More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2334 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2334  histidine kinase  100 
 
 		 1052 aa  2181    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2193  histidine kinase  24.72 
 
 		 1035 aa  295  4e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0609  histidine kinase  26.77 
 
 		 1016 aa  273  9e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.574226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  23.48 
 
 		 1378 aa  144  9e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  21.99 
 
 		 1373 aa  142  3.9999999999999997e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  22.95 
 
 		 1070 aa  135  6e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  24.66 
 
 		 1351 aa  129  4.0000000000000003e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1661  histidine kinase  29.59 
 
 		 404 aa  127  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.372479  normal  0.393877 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  23.83 
 
 		 1526 aa  125  5e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  23.05 
 
 		 1070 aa  125  5e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  25.82 
 
 		 1388 aa  124  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  24.59 
 
 		 1105 aa  123  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  23.51 
 
 		 1370 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2087  histidine kinase  28.51 
 
 		 437 aa  121  6e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  23.38 
 
 		 1407 aa  118  5e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  22.44 
 
 		 1384 aa  117  8.999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  23.16 
 
 		 1342 aa  115  6e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  21.24 
 
 		 1114 aa  114  8.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1331  sensor histidine kinase/response regulator  22.25 
 
 		 1118 aa  114  9e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  24.4 
 
 		 1346 aa  111  8.000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  24.14 
 
 		 1298 aa  111  9.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  25.11 
 
 		 1498 aa  109  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  23.17 
 
 		 1414 aa  108  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  21.3 
 
 		 1418 aa  107  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05925  GGDEF domain protein  24.52 
 
 		 1005 aa  107  2e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.40002  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  26.14 
 
 		 1349 aa  103  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  23.53 
 
 		 1374 aa  103  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  22.38 
 
 		 1278 aa  102  3e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  23.63 
 
 		 1404 aa  101  7e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1754  histidine kinase  25 
 
 		 1344 aa  101  7e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  22.42 
 
 		 1374 aa  100  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  23.16 
 
 		 1343 aa  100  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  21.15 
 
 		 1397 aa  100  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.99 
 
 		 1258 aa  99.8  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  22.92 
 
 		 1355 aa  99.4  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3041  histidine kinase  23.49 
 
 		 1175 aa  98.6  6e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.551193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3042  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  22.82 
 
 		 1181 aa  98.2  8e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.227036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  24.35 
 
 		 1400 aa  97.4  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  24.82 
 
 		 1034 aa  97.4  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  21.66 
 
 		 1366 aa  96.7  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  23.25 
 
 		 1316 aa  96.3  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  22.66 
 
 		 1363 aa  95.9  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  22.13 
 
 		 1396 aa  95.5  4e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  21.84 
 
 		 1086 aa  92.8  3e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  22.12 
 
 		 1340 aa  92  5e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  21.85 
 
 		 1306 aa  92  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  21.29 
 
 		 1093 aa  91.7  8e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0156  adenylate/guanylate cyclase catalytic domain-containing protein  22.41 
 
 		 1075 aa  90.5  1e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000640114  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  22.43 
 
 		 1313 aa  89.7  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01692  histidine kinase-response regulator hybrid protein  23.22 
 
 		 921 aa  89.7  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.803557  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  19.6 
 
 		 1334 aa  88.6  6e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01691  histidine kinase/response regulator hybrid protein  23.66 
 
 		 1185 aa  87  0.000000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.578363  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  21.47 
 
 		 1335 aa  87.4  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  21.3 
 
 		 1024 aa  87  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  23.92 
 
 		 1054 aa  84.7  0.000000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.77 
 
 		 1453 aa  83.6  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  22.3 
 
 		 1311 aa  82.8  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3554  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.09 
 
 		 541 aa  81.3  0.00000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.32039  normal  0.384329 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3639  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.64 
 
 		 1210 aa  80.9  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.847136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4293  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.92 
 
 		 1011 aa  81.3  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.291525  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0661  adenylate/guanylate cyclase  25.23 
 
 		 1133 aa  80.9  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0967  GGDEF family protein  23.4 
 
 		 976 aa  80.5  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1127  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.72 
 
 		 680 aa  80.5  0.0000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1816  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  26.67 
 
 		 977 aa  79.7  0.0000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.218789  normal  0.39116 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0605  histidine kinase  22.6 
 
 		 1190 aa  80.5  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1852  histidine kinase  21.17 
 
 		 1074 aa  80.1  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.496494  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  22.72 
 
 		 1344 aa  79.7  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  21.8 
 
 		 1327 aa  79  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  21.33 
 
 		 1324 aa  79  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01690  histidine kinase-response regulator hybrid protein  20.95 
 
 		 1191 aa  79  0.0000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2743  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  25.87 
 
 		 611 aa  79  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2225  histidine kinase  25.81 
 
 		 845 aa  78.6  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0086849  normal  0.197777 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2163  histidine kinase  25.81 
 
 		 845 aa  79  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2100  two-component sensor protein  27.24 
 
 		 1211 aa  78.6  0.0000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349009  normal  0.142111 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0988  histidine kinase  24.6 
 
 		 486 aa  78.2  0.0000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.638134  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5145  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  23.87 
 
 		 603 aa  77.8  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  21.68 
 
 		 1378 aa  77.4  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  20.38 
 
 		 1373 aa  77.4  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2761  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.71 
 
 		 679 aa  77.4  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.47205 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2456  composite two-component regulatory (sensor kinase and response regulator hybrid) transcription regulator protein  26.22 
 
 		 638 aa  76.6  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2724  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.11 
 
 		 631 aa  77  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2335  histidine kinase  27.11 
 
 		 610 aa  76.6  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.249479  normal  0.165398 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0694  external sensor signal transduction histidine kinase  26.18 
 
 		 592 aa  77  0.000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.52754  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2168  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  24.64 
 
 		 1204 aa  76.6  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.172741 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  21.5 
 
 		 1355 aa  76.6  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0782  Signal transduction histidine kinase  22.48 
 
 		 611 aa  77  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0620  two component sensor kinase/response regulator hybrid  26.89 
 
 		 1169 aa  76.3  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1301  two component regulator propeller domain protein  21.9 
 
 		 1008 aa  76.3  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.503431  normal  0.30236 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0688  histidine kinase/response regulator hybrid protein  22.8 
 
 		 1179 aa  76.3  0.000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  23.74 
 
 		 965 aa  76.6  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  25.4 
 
 		 1494 aa  76.3  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  26.3 
 
 		 923 aa  75.9  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  22.85 
 
 		 1079 aa  75.9  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5356  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  28.7 
 
 		 377 aa  75.9  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.940445 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  23.28 
 
 		 1347 aa  75.5  0.000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2818  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  29.05 
 
 		 720 aa  75.5  0.000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.215558  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3412  adenylate/guanylate cyclase  25.74 
 
 		 1207 aa  75.1  0.000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.210507 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06167  sensor protein LuxQ  25.5 
 
 		 594 aa  74.7  0.000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1996  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.07 
 
 		 584 aa  74.7  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0327436  normal  0.170409 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0955  putative two-component regulator histidine sensor kinase  22.15 
 
 		 602 aa  74.7  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>