213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3788 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3788  DNA polymerase III subunit delta  100 
 
 		 342 aa  673    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.350473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12200  DNA polymerase III subunit delta  81.87 
 
 		 345 aa  548  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.754313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4959  DNA polymerase III subunit delta  78.95 
 
 		 345 aa  545  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1119  DNA polymerase III subunit delta  81.58 
 
 		 345 aa  543  1e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.774232  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4849  DNA polymerase III subunit delta  79.24 
 
 		 351 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4796  DNA polymerase III subunit delta  78.65 
 
 		 345 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.306681 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0625  DNA polymerase III subunit delta  78.65 
 
 		 351 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4671  DNA polymerase III subunit delta  78.65 
 
 		 345 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4814  DNA polymerase III, delta subunit  78.07 
 
 		 345 aa  525  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.664461  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4354  DNA polymerase III subunit delta  77.49 
 
 		 345 aa  526  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08980  DNA polymerase III subunit delta  75.44 
 
 		 346 aa  500  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0881789  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3310  DNA polymerase III subunit delta  50.15 
 
 		 348 aa  316  3e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0143934 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2277  DNA-directed DNA polymerase  52.94 
 
 		 344 aa  306  3e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2346  DNA polymerase III subunit delta  46.04 
 
 		 352 aa  282  8.000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.21014  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2143  DNA polymerase III, delta subunit  47.63 
 
 		 334 aa  271  9e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1451  DNA polymerase III subunit delta  42.26 
 
 		 334 aa  266  4e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0184698  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0513  DNA polymerase III, delta subunit  43.4 
 
 		 338 aa  265  1e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2663  DNA polymerase III, delta subunit  43.11 
 
 		 344 aa  260  2e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.193878  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2917  DNA polymerase III, delta subunit  41.76 
 
 		 342 aa  254  2.0000000000000002e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0402  DNA polymerase III, delta subunit  43.67 
 
 		 338 aa  247  3e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.745977  normal  0.62254 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0542  DNA polymerase III subunit delta  42.56 
 
 		 335 aa  245  6.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3742  DNA polymerase III subunit delta  43.26 
 
 		 364 aa  241  9e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0768215 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1508  DNA polymerase III, delta subunit  40.41 
 
 		 339 aa  241  9e-63  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0182978  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0671  DNA polymerase III, delta subunit  40.41 
 
 		 339 aa  241  1e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00374825  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0623  DNA polymerase III subunit delta  43.26 
 
 		 364 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0173  DNA polymerase III subunit delta  42.7 
 
 		 364 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0656  DNA polymerase III subunit delta  42.7 
 
 		 364 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.121282  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1213  DNA polymerase III subunit delta  42.61 
 
 		 362 aa  239  4e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.797197  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2742  DNA polymerase III subunit delta  44.18 
 
 		 358 aa  238  8e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2451  DNA polymerase III subunit delta  42.9 
 
 		 362 aa  238  8e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3449  DNA polymerase III subunit delta  42.9 
 
 		 362 aa  238  8e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.785603  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0368  DNA polymerase III subunit delta  42.9 
 
 		 362 aa  238  8e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1227  DNA polymerase III subunit delta  42.9 
 
 		 362 aa  238  8e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.859093  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3413  DNA polymerase III subunit delta  42.9 
 
 		 362 aa  238  8e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3448  DNA polymerase III subunit delta  42.9 
 
 		 362 aa  238  8e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2638  DNA polymerase III subunit delta  42.9 
 
 		 362 aa  238  8e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2571  DNA polymerase III subunit delta  43.11 
 
 		 358 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.225423  normal  0.952873 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0578  DNA polymerase III subunit delta  42.05 
 
 		 372 aa  233  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2981  DNA polymerase III subunit delta  42.81 
 
 		 358 aa  232  8.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2832  DNA polymerase III subunit delta  41.67 
 
 		 352 aa  230  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2586  DNA polymerase III subunit delta  42.05 
 
 		 375 aa  229  5e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000748546 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0551  DNA polymerase III subunit delta  43.65 
 
 		 364 aa  229  5e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0556298  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0424  DNA polymerase III subunit delta  41.21 
 
 		 361 aa  229  6e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.813345  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0577  DNA polymerase III subunit delta  43.65 
 
 		 364 aa  229  7e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2746  DNA polymerase III, delta subunit  42.06 
 
 		 337 aa  228  1e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2730  DNA polymerase III subunit delta  44.07 
 
 		 364 aa  227  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.969457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0481  DNA polymerase III subunit delta  42.57 
 
 		 362 aa  227  3e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0216  DNA polymerase III subunit delta  42.65 
 
 		 363 aa  227  3e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.533896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3378  DNA polymerase III subunit delta  41.48 
 
 		 372 aa  225  9e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.930897  hitchhiker  0.00000000672182 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0760  DNA polymerase III subunit delta  40.96 
 
 		 354 aa  225  1e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2971  DNA polymerase III subunit delta  41.59 
 
 		 356 aa  224  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0964  DNA polymerase III subunit delta  42.82 
 
