More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0414 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_0414  diguanylate cyclase  100 
 
 		 559 aa  1128    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.761548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 893 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  44.71 
 
 		 649 aa  136  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0715  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 516 aa  128  3e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  38.39 
 
 		 522 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 340 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0251  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 660 aa  126  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.696506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 362 aa  125  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 340 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3670  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 608 aa  125  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  42.24 
 
 		 480 aa  124  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0356  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 608 aa  124  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 340 aa  124  5e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 569 aa  124  5e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  41.09 
 
 		 492 aa  123  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  43.48 
 
 		 1054 aa  122  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 340 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  42.49 
 
 		 494 aa  122  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  41.92 
 
 		 488 aa  121  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  41.38 
 
 		 344 aa  121  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 532 aa  121  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 516 aa  121  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3400  GGDEF  29.44 
 
 		 584 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.884579  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1511  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 416 aa  121  3.9999999999999996e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00199134  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2101  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  43.11 
 
 		 849 aa  121  3.9999999999999996e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  39.29 
 
 		 312 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40570  putative two-component response regulator  43.75 
 
 		 401 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 243 aa  120  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.37 
 
 		 622 aa  120  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 339 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 492 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  42.35 
 
 		 317 aa  119  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1041  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 791 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 346 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 498 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 492 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 492 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.54 
 
 		 960 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  40.4 
 
 		 510 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  42.46 
 
 		 583 aa  118  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  40.4 
 
 		 510 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.94 
 
 		 636 aa  118  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 516 aa  118  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 263 aa  118  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  40.4 
 
 		 510 aa  118  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  39.7 
 
 		 492 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  39.7 
 
 		 492 aa  117  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0350  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 605 aa  117  5e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1813  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 386 aa  117  5e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730077 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.88 
 
 		 916 aa  117  6e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 503 aa  117  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2608  GGDEF domain-containing protein  36.97 
 
 		 524 aa  117  6e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0201696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.17 
 
 		 578 aa  117  6.9999999999999995e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2291  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.24 
 
 		 338 aa  116  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 322 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 410 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 370 aa  116  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 504 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  42.7 
 
 		 1636 aa  115  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  35.8 
 
 		 1034 aa  115  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3441  hypothetical protein  42.77 
 
 		 401 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 534 aa  115  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 507 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 305 aa  114  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  41.52 
 
 		 1637 aa  114  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 300 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  43.86 
 
 		 512 aa  114  5e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 354 aa  114  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 556 aa  114  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  40.35 
 
 		 335 aa  114  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 354 aa  114  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  31.84 
 
 		 578 aa  114  5e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  31.84 
 
 		 578 aa  114  5e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 1099 aa  114  6e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  39.88 
 
 		 588 aa  114  6e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 372 aa  114  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0998  PleD  44.1 
 
 		 511 aa  113  8.000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.684124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2868  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 293 aa  113  9e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.901439  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 345 aa  113  9e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 555 aa  113  9e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 521 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.1 
 
 		 1079 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 520 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1758  diguanylate cyclase with Chase2 sensor  35.8 
 
 		 583 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.621597 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 313 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  44.59 
 
 		 510 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 521 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  40.44 
 
 		 506 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 357 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 521 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.65 
 
 		 314 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 309 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 306 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 322 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 501 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 353 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 506 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 453 aa  112  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3566  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 561 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665818  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>