More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_8514 on replicon NC_011892
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 302 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  73.83 
 
 		 301 aa  424  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  73.49 
 
 		 301 aa  410  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  72.82 
 
 		 302 aa  409  1e-113  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  63.76 
 
 		 296 aa  370  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 296 aa  349  3e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  59.73 
 
 		 296 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  57.48 
 
 		 302 aa  324  1e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 298 aa  320  3e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  56.23 
 
 		 298 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  56.31 
 
 		 298 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  56.01 
 
 		 301 aa  313  1.9999999999999998e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 298 aa  310  1e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  55.97 
 
 		 298 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 310 aa  308  9e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  56.52 
 
 		 317 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  53.18 
 
 		 300 aa  303  2.0000000000000002e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 308 aa  300  3e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  52.2 
 
 		 316 aa  298  6e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  50.83 
 
 		 312 aa  298  6e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  51.54 
 
 		 299 aa  295  6e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  51.19 
 
 		 299 aa  294  1e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  54.24 
 
 		 313 aa  292  5e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 299 aa  288  8e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  52.84 
 
 		 299 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.46 
 
 		 301 aa  276  3e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  47.67 
 
 		 302 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  49 
 
 		 307 aa  269  4e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  46.64 
 
 		 308 aa  267  1e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  52.19 
 
 		 309 aa  262  4e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 300 aa  261  8e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 307 aa  260  2e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 308 aa  259  6e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  48.97 
 
 		 298 aa  258  7e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 303 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 322 aa  251  1e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  50.52 
 
 		 319 aa  251  2e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  46.15 
 
 		 310 aa  248  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  43.73 
 
 		 319 aa  246  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 320 aa  246  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 301 aa  244  9.999999999999999e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 342 aa  243  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  45.15 
 
 		 315 aa  242  6e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 294 aa  241  7.999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 		 305 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  50.87 
 
 		 319 aa  239  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  45.27 
 
 		 304 aa  239  5e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 296 aa  239  5e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 299 aa  239  5e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 308 aa  236  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 299 aa  234  9e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 300 aa  233  3e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 317 aa  231  1e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  42.52 
 
 		 304 aa  229  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 301 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  44.06 
 
 		 296 aa  223  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  43.73 
 
 		 308 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  43.2 
 
 		 299 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 297 aa  223  3e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 298 aa  222  4.9999999999999996e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 311 aa  215  7e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 303 aa  213  3.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 295 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 305 aa  212  4.9999999999999996e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  41.78 
 
 		 302 aa  211  9e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 302 aa  207  1e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  38.68 
 
 		 308 aa  200  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3225  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 320 aa  199  3.9999999999999996e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 334 aa  198  9e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 334 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 334 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  40.75 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0847  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 334 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11490  Transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 		 327 aa  196  5.000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.135778  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 		 297 aa  196  5.000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 334 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 334 aa  196  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  35.22 
 
 		 334 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 303 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 302 aa  193  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.23 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 293 aa  193  3e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 291 aa  193  4e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  33.92 
 
 		 290 aa  193  4e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.9 
 
 		 307 aa  192  5e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 303 aa  192  5e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 293 aa  192  5e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 292 aa  192  5e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 334 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 334 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 292 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 292 aa  192  7e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0644  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 296 aa  192  7e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>