191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3418 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3418  SMC domain protein  100 
 
 		 1032 aa  2095    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.157497  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5894  DNA repair ATPase-like protein  35.08 
 
 		 1029 aa  496  1e-139  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0510725  hitchhiker  0.00862936 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2539  SMC domain protein  24.64 
 
 		 1085 aa  150  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0760  SMC domain protein  34.48 
 
 		 1165 aa  144  9.999999999999999e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000289262  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0207  exonuclease SbcC  36.4 
 
 		 1172 aa  139  2e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04030  Exodeoxyribonuclease I subunit C  25.66 
 
 		 1108 aa  139  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0894457  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0205  exonuclease SbcC  36.4 
 
 		 1172 aa  137  8e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.305096  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1031  SMC domain-containing protein  23.63 
 
 		 1033 aa  132  2.0000000000000002e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1488  SMC domain protein  26.15 
 
 		 1114 aa  133  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0673  SMC domain protein  34.66 
 
 		 1116 aa  130  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00700495  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0283  SMC domain protein  33.33 
 
 		 1223 aa  125  5e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05654  DNA repair exonuclease  24.02 
 
 		 1018 aa  124  7e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0205  SMC domain-containing protein  32.14 
 
 		 1180 aa  121  4.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000033  exonuclease SbcC  24.73 
 
 		 1018 aa  122  4.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00466596  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0568  SMC domain-containing protein  27.03 
 
 		 1091 aa  119  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.564542  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0982  SMC domain-containing protein  26.9 
 
 		 906 aa  113  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0704  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)  25.79 
 
 		 1091 aa  109  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.859038  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0171  nuclease SbcCD, C subunit, putative  26.12 
 
 		 1030 aa  105  5e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0052  SMC domain protein  25.84 
 
 		 1049 aa  103  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6131  SMC domain protein  34.24 
 
 		 851 aa  97.1  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.983245 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1246  SMC domain-containing protein  25.96 
 
 		 1038 aa  96.3  3e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2702  putative exonuclease  39.74 
 
 		 881 aa  95.1  5e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0098926  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3060  SMC domain-containing protein  32.64 
 
 		 1018 aa  95.1  7e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.496903  normal  0.0254363 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0204  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)-like  36.09 
 
 		 1088 aa  94  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.18794  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3946  exonuclease protein  30.69 
 
 		 1024 aa  94  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01050  DNA repair ATPase  26.52 
 
 		 953 aa  92.4  4e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1540  SMC domain protein  24.43 
 
 		 1182 aa  92  5e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1268  exonuclease SbcC, putative  35.53 
 
 		 1020 aa  92  5e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0566832  hitchhiker  0.000365685 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2199  exonuclease  36.99 
 
 		 1029 aa  92  6e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2360  exonuclease  36.99 
 
 		 1029 aa  92  6e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.293135  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2998  putative exonuclease  35.48 
 
 		 1029 aa  90.5  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000658197  decreased coverage  0.00861967 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2326  putative exonuclease  35.48 
 
 		 1029 aa  90.5  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.678825  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2391  exonuclease, putative  35.48 
 
 		 1029 aa  89.7  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.15331  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2136  exonuclease SbcC  36.3 
 
 		 1029 aa  90.1  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.142558  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2122  exonuclease  35.48 
 
 		 1029 aa  90.1  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.837048  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2379  putative exonuclease  36.3 
 
 		 1029 aa  90.1  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1551  SMC domain-containing protein  27.74 
 
 		 824 aa  89.7  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.875451  normal  0.721096 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2461  putative exonuclease  35.48 
 
 		 1029 aa  90.1  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000696116  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2167  SMC domain-containing protein  36.3 
 
 		 1029 aa  90.1  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0876433  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2570  SMC domain-containing protein  32.87 
 
 		 1230 aa  89.4  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2305  SMC domain protein  44 
 
 		 1025 aa  89  4e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000506659 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1315  SMC domain protein  30.65 
 
 		 1223 aa  89  4e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.082994  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1736  SMC domain-containing protein  35.62 
 
 		 1029 aa  88.6  5e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0965884  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2822  SMC domain-containing protein  30.65 
 
 		 1020 aa  88.2  7e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2456  SMC domain-containing protein  37.86 
 
 		 1018 aa  87  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.053709  unclonable  0.00000627318 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4031  SMC domain-containing protein  25.98 
 
 		 810 aa  86.7  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.515725  normal  0.378288 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2703  SMC domain protein  35.46 
 
 		 1018 aa  87  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0776806  hitchhiker  0.0000173958 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1714  exonuclease SbcC  28.74 
 
 		 1214 aa  87  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.595206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1655  SMC domain-containing protein  35.46 
 
 		 1018 aa  87  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00224161  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1640  SMC domain-containing protein  35.46 
 
 		 1018 aa  87  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0173468  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1677  SMC domain-containing protein  35.46 
 
 		 1018 aa  87  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0491089  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5583  exonuclease SbcC, putative  28.57 
 
