More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_0192 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_0192  diguanylate cyclase  100 
 
 
462 aa  894    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0193  diguanylate cyclase  32.79 
 
 
450 aa  151  3e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3471  diguanylate cyclase  41.71 
 
 
618 aa  125  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4784  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.51 
 
 
785 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8076  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain-like protein  32.49 
 
 
693 aa  120  6e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0411962  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  44.72 
 
 
448 aa  117  6e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3562  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.51 
 
 
687 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.6333  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0172  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.55 
 
 
685 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.4 
 
 
722 aa  116  7.999999999999999e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2059  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.03 
 
 
718 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0475762  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0673  diguanylate cyclase  41.72 
 
 
415 aa  114  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.685567 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.9 
 
 
461 aa  114  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3616  diguanylate cyclase  42.41 
 
 
436 aa  114  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0820  GGDEF domain-containing protein  42.41 
 
 
433 aa  114  4.0000000000000004e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3487  GGDEF domain-containing protein  42.41 
 
 
425 aa  114  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0604  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.05 
 
 
700 aa  114  5e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0235  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.41 
 
 
764 aa  113  6e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.746479  hitchhiker  0.00744793 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.06 
 
 
682 aa  113  8.000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.957011  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.47 
 
 
720 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.559949  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.43 
 
 
1010 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.93 
 
 
1018 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1481  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.43 
 
 
949 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.23 
 
 
1015 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.595031 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.23 
 
 
1015 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1326  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.23 
 
 
1015 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3985  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.71 
 
 
730 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.310873  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.23 
 
 
1015 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4412  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.09 
 
 
574 aa  111  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0317543  normal  0.165306 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2929  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.23 
 
 
1009 aa  111  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.91 
 
 
784 aa  110  4.0000000000000004e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05845  hypothetical protein  39.41 
 
 
638 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.68 
 
 
872 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5319  diguanylate cyclase  37.33 
 
 
354 aa  110  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2835  diguanylate cyclase  43.4 
 
 
231 aa  110  5e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2203  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.93 
 
 
554 aa  110  6e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0309516  normal  0.310474 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1314  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.64 
 
 
712 aa  110  8.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.33 
 
 
442 aa  109  8.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3523  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.37 
 
 
872 aa  109  9.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.738639 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40 
 
 
884 aa  109  9.000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.39821  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3739  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.59 
 
 
796 aa  109  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.84423  hitchhiker  0.00115944 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  38.95 
 
 
577 aa  109  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2237  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40 
 
 
556 aa  109  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.36 
 
 
878 aa  109  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2797  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.58 
 
 
1020 aa  109  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3037  7TM domain sensor diguanylate cyclase  38.95 
 
 
506 aa  109  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.71 
 
 
1064 aa  108  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.5 
 
 
727 aa  108  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.545647  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.42 
 
 
658 aa  108  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2067  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.77 
 
 
705 aa  107  3e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2753  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.59 
 
 
1009 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.59 
 
 
1009 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1500  sensory box protein  42.95 
 
 
998 aa  107  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1139  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.24 
 
 
883 aa  107  4e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00209756  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.86 
 
 
780 aa  107  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1494  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  44.94 
 
 
769 aa  107  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.314319  normal  0.616711 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.94 
 
 
695 aa  107  6e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00065  GGDEF/EAL domain protein  38.78 
 
 
814 aa  107  6e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0221  GGDEF domain-containing protein  39.88 
 
 
710 aa  107  6e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0838  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.24 
 
 
313 aa  106  7e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1078  diguanylate cyclase  40.67 
 
 
283 aa  106  8e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.239628  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0397  diguanylate cyclase  39.35 
 
 
555 aa  106  8e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2227  diguanylate cyclase  42 
 
 
803 aa  106  8e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5060  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.78 
 
 
838 aa  106  9e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5454  RNase II stability modulator  36.93 
 
 
689 aa  106  9e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1829  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 
754 aa  106  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000110456  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  37.29 
 
 
921 aa  105  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.66 
 
 
315 aa  106  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.01 
 
 
1244 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.04 
 
 
883 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.660449  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0197  diguanylate cyclase  35.84 
 
 
507 aa  105  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1496  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.77 
 
 
741 aa  105  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0933  diguanylate cyclase  43.33 
 
 
423 aa  106  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2169  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.51 
 
 
722 aa  105  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0648584  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2577  GGDEF domain-containing protein  41.29 
 
 
1047 aa  105  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0996  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.31 
 
 
829 aa  106  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.846195  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0466  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.1 
 
 
878 aa  105  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.373706  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2092  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.22 
 
 
545 aa  106  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.403433  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.11 
 
 
743 aa  105  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3486  diguanylate cyclase  37.17 
 
 
449 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.121522  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  37.8 
 
 
932 aa  105  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2632  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.04 
 
 
768 aa  105  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.930318 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4345  diguanylate cyclase  47.4 
 
 
613 aa  105  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.609147  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  40.48 
 
 
554 aa  105  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0437  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.3 
 
 
659 aa  105  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.51 
 
 
722 aa  105  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1073  7TM domain sensor diguanylate cyclase  40.12 
 
 
596 aa  105  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.494808  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  44.74 
 
 
882 aa  105  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4750  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.66 
 
 
778 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1888  GGDEF domain-containing protein  36.42 
 
 
930 aa  105  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133848  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4146  GGDEF domain-containing protein  37.77 
 
 
777 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.4 
 
 
762 aa  105  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.62 
 
 
878 aa  104  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0864607  normal  0.185142 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25190  cyclic di-GMP signal transduction protein  36.5 
 
 
1196 aa  104  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.882538  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3617  diguanylate cyclase  43.71 
 
 
422 aa  104  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1004  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.34 
 
 
725 aa  104  3e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.71 
 
 
793 aa  104  3e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2360  diguanylate cyclase  40.78 
 
 
313 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.701842  normal  0.29141 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1153  diguanylate cyclase  40.72 
 
 
596 aa  104  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.442479  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1034  diguanylate cyclase  40 
 
 
283 aa  104  4e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.97 
 
 
665 aa  104  4e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>