028  transcriptional regulator, MerR family  27.52 
 
 
318 aa  74.3  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000332734  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2213  transcriptional regulator, MerR family  30.04 
 
 
322 aa  74.7  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.68316  normal  0.172033 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0894  MerR family transcriptional regulator  22.55 
 
 
319 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2255  MerR family transcriptional regulator  26.06 
 
 
302 aa  73.2  0.000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0803543  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0487  regulatory protein, MerR  24.17 
 
 
301 aa  72  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  24.89 
 
 
293 aa  70.9  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2702  cobalamin B12-binding domain-containing protein  23.26 
 
 
305 aa  70.5  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4630  MerR family transcriptional regulator  21.52 
 
 
303 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3692  MerR family transcriptional regulator  26.01 
 
 
290 aa  67.8  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3286  MerR family transcriptional regulator  22.59 
 
 
321 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3271  MerR family transcriptional regulator  27.11 
 
 
335 aa  68.2  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.107511  normal  0.193811 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4491  MerR family transcriptional regulator  21.52 
 
 
311 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.51698  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61620  MerR family transcriptional regulator  30.82 
 
 
299 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.076426 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1122  transcriptional regulator, MerR family  36.99 
 
 
302 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4735  MerR family transcriptional regulator  43.94 
 
 
313 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.736808  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1384  transcriptional regulator, MerR family  25.11 
 
 
298 aa  64.3  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000396773  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3757  MerR family transcriptional regulator  26.48 
 
 
333 aa  64.3  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00211459  hitchhiker  0.00419816 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4615  MerR family transcriptional regulator  22.35 
 
 
311 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0962  regulatory protein, MerR  40.91 
 
 
300 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3801  transcriptional regulator, MerR family  20.71 
 
 
291 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000260127  hitchhiker  0.0000000000000558476 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1544  transcriptional regulator, MerR family  20.96 
 
 
291 aa  62  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00914127  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0914  MerR family transcriptional regulator  25.55 
 
 
298 aa  62  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.976142  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0810  MerR family transcriptional regulator  25.61 
 
 
310 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.826651  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1525  MerR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
242 aa  60.8  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175945 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3385  MerR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
345 aa  60.8  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1781  transcriptional regulator, MerR family protein  31.11 
 
 
242 aa  60.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.329966  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1488  transcriptional regulator, MerR family protein  31.11 
 
 
242 aa  60.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.372841  normal  0.479872 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1503  MerR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
242 aa  60.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000104173 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41410  transcriptional regulatory protein, MerR-family  32.09 
 
 
314 aa  60.5  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0010  transcriptional regulator, MerR family protein  37.88 
 
 
241 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.904582  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0064  MerR family transcriptional regulator  37.31 
 
 
242 aa  57.8  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1072  MerR family transcriptional regulator  24.58 
 
 
320 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.653703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5308  putative transcriptional regulator  34.34 
 
 
299 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2126  MerR family transcriptional regulator  32.61 
 
 
282 aa  57  0.0000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1397  putative transcriptional regulator, MerR family  24.6 
 
 
319 aa  56.6  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0466  MerR family transcriptional regulator  34.85 
 
 
305 aa  55.8  0.0000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.935291  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1868  transcriptional regulator, MerR family  34.72 
 
 
247 aa  55.8  0.0000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1411  MerR family transcriptional regulator  20.42 
 
 
291 aa  55.8  0.0000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000846806  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1817  transcriptional regulator, MerR family  24.22 
 
 
287 aa  55.5  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1180  transcriptional regulator, MerR family  37.88 
 
 
242 aa  54.3  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001251  transcriptional regulator MerR family  31.11 
 
 
267 aa  53.1  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0081  MerR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
265 aa  53.5  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00994643  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4449  MerR family transcriptional regulator  32.93 
 
 
293 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0822  transcriptional regulator, MerR family  27.27 
 
 
327 aa  52.8  0.000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.528612  normal  0.372171 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1371  MerR family transcriptional regulator  19.43 
 
 
292 aa  52  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000540169  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1583  transcriptional regulator, MerR family  19.43 
 
 
291 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.53357e-31 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1650  transcriptional regulator, MerR family  19.43 
 
 
291 aa  52  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000245022  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5846  MerR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
323 aa  52  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1399  MerR family transcriptional regulator  19.43 
 
 
292 aa  51.2  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.147582  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1370  MerR family transcriptional regulator  19.43 
 
 
291 aa  51.6  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000206673  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2507  MerR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
243 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1509  MerR family transcriptional regulator  19.43 
 
 
291 aa  51.2  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000195029  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2306  transcriptional regulator, MerR family protein  27.27 
 
 
243 aa  51.2  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1164  MerR family transcriptional regulator  26.85 
 
 
361 aa  51.6  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2350  MerR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
243 aa  51.2  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749654  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2399  transcriptional regulator, MerR family protein  27.27 
 
 
243 aa  51.2  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2395  MerR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
243 aa  51.2  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2715  MerR family transcriptional regulator  26.72 
 
 
326 aa  50.8  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3069  MerR family transcriptional regulator  24.44 
 
 
337 aa  50.4  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02056  DNA-binding transcriptional regulator  28.77 
 
 
243 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1531  transcriptional regulator, MerR family  28.77 
 
 
243 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.896472  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0740  MerR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
299 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0149  transcriptional regulator, MerR family  36.23 
 
 
248 aa  50.4  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2725  MerR family transcriptional regulator  28.99 
 
 
243 aa  50.4  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0768  MerR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
299 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.819465  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02014  hypothetical protein  28.77 
 
 
243 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2415  transcriptional regulator MlrA  28.77 
 
 
243 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1520  MerR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
243 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0917  transcriptional regulator MlrA  28.77 
 
 
243 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.773319 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3169  MerR family transcriptional regulator  26.21 
 
 
315 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0340158  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4396  transcriptional regulator, MerR family  32.39 
 
 
342 aa  50.4  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3055  MerR family transcriptional regulator  24.44 
 
 
342 aa  50.1  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2355  MerR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
327 aa  50.1  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.278081  normal  0.108483 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1235  MerR family transcriptional regulator  26.85 
 
 
366 aa  49.7  0.00006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1518  MerR family transcriptional regulator  36.23 
 
 
288 aa  49.3  0.00009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.545801 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3212  MerR family transcriptional regulator  23.7 
 
 
335 aa  49.3  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.645977  normal  0.909294 
 
 
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NC_006349  BMAA1302  MerR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
268 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008146  Mmcs_3650  MerR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
259 aa  48.5  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0795396  n/a   
 
 
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