More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5517 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 303 aa  634    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  46.74 
 
 		 283 aa  261  6.999999999999999e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  45 
 
 		 289 aa  246  3e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  43.19 
 
 		 309 aa  243  3e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  40.74 
 
 		 328 aa  240  2.9999999999999997e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  39.27 
 
 		 300 aa  239  4e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  44.69 
 
 		 292 aa  239  4e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  47.04 
 
 		 289 aa  236  3e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  43 
 
 		 300 aa  233  2.0000000000000002e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  41.97 
 
 		 297 aa  232  6e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  40.92 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  40.15 
 
 		 320 aa  228  1e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  44.89 
 
 		 300 aa  227  2e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  42.41 
 
 		 307 aa  225  9e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  44.09 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  37.29 
 
 		 303 aa  223  3e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6244  transcriptional regulator, AraC family  42.03 
 
 		 304 aa  213  3.9999999999999995e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  38.41 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  39.35 
 
 		 301 aa  202  6e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  38.93 
 
 		 283 aa  194  1e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  38.93 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  34.64 
 
 		 309 aa  189  4e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  37.73 
 
 		 319 aa  185  8e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  37.68 
 
 		 289 aa  177  3e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  35.61 
 
 		 314 aa  159  4e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  34.75 
 
 		 309 aa  146  5e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  31.64 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  34.32 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 		 302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  30.9 
 
 		 312 aa  123  4e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6377  regulatory protein  32.22 
 
 		 188 aa  97.1  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 295 aa  96.7  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  28.15 
 
 		 299 aa  95.1  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  26.92 
 
 		 308 aa  93.6  4e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  25.52 
 
 		 290 aa  88.6  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  29.34 
 
 		 290 aa  87  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  27.94 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 313 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  23.62 
 
 		 289 aa  83.6  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 307 aa  81.3  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  27.45 
 
 		 304 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  25.28 
 
 		 279 aa  80.5  0.00000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  28.63 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 289 aa  77.8  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  27.63 
 
 		 302 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 285 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  24.6 
 
 		 304 aa  77.4  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  28.95 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  23.75 
 
 		 259 aa  77  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  27.49 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  27.9 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 291 aa  73.9  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 286 aa  73.9  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  25.97 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  23.94 
 
 		 301 aa  72.8  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  26.02 
 
 		 286 aa  72.4  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  24.29 
 
 		 308 aa  71.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  23.94 
 
 		 306 aa  72  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 304 aa  72  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  27.15 
 
 		 290 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.81 
 
 		 311 aa  71.6  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  25.87 
 
 		 298 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  23.41 
 
 		 305 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 306 aa  70.5  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  25.36 
 
 		 311 aa  70.1  0.00000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  44.05 
 
 		 302 aa  70.1  0.00000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  39.81 
 
 		 303 aa  69.7  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  25.87 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 303 aa  69.7  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  25.49 
 
 		 304 aa  69.7  0.00000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 		 295 aa  69.3  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  28.82 
 
 		 296 aa  68.9  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  27.14 
 
 		 303 aa  68.9  0.00000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  23.72 
 
 		 306 aa  68.9  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 301 aa  68.6  0.0000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  24.9 
 
 		 306 aa  68.9  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  29.44 
 
 		 289 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  24.55 
 
 		 284 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  23.94 
 
 		 306 aa  67.8  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  28.14 
 
 		 294 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  22.9 
 
 		 290 aa  67.4  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  31.29 
 
 		 297 aa  67.4  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  25.65 
 
 		 304 aa  66.6  0.0000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  27.85 
 
 		 287 aa  67  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  22.57 
 
 		 310 aa  67  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  21.99 
 
 		 305 aa  67  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  22.99 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  22.9 
 
 		 302 aa  66.2  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  24.72 
 
 		 293 aa  66.2  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  28.99 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 		 292 aa  65.9  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  30.2 
 
 		 280 aa  65.9  0.0000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 300 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  36.97 
 
 		 278 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  39.02 
 
 		 290 aa  65.1  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  26.59 
 
 		 285 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>