83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1560 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_1560  DNA polymerase III, delta subunit  100 
 
 		 330 aa  658    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13290  DNA polymerase III, delta subunit  63.32 
 
 		 334 aa  401  1e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.76161  normal  0.250015 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1739  DNA polymerase III, delta subunit  57.19 
 
 		 334 aa  333  3e-90  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.390785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1980  DNA polymerase III, delta subunit  53.87 
 
 		 317 aa  319  5e-86  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000479491 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3422  DNA polymerase III, delta subunit  50.89 
 
 		 343 aa  318  1e-85  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.515323  normal  0.040318 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2243  DNA polymerase III, delta subunit  52.58 
 
 		 317 aa  307  1.0000000000000001e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.143868  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2208  DNA polymerase III, delta subunit  52.04 
 
 		 339 aa  306  4.0000000000000004e-82  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2228  DNA polymerase III, delta subunit  56.39 
 
 		 310 aa  285  7e-76  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.175818  hitchhiker  0.00239676 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1144  DNA polymerase III subunit delta  47.19 
 
 		 325 aa  269  4e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3265  DNA polymerase III, delta subunit  46.03 
 
 		 319 aa  259  6e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.544926  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2278  DNA polymerase III delta subunit-like protein  48.26 
 
 		 327 aa  253  4.0000000000000004e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00793945  normal  0.210784 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17390  DNA polymerase III, delta subunit  42.41 
 
 		 317 aa  245  6.999999999999999e-64  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0161852 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12440  DNA polymerase III, delta subunit  44.12 
 
 		 339 aa  239  2.9999999999999997e-62  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.203264  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5468  DNA polymerase III subunit delta  42.09 
 
 		 319 aa  235  6e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.934031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3467  DNA polymerase III, delta subunit  42.77 
 
 		 326 aa  231  1e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.83441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17400  DNA polymerase III, delta subunit  46.35 
 
 		 328 aa  228  1e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.919832  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1551  DNA polymerase III, delta subunit  42.45 
 
 		 329 aa  226  5.0000000000000005e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.166595  normal  0.216039 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7073  DNA polymerase III, delta subunit  44.16 
 
 		 335 aa  224  1e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0686  DNA polymerase III, delta subunit  43.31 
 
 		 320 aa  223  4e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0871952  normal  0.189562 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12630  hypothetical protein  40.18 
 
 		 326 aa  217  2e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.793346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3846  DNA polymerase III, delta subunit  40.84 
 
 		 326 aa  215  9.999999999999999e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00271711 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1206  hypothetical protein  42.16 
 
 		 322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0823  DNA polymerase III, delta subunit  41.05 
 
 		 346 aa  194  2e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00704203  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3913  hypothetical protein  38.99 
 
 		 316 aa  183  3e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3511  hypothetical protein  37.97 
 
 		 320 aa  179  7e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3583  hypothetical protein  37.97 
 
 		 320 aa  179  7e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0994569  normal  0.0173863 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3523  hypothetical protein  37.97 
 
 		 320 aa  179  8e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.360312  normal  0.150751 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2664  hypothetical protein  39.55 
 
 		 319 aa  177  2e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.147487  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2801  DNA polymerase III delta  38.52 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.050478  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0332  DNA polymerase III subunit delta  35.99 
 
 		 323 aa  172  5e-42  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1259  DNA polymerase III, delta subunit  40.24 
 
 		 334 aa  172  5e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.098932 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0775  DNA polymerase III, delta subunit  38.86 
 
 		 342 aa  167  2e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.168506 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1613  DNA polymerase III, delta subunit  33.89 
 
 		 330 aa  165  9e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12441  hypothetical protein  35.85 
 
 		 322 aa  154  2e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0941  putative DNA polymerase III, delta subunit  30.12 
 
 		 348 aa  153  5e-36  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2104  DNA polymerase III, delta subunit  41.67 
 
 		 333 aa  150  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1888  DNA polymerase III, delta subunit  32.17 
 
 		 330 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.879444  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3186  DNA polymerase III delta  34.29 
 
 		 324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1004  DNA polymerase III subunit delta  24.16 
 
 		 348 aa  62.8  0.000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1537  hypothetical protein  23.74 
 
 		 344 aa  60.8  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.466776  normal  0.951584 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3050  DNA polymerase III subunit delta  23.27 
 
