More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2625 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 217 aa  442  1e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  68.14 
 
 		 225 aa  278  5e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  63.24 
 
 		 224 aa  273  1.0000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  59.62 
 
 		 232 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  58.5 
 
 		 227 aa  238  5e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  56.06 
 
 		 201 aa  238  5e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  56.06 
 
 		 201 aa  238  5e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 201 aa  238  6.999999999999999e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  61.7 
 
 		 219 aa  237  8e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  56.57 
 
 		 201 aa  237  9e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  57.5 
 
 		 227 aa  236  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  56.54 
 
 		 234 aa  236  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  59.57 
 
 		 219 aa  228  5e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  59.47 
 
 		 215 aa  218  3.9999999999999997e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  52.31 
 
 		 198 aa  214  8e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 213 aa  176  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 200 aa  171  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 208 aa  168  6e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  44.81 
 
 		 220 aa  165  5e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  44.86 
 
 		 190 aa  164  9e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  44.32 
 
 		 190 aa  164  9e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  44.38 
 
 		 187 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  43.32 
 
 		 218 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  41.95 
 
 		 215 aa  162  4.0000000000000004e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  43.5 
 
 		 182 aa  162  4.0000000000000004e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 222 aa  162  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 198 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5833  transcriptional regulator, XRE family  46.39 
 
 		 173 aa  160  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 219 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 219 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 219 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  43.82 
 
 		 190 aa  159  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  43.82 
 
 		 187 aa  159  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  45.78 
 
 		 173 aa  157  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 197 aa  157  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  39.67 
 
 		 201 aa  156  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4828  transcriptional regulator, XRE family  45.78 
 
 		 173 aa  156  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0464638  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 222 aa  156  2e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  39.13 
 
 		 209 aa  155  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  42.22 
 
 		 210 aa  155  3e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  46.06 
 
 		 173 aa  155  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  45.18 
 
 		 173 aa  154  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 197 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  44.69 
 
 		 230 aa  150  1e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  41.59 
 
 		 233 aa  148  7e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  40.93 
 
 		 212 aa  142  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  37.97 
 
 		 211 aa  101  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  33.7 
 
 		 197 aa  96.3  3e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 187 aa  89.4  4e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 187 aa  88.6  7e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  30.77 
 
 		 196 aa  88.6  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 198 aa  87.4  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  30.22 
 
 		 184 aa  86.3  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  32.2 
 
 		 181 aa  85.1  7e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 187 aa  85.1  8e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 196 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 187 aa  84.3  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 204 aa  84.3  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  27.98 
 
 		 188 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 187 aa  82.4  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  27.98 
 
 		 188 aa  82.4  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  30.56 
 
 		 199 aa  81.6  0.000000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  30.56 
 
 		 199 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  32.52 
 
 		 192 aa  80.5  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  29.32 
 
 		 189 aa  79.7  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 189 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.57 
 
 		 189 aa  79.3  0.00000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  28.19 
 
 		 186 aa  78.2  0.00000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  27.49 
 
 		 188 aa  77  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1709  transcriptional regulator, XRE family  31.02 
 
 		 193 aa  75.1  0.0000000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 212 aa  74.7  0.0000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3096  transcriptional regulator, XRE family  30.41 
 
 		 192 aa  74.7  0.0000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00124629  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  28.8 
 
 		 188 aa  74.3  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  26.54 
 
 		 186 aa  74.7  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 193 aa  73.6  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  29.09 
 
 		 188 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  27.78 
 
 		 183 aa  73.2  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1035  transcriptional regulator, XRE family  32.53 
 
 		 179 aa  72.8  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000017846  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 192 aa  72.4  0.000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 192 aa  72.4  0.000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  31.02 
 
 		 188 aa  72  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 205 aa  72  0.000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 180 aa  71.6  0.000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  28.22 
 
 		 180 aa  71.6  0.000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  27.27 
 
 		 192 aa  70.9  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 192 aa  71.2  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  31.58 
 
 		 201 aa  71.2  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  30.3 
 
 		 191 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  29.24 
 
 		 197 aa  71.2  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 209 aa  70.9  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 271 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3080  XRE family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 181 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.995144  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  28.05 
 
 		 188 aa  70.5  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  31.55 
 
 		 236 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17550  putative transcriptional regulator with cupin domain  28.88 
 
 		 200 aa  70.5  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0466174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 189 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 192 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>