 		 1020 aa  85.9  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1354  SMC domain-containing protein  31.7 
 
 		 1224 aa  86.3  0.000000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0521  SMC domain protein  24.79 
 
 		 1011 aa  85.9  0.000000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0627  exonuclease  33.12 
 
 		 995 aa  85.1  0.000000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.246624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2080  exonuclease SbcC  33.78 
 
 		 1219 aa  85.1  0.000000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2611  exonuclease SbcC, putative  36.17 
 
 		 1018 aa  84.7  0.000000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.153819  hitchhiker  0.0000000100584 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2449  SMC domain-containing protein  36.17 
 
 		 1018 aa  84.7  0.000000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634989  unclonable  0.0000000000799023 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2519  SMC domain-containing protein  41.84 
 
 		 1018 aa  84.7  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00280637  unclonable  0.0000395857 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2843  exonuclease SbcC, putative  35.46 
 
 		 1018 aa  84.3  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1303  SMC domain-containing protein  35.66 
 
 		 1234 aa  84  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2384  exonuclease SbcC  28.33 
 
 		 1099 aa  84.3  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00297099  hitchhiker  0.00111486 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1063  exonuclease SbcCD, C subunit  27.75 
 
 		 1307 aa  83.2  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1399  SMC protein-like  26.53 
 
 		 1303 aa  83.2  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3443  SMC protein-like  29.18 
 
 		 1232 aa  83.6  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0865  exonuclease subunit SbcC  31.22 
 
 		 1042 aa  83.2  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2633  SMC domain-containing protein  35.71 
 
 		 1018 aa  83.2  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.158627  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6451  exonuclease SbcC  33.99 
 
 		 1291 aa  83.2  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0663249  normal  0.0228854 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1882  SMC domain protein  30.53 
 
 		 904 aa  82.4  0.00000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.600097  normal  0.549876 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1589  exonuclease SbcC, putative  42.71 
 
 		 1018 aa  82.4  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0918  exonuclease SbcC  36.49 
 
 		 1009 aa  82  0.00000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.286851  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3304  exonuclease SbcC  28.74 
 
 		 1227 aa  82  0.00000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0438  exonuclease subunit SbcC  27.8 
 
 		 1046 aa  82  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0493  exonuclease subunit SbcC  27.8 
 
 		 1046 aa  82  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0433  exonuclease subunit SbcC  27.8 
 
 		 1046 aa  81.6  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2355  SMC domain-containing protein  32.65 
 
 		 1247 aa  82  0.00000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0733  DNA repair exonuclease, SbcC  38.26 
 
 		 962 aa  81.6  0.00000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0772  SMC domain protein  24.05 
 
 		 961 aa  81.3  0.00000000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00238509  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3766  exonuclease SbcC  28.33 
 
 		 1214 aa  80.9  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10590  DNA repair ATPase  32.69 
 
 		 1081 aa  80.9  0.0000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.659565  hitchhiker  0.0000000614784 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0432  exonuclease subunit SbcC  26.78 
 
 		 1046 aa  80.1  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0454  putative exonuclease SbcC  40 
 
 		 1013 aa  80.1  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1890  DNA repair exonuclease, SbcC  25.88 
 
 		 989 aa  80.5  0.0000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.295467  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1730  exonuclease  31.1 
 
 		 1223 aa  79.7  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0842079  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2573  SMC domain-containing protein  27.72 
 
 		 1023 aa  79.3  0.0000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3538  SMC domain-containing protein  26.12 
 
 		 1144 aa  79.7  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.862786  normal  0.561749 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1099  SMC domain-containing protein  30.37 
 
 		 1346 aa  79.7  0.0000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00011196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0424  exonuclease subunit SbcC  27.74 
 
 		 1047 aa  79.3  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1556  SMC domain-containing protein  29.79 
 
 		 1214 aa  79.7  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291963 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0451  exonuclease subunit SbcC  26.78 
 
 		 1046 aa  79.3  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3777  exonuclease SbcC  27.32 
 
 		 1103 aa  79  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  unclonable  0.00618704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1496  SMC domain-containing protein  24.9 
 
 		 824 aa  79  0.0000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00508772  hitchhiker  0.000363104 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0084  exonuclease sbcC  38.06 
 
 		 1039 aa  79  0.0000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3236  exonuclease subunit SbcC  27.74 
 
 		 1047 aa  78.6  0.0000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.528521  hitchhiker  0.0000322457 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0464  exonuclease subunit SbcC  27.74 
 
 		 1047 aa  78.6  0.0000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0426  exonuclease subunit SbcC  24.55 
 
 		 1047 aa  78.6  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.442969  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00345  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  27.74 
 
 		 1048 aa  78.6  0.0000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0316  exonuclease subunit SbcC  27.74 
 
 		 1047 aa  78.6  0.0000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.53041  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2505  SMC protein-like protein  32.97 
 
 		 1265 aa  78.6  0.0000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0217131  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00349  hypothetical protein  27.74 
 
 		 1048 aa  78.6  0.0000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>