 		 336 aa  60.5  0.00000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.132953  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4222  DNA polymerase III subunit delta  22.96 
 
 		 336 aa  57  0.0000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00283981  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4345  DNA polymerase III subunit delta  22.96 
 
 		 336 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000369985 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4070  DNA polymerase III subunit delta  22.96 
 
 		 336 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.091796  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4060  DNA polymerase III subunit delta  22.96 
 
 		 336 aa  57  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4548  DNA polymerase III subunit delta  22.96 
 
 		 336 aa  57  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4442  DNA polymerase III subunit delta  23.27 
 
 		 336 aa  56.6  0.0000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000347151  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0794  DNA polymerase III subunit delta  23.27 
 
 		 336 aa  57  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.307001  hitchhiker  0.0000000000929908 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4174  DNA polymerase III subunit delta  23.27 
 
 		 336 aa  56.6  0.0000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0277234  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4959  DNA polymerase III subunit delta  27.78 
 
 		 345 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4456  DNA polymerase III subunit delta  23.27 
 
 		 336 aa  56.2  0.0000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000585392  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2663  DNA polymerase III, delta subunit  26.06 
 
 		 344 aa  55.8  0.0000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.193878  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4404  DNA polymerase III subunit delta  23.27 
 
 		 336 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2086  DNA polymerase III, delta subunit  21.97 
 
 		 332 aa  55.5  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.11707  normal  0.37357 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4316  DNA polymerase III, delta subunit  23.08 
 
 		 332 aa  54.3  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00186458  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0576  DNA polymerase III, delta subunit  27.27 
 
 		 330 aa  54.3  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2328  DNA polymerase III, delta subunit  27.56 
 
 		 338 aa  52.4  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.101165  normal  0.188166 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3788  DNA polymerase III subunit delta  26.95 
 
 		 342 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.350473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6524  DNA polymerase III, delta subunit  21.09 
 
 		 331 aa  50.1  0.00005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164301 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0770  DNA polymerase III, delta subunit  21.27 
 
 		 329 aa  50.1  0.00006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0072  DNA polymerase III subunit delta  27.1 
 
 		 321 aa  49.3  0.00008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3591  DNA polymerase III, delta subunit  22.91 
 
 		 328 aa  49.3  0.00009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.490351  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1954  DNA polymerase III, delta subunit  26.89 
 
 		 339 aa  49.3  0.00009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0625  DNA polymerase III subunit delta  25.81 
 
 		 351 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0787  DNA polymerase III subunit delta  22.15 
 
 		 345 aa  47.4  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.186067  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0476  DNA polymerase III subunit delta  24.63 
 
 		 342 aa  47.8  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.159232  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2207  DNA polymerase III, delta subunit, putative  22.29 
 
 		 337 aa  47.4  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1587  DNA polymerase III, delta subunit  25.22 
 
 		 333 aa  47.4  0.0004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4849  DNA polymerase III subunit delta  24.3 
 
 		 351 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_47  DNA polymerase III, delta subunit  26.98 
 
 		 419 aa  47  0.0005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000202582  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25950  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  30.6 
 
 		 796 aa  46.2  0.0007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0222  DNA polymerase III, delta subunit  26.34 
 
 		 340 aa  45.8  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.730888  normal  0.129327 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4671  DNA polymerase III subunit delta  23.81 
 
 		 345 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4796  DNA polymerase III subunit delta  23.81 
 
 		 345 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.306681 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0203  DNA polymerase III, delta subunit  20.37 
 
 		 334 aa  45.1  0.002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0047  DNA polymerase III delta subunit-related protein  26.34 
 
 		 399 aa  44.3  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00913059  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0828  DNA polymerase III delta  18.77 
 
 		 323 aa  44.3  0.003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12890  DNA polymerase III, delta subunit  26.09 
 
 		 337 aa  44.3  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  6.02263e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2447  DNA polymerase III subunit delta  22.98 
 
 		 344 aa  44.3  0.003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000860217  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1733  DNA polymerase III, delta subunit  21.34 
 
 		 338 aa  43.9  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4814  DNA polymerase III, delta subunit  26.19 
 
 		 345 aa  43.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.664461  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0729  hypothetical protein  22.37 
 
 		 338 aa  43.1  0.006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0375317  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4354  DNA polymerase III subunit delta  26.19 
 
 		 345 aa  42.7  0.008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>