More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0696 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_0696  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 259 aa  529  1e-149  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.214001  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2707  tRNA pseudouridine synthase A  50.74 
 
 		 278 aa  237  1e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.580118  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  47.27 
 
 		 246 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2073  tRNA pseudouridine synthase A  45.33 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0650804 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1395  tRNA pseudouridine synthase A  47.65 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2111  tRNA pseudouridine synthase A  46.72 
 
 		 254 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.110217 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  42.15 
 
 		 258 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  41.86 
 
 		 247 aa  169  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  38.76 
 
 		 249 aa  169  6e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  43.13 
 
 		 252 aa  167  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  35.57 
 
 		 244 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  40.86 
 
 		 259 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  34.77 
 
 		 244 aa  160  1e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  39.62 
 
 		 271 aa  160  2e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  40.54 
 
 		 248 aa  160  2e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  38.31 
 
 		 247 aa  160  2e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  34.77 
 
 		 244 aa  160  2e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 261 aa  158  9e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  38.67 
 
 		 244 aa  157  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  39.15 
 
 		 247 aa  157  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  36.47 
 
 		 244 aa  158  1e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 244 aa  157  2e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  40.15 
 
 		 246 aa  157  2e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  39.45 
 
 		 250 aa  157  2e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  39.38 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 250 aa  156  3e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  37.74 
 
 		 261 aa  156  3e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  37.74 
 
 		 261 aa  156  3e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  36.82 
 
 		 274 aa  156  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  35.41 
 
 		 248 aa  153  2e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  35.63 
 
 		 245 aa  154  2e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  40.54 
 
 		 250 aa  153  2.9999999999999998e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  35.55 
 
 		 248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  35.69 
 
 		 245 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  36.58 
 
 		 247 aa  152  4e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  39.02 
 
 		 264 aa  152  4e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  39.53 
 
 		 332 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  36.19 
 
 		 252 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  38.26 
 
 		 264 aa  152  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  38.61 
 
 		 246 aa  151  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  38.08 
 
 		 268 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  38.61 
 
 		 246 aa  151  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 264 aa  151  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  36.19 
 
 		 247 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  36.19 
 
 		 247 aa  150  2e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  36.19 
 
 		 247 aa  150  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  38.37 
 
 		 286 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  36.19 
 
 		 252 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  36.19 
 
 		 247 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  36.58 
 
 		 252 aa  150  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  36.26 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  35.41 
 
 		 247 aa  150  2e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  38.37 
 
 		 284 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  35.8 
 
 		 252 aa  149  4e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  38.46 
 
 		 278 aa  149  5e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  39.69 
 
 		 285 aa  149  6e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  35.41 
 
 		 252 aa  148  8e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  36.15 
 
 		 258 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  34.85 
 
 		 262 aa  146  3e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  41.25 
 
 		 245 aa  146  3e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  38.61 
 
 		 259 aa  146  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  41.47 
 
 		 266 aa  145  4.0000000000000006e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 261 aa  145  4.0000000000000006e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  39.69 
 
 		 285 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  35.21 
 
 		 248 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  37.16 
 
 		 259 aa  145  9e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  37.31 
 
 		 272 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  36.92 
 
 		 259 aa  144  2e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 264 aa  144  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  37.89 
 
 		 262 aa  143  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  35.91 
 
 		 262 aa  142  4e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 269 aa  142  4e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1790  tRNA pseudouridine synthase A  38.4 
 
 		 260 aa  142  5e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  35.91 
 
 		 262 aa  142  6e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  34.48 
 
 		 264 aa  142  6e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1259  tRNA pseudouridine synthase A  39.15 
 
 		 290 aa  141  8e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  36.19 
 
 		 274 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  36.96 
 
 		 351 aa  140  9.999999999999999e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  39.62 
 
 		 250 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.08 
 
 		 244 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  33.72 
 
 		 267 aa  140  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1408  tRNA pseudouridine synthase A  35.88 
 
 		 276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7335  tRNA pseudouridine synthase A  42.08 
 
 		 245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.326558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  33.72 
 
 		 267 aa  140  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0807  tRNA pseudouridine synthase A  41.25 
 
 		 245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  35.63 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 255 aa  140  3e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3044  tRNA pseudouridine synthase A  38.26 
 
 		 264 aa  140  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  35.96 
 
 		 261 aa  140  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  36.68 
 
 		 256 aa  140  3e-32  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  35.63 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  35.8 
 
 		 270 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  34.87 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2275  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 		 268 aa  139  6e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0551657  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  36.54 
 
 		 261 aa  139  6e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1568  tRNA pseudouridine synthase A  35.88 
 
 		 280 aa  138  7e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.952303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.52 
 
 		 278 aa  138  7.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  38.82 
 
 		 262 aa  138  8.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  37.74 
 
 		 262 aa  138  8.999999999999999e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>