 		 351 aa  224  2e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0100805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3264  DNA polymerase III subunit delta  41.79 
 
 		 348 aa  220  3e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2157  DNA polymerase III, delta subunit  40.48 
 
 		 338 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3915  DNA polymerase III subunit delta  41.79 
 
 		 348 aa  219  3.9999999999999997e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4600  DNA polymerase III subunit delta  40.29 
 
 		 374 aa  219  6e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2910  DNA polymerase III subunit delta  41.52 
 
 		 345 aa  216  4e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4546  DNA polymerase III subunit delta  43.52 
 
 		 348 aa  216  5e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3769  DNA polymerase III subunit delta  41.64 
 
 		 367 aa  214  9.999999999999999e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0234  DNA polymerase III, delta subunit  38.21 
 
 		 353 aa  213  2.9999999999999995e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0256  DNA polymerase III, delta subunit  37.91 
 
 		 353 aa  213  3.9999999999999995e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1564  DNA polymerase III, delta subunit  36.34 
 
 		 340 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01876  DNA polymerase III subunit delta  39.88 
 
 		 342 aa  213  5.999999999999999e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.84431  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1200  DNA polymerase III subunit delta  41.54 
 
 		 336 aa  212  9e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.972787  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1172  DNA polymerase III, delta subunit  37.24 
 
 		 343 aa  211  2e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1060  DNA polymerase III, delta subunit  37.54 
 
 		 343 aa  211  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0315108  hitchhiker  0.00717458 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0999  DNA polymerase III, delta subunit  37.24 
 
 		 343 aa  211  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000304897  normal  0.119076 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0995  DNA polymerase III, delta subunit  37.24 
 
 		 343 aa  210  4e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0109002  normal  0.117484 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1311  DNA polymerase III subunit delta  35.38 
 
 		 343 aa  205  1e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6001  DNA polymerase III subunit delta  40.52 
 
 		 350 aa  205  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3449  DNA polymerase III, delta subunit  36.64 
 
 		 343 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0222652  hitchhiker  0.000721711 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2443  DNA polymerase III, delta subunit  41.64 
 
 		 344 aa  203  3e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1378  DNA polymerase III subunit delta  34.81 
 
 		 343 aa  203  3e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.212433  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1096  DNA polymerase III, delta subunit  36.34 
 
 		 343 aa  202  7e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00712318  hitchhiker  0.000000000697762 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3271  DNA polymerase III, delta subunit  36.34 
 
 		 343 aa  202  9e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00947649  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2931  DNA polymerase III, delta subunit  35.44 
 
 		 343 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.118412  decreased coverage  0.00725914 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3313  DNA polymerase III, delta subunit  36.34 
 
 		 343 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000619829  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2130  DNA polymerase III, delta subunit  41.49 
 
 		 358 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0903224 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0481  DNA polymerase III, delta subunit  36.52 
 
 		 338 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2865  DNA polymerase III, delta subunit  36.94 
 
 		 343 aa  192  8e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00085099  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1742  DNA polymerase III, delta subunit  43.4 
 
 		 335 aa  190  4e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.260854  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0703  DNA polymerase III, delta subunit  33.33 
 
 		 344 aa  189  8e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000446236  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01661  putative DNA polymerase III, delta subunit, probably ATP hydrolase  33.33 
 
 		 320 aa  179  5.999999999999999e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000516884  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3704  DNA polymerase III, delta subunit  33.63 
 
 		 346 aa  177  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000203003  decreased coverage  0.000000325428 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0457  DNA polymerase III, delta subunit  34.82 
 
 		 330 aa  176  7e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.199837  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1189  DNA polymerase III, delta subunit  32.23 
 
 		 331 aa  176  7e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.725755  normal  0.332691 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0617  DNA polymerase III, delta subunit  34.82 
 
 		 330 aa  176  7e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.733396  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1720  DNA polymerase III, delta subunit  33.33 
 
 		 354 aa  172  5e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3481  DNA-directed DNA polymerase  31.83 
 
 		 346 aa  170  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000216936  unclonable  0.0000000000757173 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2584  DNA-directed DNA polymerase  35.14 
 
 		 342 aa  169  4e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000509755  normal  0.168307 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0988  DNA polymerase III subunit delta  32.34 
 
 		 345 aa  169  7e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3145  DNA polymerase III, delta subunit  33.63 
 
 		 343 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000700325  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01220  DNA polymerase III subunit delta  31.1 
 
 		 339 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004219  DNA polymerase III delta subunit  31.1 
 
 		 339 aa  162  6e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00302346  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0795  DNA polymerase III, delta subunit  33.03 
 
 		 343 aa  160  4e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.239391  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0476  DNA polymerase III subunit delta  31.76 
 
 		 342 aa  154  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.159232  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2960  DNA polymerase III subunit delta  31.38 
 
 		 343 aa  151  1e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1205  DNA polymerase III subunit delta  30.88 
 
 		 344 aa  150  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.634211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0806  DNA polymerase III subunit delta  35.55 
 
 		 343 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0762  DNA polymerase III subunit delta  35.55 
 
 		 343 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>